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- PDB-6jhe: Crystal Structure of Bacillus subtilis SigW domain 4 in complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jhe
タイトルCrystal Structure of Bacillus subtilis SigW domain 4 in complexed with -35 element DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*TP*TP*T)-3')
  • ECF RNA polymerase sigma factor SigW
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / helix-turn-helix (ヘリックスターンヘリックス) / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma-W, bacillaceae / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 ...RNA polymerase sigma-W, bacillaceae / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / ECF RNA polymerase sigma factor SigW
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.101 Å
Model detailsCrystal Structure of Bacillus subtilis SigW domain 4 in complexed with -35 element DNA
データ登録者Kwon, E. / Devkota, S.R. / Pathak, D. / Dahal, P. / Kim, D.Y.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of the recognition of the -35 promoter element by SigW from Bacillus subtilis.
著者: Kwon, E. / Devkota, S.R. / Pathak, D. / Dahal, P. / Kim, D.Y.
履歴
登録2019年2月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECF RNA polymerase sigma factor SigW
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*TP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0853
ポリマ－14,0853
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area7140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.620, 61.620, 119.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 ECF RNA polymerase sigma factor SigW / ECF sigma factor SigW / Alternative RNA polymerase sigma factor SigW / RNA polymerase sigma-W ...ECF sigma factor SigW / Alternative RNA polymerase sigma factor SigW / RNA polymerase sigma-W factor / Sigma-W factor


分子量: 7380.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sigW, ybbL, BSU01730 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: Q45585
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3323.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*A)-3')


分子量: 3381.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 / 詳細: PEG 1500, isopropanol, CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 3013 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 69.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 62.8
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.524 / Num. unique obs: 468 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIXdev_3051精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H27

2h27


解像度: 3.101→29.842 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2895 140 5.16 %
Rwork0.2475 --
obs0.2496 2715 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 168 Å2 / Biso mean: 69 Å2 / Biso min: 44.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.101→29.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数436 448 0 0 884
残基数----75
LS精密化 シェル解像度: 3.101→3.318 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2895 --
Rwork0.2475 2575 -
obs--99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.941 Å / Origin y: -20.7209 Å / Origin z: -0.3 Å
111213212223313233
T0.9404 Å20.4036 Å2-0.2658 Å2-0.8324 Å2-0.2498 Å2--0.706 Å2
L4.1895 °2-0.4577 °2-0.9099 °2-2.9216 °20.0301 °2--3.7517 °2
S0.5396 Å °0.5417 Å °-0.6609 Å °-0.3748 Å °0.7213 Å °-0.6744 Å °1.1991 Å °1.3876 Å °-0.9586 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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