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- PDB-6jd9: Proteus mirabilis lipase mutant - I118V/E130G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jd9
タイトルProteus mirabilis lipase mutant - I118V/E130G
要素Alpha/beta hydrolase
キーワードHYDROLASE / Lipase / Proteus mirabilis lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha/beta hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus mirabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Heater, B.S. / Chan, W.S. / Chan, M.K.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
14323216 香港
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2019
タイトル: Directed evolution of a genetically encoded immobilized lipase for the efficient production of biodiesel from waste cooking oil.
著者: Heater, B.S. / Chan, W.S. / Lee, M.M. / Chan, M.K.
履歴
登録2019年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7394
ポリマ－31,4621
非ポリマー2763
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.310, 65.310, 63.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase / Lipase


分子量: 31462.359 Da / 分子数: 1 / 変異: I118V, E130G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 遺伝子: lip, AM402_13560, NCTC10975_00950 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1Z1SX23, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 70% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月16日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→63.59 Å / Num. obs: 41629 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.58-1.615.50.1320590.9820.0610.144100
8.65-63.594.70.092520.8910.0520.10597.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.025 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.065
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1626 2089 5 %RANDOM
Rwork0.1388 ---
obs0.14 39488 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.66 Å2 / Biso mean: 15.038 Å2 / Biso min: 5.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2220 0 17 215 2452
Biso mean--21.24 25.47 -
残基数----286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0192282
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3531.953096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21234947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1785285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.24124.679109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.26915366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1351510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02548
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 160 -
Rwork0.144 2913 -
all-3073 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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