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- PDB-6w8v: Crystal structure of mouse DNMT1 in complex with ACG DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w8v
タイトルCrystal structure of mouse DNMT1 in complex with ACG DNA
要素
  • ACG DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*AP*(C49)P*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3')
  • ACG DNA (5'-D(*CP*CP*TP*TP*CP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*GP*T)-3')
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA methylation / DNMT1 / epigenetics / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of DNA methylation proteins / chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation involved in phenotypic switching / epigenetic programming of gene expression / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / PRC2 methylates histones and DNA / DNA-methyltransferase activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / cellular response to bisphenol A / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase ...SUMOylation of DNA methylation proteins / chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation involved in phenotypic switching / epigenetic programming of gene expression / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / PRC2 methylates histones and DNA / DNA-methyltransferase activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / cellular response to bisphenol A / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / female germ cell nucleus / methyl-CpG binding / germ cell nucleus / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / lncRNA binding / pericentric heterochromatin / heterochromatin / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / replication fork / methyltransferase activity / cellular response to amino acid stimulus / promoter-specific chromatin binding / regulation of cell population proliferation / regulation of gene expression / methylation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1, replication foci domain / Cytosine specific DNA methyltransferase replication foci domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding domain / DMAP1-binding domain profile. / : / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1, replication foci domain / Cytosine specific DNA methyltransferase replication foci domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding domain / DMAP1-binding domain profile. / : / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Anteneh, H. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM119721 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: DNMT1 activity, base flipping mechanism and genome-wide DNA methylation are regulated by the DNA sequence context
著者: Adam, S. / Anteneh, H. / Hornisch, M. / Wagner, V. / Lu, J. / Radde, N.E. / Bashtrykov, P. / Song, J. / Jeltsch, A.
履歴
登録2020年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
C: ACG DNA (5'-D(*CP*CP*TP*TP*CP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*GP*T)-3')
E: ACG DNA (5'-D(*CP*CP*TP*TP*CP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*GP*T)-3')
D: ACG DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*AP*(C49)P*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3')
F: ACG DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*AP*(C49)P*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,79712
ポリマ－212,7676
非ポリマー1,0306
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14290 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area75050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.240, 152.149, 96.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 732 through 733 and (name N...
21(chain B and (resid 732 through 750 or (resid 751...
12chain C
22chain E
13chain D
23chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPARGARG(chain A and ((resid 732 through 733 and (name N...AA732 - 7333 - 4
121ASPASPZNZN(chain A and ((resid 732 through 733 and (name N...AA - I732 - 17033
131ASPASPZNZN(chain A and ((resid 732 through 733 and (name N...AA - I732 - 17033
141ASPASPZNZN(chain A and ((resid 732 through 733 and (name N...AA - I732 - 17033
151ASPASPZNZN(chain A and ((resid 732 through 733 and (name N...AA - I732 - 17033
211ASPASPTYRTYR(chain B and (resid 732 through 750 or (resid 751...BB732 - 7503 - 21
221GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 732 through 750 or (resid 751...BB75122
231ASPASPZNZN(chain B and (resid 732 through 750 or (resid 751...BB - L732 - 17033
241ASPASPZNZN(chain B and (resid 732 through 750 or (resid 751...BB - L732 - 17033
251ASPASPZNZN(chain B and (resid 732 through 750 or (resid 751...BB - L732 - 17033
261ASPASPZNZN(chain B and (resid 732 through 750 or (resid 751...BB - L732 - 17033
271ASPASPZNZN(chain B and (resid 732 through 750 or (resid 751...BB - L732 - 17033
112DCDCDTDTchain CCC1 - 121 - 12
212DCDCDTDTchain EED1 - 121 - 12
113DADADGDGchain DDE13 - 241 - 12
213DADADGDGchain FFF13 - 241 - 12

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 / Met-1 / DNA methyltransferase MmuI / M.MmuI / MCMT


分子量: 98980.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dnmt1, Dnmt, Met1, Uim / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P13864, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: DNA鎖 ACG DNA (5'-D(*CP*CP*TP*TP*CP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*GP*T)-3')


分子量: 3627.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 ACG DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*AP*(C49)P*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3')


分子量: 3775.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium Citrate pH 4.8, 10 mM ZnCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.85 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 45209 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Rpim(I) all: 0.164 / Rrim(I) all: 0.426 / Χ2: 0.518 / Net I/σ(I): 1.6 / Num. measured all: 301241
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
3.1-3.215.92.06345230.3070.9252.2670.42
3.21-3.346.41.55244580.5320.6641.690.422
3.34-3.496.51.20345200.6730.511.3090.466
3.49-3.687.10.87445430.780.3510.9420.498
3.68-3.917.10.6644590.8980.2660.7120.517
3.91-4.2170.44345210.9470.180.4780.472
4.21-4.636.50.29245260.9640.1240.3180.502
4.63-5.36.50.2545280.9730.1060.2720.501
5.3-6.677.10.2345190.9810.0920.2480.516
6.67-506.60.10146120.9960.0430.110.843

