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- PDB-6je4: Crystal structure of Nme1Cas9-sgRNA-dsDNA dimer mediated by doubl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6je4
タイトルCrystal structure of Nme1Cas9-sgRNA-dsDNA dimer mediated by double protein inhibitor AcrIIC3 monomers
要素
  • AcrIIC3
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9
  • non-target DNA strand
  • sgRNA
  • target DNA strand
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR/DNA/RNA / CRISPR-Cas9 / NmeCas9 / Nme1Cas9 / AcrIIC3 / anti-CRISPR / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / : / Uncharacterized protein / CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.069 Å
データ登録者Sun, W. / Yang, J. / Cheng, Z. / Liu, C. / Wang, K. / Huang, X. / Wang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31725008 中国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Structures of Neisseria meningitidis Cas9 Complexes in Catalytically Poised and Anti-CRISPR-Inhibited States.
著者: Sun, W. / Yang, J. / Cheng, Z. / Amrani, N. / Liu, C. / Wang, K. / Ibraheim, R. / Edraki, A. / Huang, X. / Wang, M. / Wang, J. / Liu, L. / Sheng, G. / Yang, Y. / Lou, J. / Sontheimer, E.J. / Wang, Y.
履歴
登録2019年2月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9
C: target DNA strand
D: non-target DNA strand
B: sgRNA
I: AcrIIC3
E: CRISPR-associated endonuclease Cas9
G: target DNA strand
H: non-target DNA strand
F: sgRNA
J: AcrIIC3
K: CRISPR-associated endonuclease Cas9
M: target DNA strand
N: non-target DNA strand
L: sgRNA
O: CRISPR-associated endonuclease Cas9
Q: target DNA strand
R: non-target DNA strand
P: sgRNA
S: AcrIIC3
T: AcrIIC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)812,63841
ポリマ－811,20320
非ポリマー1,43621
水1,13563
1
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9
C: target DNA strand
D: non-target DNA strand
B: sgRNA
J: AcrIIC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,0318
ポリマ－202,8015
非ポリマー2303
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24490 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area75200 Å2
手法PISA
2
I: AcrIIC3
E: CRISPR-associated endonuclease Cas9
G: target DNA strand
H: non-target DNA strand
F: sgRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,21711
ポリマ－202,8015
非ポリマー4166
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25230 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area76170 Å2
手法PISA
3
K: CRISPR-associated endonuclease Cas9
M: target DNA strand
N: non-target DNA strand
L: sgRNA
T: AcrIIC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,46515
ポリマ－202,8015
非ポリマー66510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26460 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area75850 Å2
手法PISA
4
O: CRISPR-associated endonuclease Cas9
Q: target DNA strand
R: non-target DNA strand
P: sgRNA
S: AcrIIC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,9257
ポリマ－202,8015
非ポリマー1242
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24160 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area75300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.199, 118.010, 323.986
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 AEKOIJST

#1: タンパク質
CRISPR-associated endonuclease Cas9


分子量: 124589.883 Da / 分子数: 4 / 変異: D16A,H588A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌)
株: 8013 / 遺伝子: cas9, NMV_1993 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: C9X1G5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#5: タンパク質
AcrIIC3


分子量: 13457.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌)
株: 8013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E2QDI5, UniProt: A0A425B395*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 CGMQDHNR

#2: DNA鎖
target DNA strand


分子量: 10836.049 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖
non-target DNA strand


分子量: 10858.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
RNA鎖 , 1種, 4分子 BFLP

#4: RNA鎖
sgRNA


分子量: 43059.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 84分子

#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.8
詳細: 1M NaCl, 0.1M citric pH 5.76, 30% PEG 600, 9.6% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.06 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→50 Å / Num. obs: 178199 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.15 / Χ2: 0.925 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 3.06→3.11 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 8728 / CC1/2: 0.508 / Rpim(I) all: 0.384 / Rrim(I) all: 0.804 / Χ2: 0.802 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3247: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JDQ

6jdq


解像度: 3.069→46.284 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 8047 5.03 %
Rwork0.2101 --
obs0.2117 159906 87.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.069→46.284 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36931 15437 93 63 52524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00454967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83777595
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.73233377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0479028
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.069-3.10390.36911460.31972398X-RAY DIFFRACTION42
3.1039-3.14040.31021760.31023084X-RAY DIFFRACTION54
3.1404-3.17870.31021830.28493287X-RAY DIFFRACTION57
3.1787-3.21890.32372060.2743539X-RAY DIFFRACTION62
3.2189-3.26130.34281870.28413827X-RAY DIFFRACTION66
3.2613-3.30590.29232060.2684021X-RAY DIFFRACTION70
3.3059-3.35320.27472440.26324212X-RAY DIFFRACTION74
3.3532-3.40320.28462340.25244465X-RAY DIFFRACTION78
3.4032-3.45630.34822300.26524772X-RAY DIFFRACTION82
3.4563-3.5130.25252430.2594950X-RAY DIFFRACTION86
3.513-3.57350.29023080.2565115X-RAY DIFFRACTION89
3.5735-3.63850.29952540.25235290X-RAY DIFFRACTION92
3.6385-3.70850.2513160.24135355X-RAY DIFFRACTION94
3.7085-3.78410.25942800.23635566X-RAY DIFFRACTION96
3.7841-3.86640.26323020.23025544X-RAY DIFFRACTION98
3.8664-3.95630.24662790.22315740X-RAY DIFFRACTION98
3.9563-4.05510.24193250.21365697X-RAY DIFFRACTION99
4.0551-4.16470.2373450.20195633X-RAY DIFFRACTION99
4.1647-4.28720.2162960.19245684X-RAY DIFFRACTION99
4.2872-4.42550.22862930.18845701X-RAY DIFFRACTION99
4.4255-4.58350.21382820.18575778X-RAY DIFFRACTION99
4.5835-4.76680.1992660.17585765X-RAY DIFFRACTION99
4.7668-4.98350.2323080.18175744X-RAY DIFFRACTION99
4.9835-5.24590.21272780.18835761X-RAY DIFFRACTION100
5.2459-5.57410.24193130.19425796X-RAY DIFFRACTION100
5.5741-6.00360.23712930.20075792X-RAY DIFFRACTION100
6.0036-6.60630.2433230.20355784X-RAY DIFFRACTION100
6.6063-7.55860.22052780.18665866X-RAY DIFFRACTION100
7.5586-9.50950.19973300.1745803X-RAY DIFFRACTION100
9.5095-46.28890.20853230.19785890X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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