[日本語] English
万見
- PDB-4w9z: Crystal structure of the periplasmic domain of subunit II of cyto... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w9z
タイトルCrystal structure of the periplasmic domain of subunit II of cytochrome oxidase (CoxB) of Bradyrhizobium japonicum
要素Cytochrome c oxidase subunit 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / CuA / Respiration
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c oxidase / cytochrome-c oxidase activity / ATP synthesis coupled electron transport / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain ...Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Quade, N. / Abicht, H.K. / Hennecke, H. / Glockshuber, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the periplasmic domain of subunit II of cytochrome oxidase (CoxB) of Bradyrhizobium japonicum
著者: Quade, N. / Abicht, H.K. / Hennecke, H. / Glockshuber, R.
履歴
登録2014年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7253
ポリマ－15,5981
非ポリマー1272
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.431, 38.612, 59.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 15598.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌)
株: JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110 / 遺伝子: coxB, blr1170 / プラスミド: pET11a-CoxBPD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H7C6E5, cytochrome-c oxidase
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Potassium bromide, 0.1M Tris pH 7.5, 10% PEG1000, 10% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.3 Å / Num. obs: 35883 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 16.269 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 20.13 / Num. measured all: 231266
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.3-1.330.960.2475.2515490266526520.27299.5
1.33-1.370.970.2315.7215305256925540.25499.4
1.37-1.410.9770.1956.8615360253225070.21499
1.41-1.450.9830.1697.7214160243623930.18698.2
1.45-1.50.9840.1598.9114787236123430.17499.2
1.5-1.550.9890.13510.8414918231323070.14699.7
1.55-1.610.9910.11712.8514529223722330.12899.8
1.61-1.680.9940.09914.8113561212721080.10899.1
1.68-1.750.9950.08317.7713037204520040.09198
1.75-1.840.9960.07721.1413560195819550.08399.8
1.84-1.940.9970.06623.9312914188818850.07299.8
1.94-2.060.9980.05428.5811749175417460.05999.5
2.06-2.20.9980.05130.8410476166916380.05598.1
2.2-2.370.9990.04635.8110960154415410.0599.8
2.37-2.60.9990.04337.779976143014280.04799.9
2.6-2.910.9990.03940.328656130212930.04299.3
2.91-3.360.9990.03146.627302115211350.03398.5
3.36-4.110.9990.02753.2466979749720.0399.8
4.11-5.810.9990.02753.7849677687520.02997.9
5.810.9990.03353.2328624424370.03598.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.19 Å38.61 Å
Translation1.19 Å38.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TXV

4txv


解像度: 1.3→59.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / WRfactor Rfree: 0.1376 / WRfactor Rwork: 0.1131 / FOM work R set: 0.9419 / SU B: 0.955 / SU ML: 0.019 / SU R Cruickshank DPI: 0.0364 / SU Rfree: 0.0356 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1336 1795 5 %RANDOM
Rwork0.1089 34089 --
obs0.1102 34089 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 169.86 Å2 / Biso mean: 16.637 Å2 / Biso min: 4.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å2-0.08 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→59.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1091 0 2 256 1349
Biso mean--8.39 30.95 -
残基数----138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.021155
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.271.941570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.23832586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8125148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.29424.650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.50815203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.59154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4571.11563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4091.103562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2191.673704
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.32732272
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free37.673546
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.05452449
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.133 133 -
Rwork0.121 2512 -
all-2645 -
obs--99.44 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る