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DA4

4da4


解像度: 3.12→48.471 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2781 2000 4.44 %
Rwork0.2457 43087 -
obs0.2471 45087 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 224.31 Å2 / Biso mean: 80.6753 Å2 / Biso min: 29.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.12→48.471 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12910 978 56 0 13944
Biso mean--81.61 --
残基数----1704
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5032X-RAY DIFFRACTION5.04TORSIONAL
12B5032X-RAY DIFFRACTION5.04TORSIONAL
21C220X-RAY DIFFRACTION5.04TORSIONAL
22E220X-RAY DIFFRACTION5.04TORSIONAL
31D220X-RAY DIFFRACTION5.04TORSIONAL
32F220X-RAY DIFFRACTION5.04TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.12-3.19780.41381260.3688272987
3.1978-3.28430.37521430.3515304999
3.2843-3.38090.3391420.32673079100
3.3809-3.490.32611450.31143105100
3.49-3.61470.34571430.28633095100
3.6147-3.75940.34741440.29563103100
3.7594-3.93040.28781430.26893094100
3.9304-4.13750.29151440.24483083100
4.1375-4.39660.26731440.21553129100
4.3966-4.73580.22881450.20383111100
4.7358-5.21180.25921440.20783110100
5.2118-5.96480.2341450.21823122100
5.9648-7.51060.23051460.21583121100
7.5106-48.4710.23261460.20293157100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.48820.17551.29540.85910.13271.6949-0.5772-0.11850.8795-0.1454-0.0128-0.0001-0.52480.26630.43711.03820.0735-0.34870.4701-0.01640.73322.5830.6016203.9905
22.11380.14060.74291.89570.81272.7179-0.21860.1108-0.06980.12430.1297-0.04580.49550.4810.04180.83640.058-0.03810.45420.05570.26020.28718.237190.9335
31.8143-0.0295-0.12141.3283-0.7292.3211-0.24280.20.1749-0.8990.2160.55590.3599-0.41590.0210.74340.0026-0.19490.4463-0.03450.3825-26.49977.1026187.6931
40.90380.6219-0.4431.99960.36031.82840.02430.2297-0.1777-0.58840.0872-1.0213-0.34910.7128-0.21850.7477-0.13240.34850.9903-0.02861.036619.666-17.5901221.5466
52.9499-4.31950.43886.7786-1.06510.5382-0.00490.3376-0.6275-0.2722-0.08710.96180.3937-0.39240.08040.6824-0.02090.02850.535-0.10690.6813-24.372-23.3013229.6635
61.4524-0.3971-0.20223.210.86052.0246-0.1573-0.0867-0.23770.0827-0.0530.1069-0.15440.20220.18380.3922-0.00170.0160.3990.08380.3188-7.5697-14.7235242.073
71.6004-0.2522-0.0482.1588-0.74752.5252-0.1326-0.0816-0.09370.84340.17730.6439-0.4954-0.4380.00150.49920.04340.13830.42970.0040.4433-30.3179-0.4908241.2973
86.96212.59560.34492.8421.47882.9978-0.03460.2944-0.2166-0.71471.1956-1.0286-0.95731.5523-1.38881.4616-0.1016-0.24630.9593-0.24821.1577-20.9153-2.329199.396
94.4693-0.52342.67098.22120.64562.4327-0.1030.5343-0.07710.54140.7565-1.3560.17751.4327-0.60761.10240.1698-0.02240.8499-0.10341.0096-23.03218.9857230.423
105.92421.5436-0.98024.9196-1.67483.9381-0.9313-0.7618-0.462-0.8778-0.12640.57480.6193-0.56941.22181.47370.1755-0.08541.0313-0.19440.9261-20.5773-1.7785197.9208
116.4226-2.0922-0.07572.18281.5735.7738-0.11370.6710.28720.6067-0.25470.6361-0.387-0.97410.37071.23440.0015-0.02630.8251-0.12740.7854-22.97038.2229232.1231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 732 through 1147 )A732 - 1147
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1148 through 1374 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1375 through 1600 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 732 through 924 )B732 - 924
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 925 through 995 )B925 - 995
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 996 through 1374 )B996 - 1374
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1375 through 1600 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 12 )C1 - 12
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 1 through 12 )E1 - 12
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 13 through 24 )D13 - 24
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 13 through 24 )F13 - 24

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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