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- PDB-6je8: crystal structure of a beta-N-acetylhexosaminidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6je8
タイトルcrystal structure of a beta-N-acetylhexosaminidase
要素Beta-N-acetylhexosaminidase
キーワードHYDROLASE / Catalyze / acetamidodeoxyhexohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


chitobiose catabolic process / beta-N-acetylgalactosaminidase activity / glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / polysaccharide catabolic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Beta-hexosaminidase Amuc_2018
類似検索 - 構成要素
生物種Akkermansia muciniphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å
データ登録者Chen, X. / Wang, J.C. / Liu, M.J. / Yang, W.Y. / Wang, Y.Z. / Tang, R.P. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Crystallographic evidence for substrate-assisted catalysis of beta-N-acetylhexosaminidas from Akkermansia muciniphila.
著者: Chen, X. / Wang, J. / Liu, M. / Yang, W. / Wang, Y. / Tang, R. / Zhang, M.
履歴
登録2019年2月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2008
ポリマ－53,6281
非ポリマー5727
水11,187621
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.422, 84.345, 92.447
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-N-acetylhexosaminidase


分子量: 53628.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (strain ATCC BAA-835 / Muc) (バクテリア)
株: ATCC BAA-835 / Muc / 遺伝子: Amuc_2018
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: B2UP57, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.1M Sodium malonate, pH 7.0; 0.1 M HEPES pH 7.0; 0.5%v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0 and 0.2 M sodium formate; 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 50339 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.917 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 303267
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.864.80.50847050.8510.2460.5670.78393.4
1.86-1.946.30.38850140.9370.1640.4220.85199.5
1.94-2.036.40.29250110.9610.1230.3170.88899.6
2.03-2.136.40.22649990.9720.0950.2450.94399.1
2.13-2.276.20.17950290.9790.0770.1960.98399.2
2.27-2.445.80.14450150.9840.0640.1580.9799
2.44-2.696.40.11650900.9890.050.1270.90299.9
2.69-3.086.20.0950810.9930.0390.0980.92899.3
3.08-3.885.70.06850730.9960.030.0740.96797.9
3.88-505.90.05653220.9960.0250.0610.92498.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RCN

3rcn


解像度: 1.798→46.224 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1769 2484 4.94 %
Rwork0.1433 47797 -
obs0.145 50281 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.22 Å2 / Biso mean: 19.8126 Å2 / Biso min: 4.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.798→46.224 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3776 0 37 621 4434
Biso mean--33.98 31.86 -
残基数----469
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.798-1.83260.22651140.18872271238585
1.8326-1.870.22151430.17332593273697
1.87-1.91070.2251420.154326302772100
1.9107-1.95510.19231320.14826712803100
1.9551-2.0040.18481520.144726392791100
2.004-2.05820.1811180.138326892807100
2.0582-2.11870.19381630.14332599276299
2.1187-2.18710.18151290.14592681281099
2.1871-2.26530.19861480.14482641278999
2.2653-2.3560.17791340.14732646278099
2.356-2.46320.2051380.14842697283599
2.4632-2.59310.18661330.150226802813100
2.5931-2.75550.18381420.150627012843100
2.7555-2.96820.18891310.14872713284499
2.9682-3.26690.17771260.15012682280898
3.2669-3.73940.15021530.13342647280097
3.7394-4.71050.15231440.115627612905100
4.7105-46.23880.15091420.14782856299898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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