PDB-6jd4: ATPase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jd4

タイトル

ATPase

要素

ESX-1 secretion system protein EccCb1

キーワード

MOTOR PROTEIN / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type VII secretion system / evasion of host immune response / biological process involved in interaction with host / peptidoglycan-based cell wall / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wang, S.H. / Li, J. / Rao, Z.H.

資金援助

中国, 7件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (China)	2017YFC0840300	中国
Chinese Academy of Sciences	XDB08020200	中国
Ministry of Science and Technology (China)	2014CB542800	中国
Ministry of Science and Technology (China)	2014CBA02003	中国
National Natural Science Foundation of China	813300237	中国
National Natural Science Foundation of China	31500607	中国
National Natural Science Foundation of China	81520108019	中国

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020
タイトル: Structural insights into substrate recognition by the type VII secretion system.
著者: Wang, S. / Zhou, K. / Yang, X. / Zhang, B. / Zhao, Y. / Xiao, Y. / Yang, X. / Yang, H. / Guddat, L.W. / Li, J. / Rao, Z.

履歴

登録	2019年1月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jd4.cif.gz	221.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jd4.ent.gz	173.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jd4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jd4_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jd4_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	6jd4_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	6jd4_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/6jd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/6jd4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j17C 6j18C 6j19C 6jd5C 4nh0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q46-1 6kbs-d 4mch-d 6cyi-d 3h3r-2 3g2d-2 2r2d-6 1wrb-1 3lw3-d 4hup-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ESX-1 secretion system protein EccCb1

B: ESX-1 secretion system protein EccCb1

ヘテロ分子

61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ESX-1 secretion system protein EccCb1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ESX-1 secretion system protein EccCb1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.220, 77.314, 106.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ESX-1 secretion system protein EccCb1 / ESX conserved component Cb1 / Snm2 secretory protein / Type VII secretion system protein EccCb1 / ...ESX conserved component Cb1 / Snm2 secretory protein / Type VII secretion system protein EccCb1 / T7SS protein EccCb1 分子量: 30269.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: eccCb1, snm2, Rv3871 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WNB1
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.49 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.91 M potassium phosphate dibasic, pH 6.9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→62.466 Å / Num. all: 30107 / Num. obs: 30107 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 16.5 Å² / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.14 / R_sym value: 0.134 / Net I/av σ(I): 3.6 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 388582

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.1-2.21	12.9	0.331	1.8	55736	4313	0.098	0.346	0.331	9.6	100
2.21-2.35	12.6	0.291	2	51999	4118	0.088	0.305	0.291	10.6	99.9
2.35-2.51	13.2	0.249	2.2	50509	3819	0.074	0.26	0.249	12.2	100
2.51-2.71	13	0.202	2.6	46851	3606	0.06	0.211	0.202	14.7	100
2.71-2.97	12.5	0.165	3	41693	3348	0.05	0.172	0.165	17.4	99.9
2.97-3.32	13.1	0.145	3.3	39807	3033	0.041	0.151	0.145	22.2	100
3.32-3.83	13.4	0.1	4.8	36225	2694	0.028	0.104	0.1	27.7	100
3.83-4.7	13.2	0.079	6.2	30459	2301	0.022	0.082	0.079	30.9	100
4.7-6.64	12.5	0.074	6.3	22500	1807	0.022	0.077	0.074	28.5	99.8
6.64-43.723	12	0.05	8.4	12803	1068	0.015	0.052	0.05	31	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NH0

4nh0

解像度: 2.1→43.723 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2464	1431	4.78 %
R_work	0.2015	28532	-
obs	0.2036	29963	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.24 Å² / B_iso mean: 22.5091 Å² / B_iso min: 2.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→43.723 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3986	0	64	386	4436
B_iso mean	-	-	12.76	27.01	-
残基数	-	-	-	-	522

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4162
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.715	5690
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	630
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	736
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.599	2514

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1751	0.2969	143	0.2158	2792	2935	100
2.1751-2.2622	0.2586	166	0.2424	2797	2963	100
2.2622-2.3651	0.2877	154	0.2473	2771	2925	99
2.3651-2.4898	0.3492	123	0.2528	2838	2961	100
2.4898-2.6458	0.2774	125	0.2367	2846	2971	100
2.6458-2.85	0.2637	137	0.246	2844	2981	100
2.85-3.1367	0.2363	140	0.2015	2839	2979	100
3.1367-3.5905	0.2377	146	0.1779	2874	3020	100
3.5905-4.5229	0.1852	138	0.1525	2912	3050	100
4.5229-43.7325	0.2216	159	0.1789	3019	3178	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1363	0.0226	0.0281	0.1302	0.0457	0.2514	-0.0021	0.0183	-0.0062	0.0082	0.0316	-0.0746	-0.0319	0.0244	0.0839	0.053	0.0036	0.0103	0.0718	0.0011	0.1163	37.3185	0.0693	-27.1335
2	0.1729	-0.1005	-0.0514	0.1798	0.0975	0.0266	0.0082	0.057	-0.0098	-0.0122	-0.0347	-0.0293	-0.038	-0.0461	-0.1244	0.0522	0.0068	-0.005	0.08	0.0136	0.0634	20.8272	-2.6932	-21.8178
3	0.0086	0.0166	0.0087	0.0529	0.0262	0.0432	-0.0338	-0.1295	-0.1333	0.1009	0.019	0.2623	0.1384	-0.1361	-0.0051	0.1681	-0.0216	0.0153	0.1162	0.0365	0.1139	16.4835	-12.2	-8.3595
4	0.4648	0.0912	-0.0366	0.2208	-0.0825	0.4314	-0.1047	-0.2391	-0.0338	0.1353	-0.0217	0.0189	0.0961	0.1982	-0.2018	0.1193	0.0476	0.0066	0.153	0.0473	0.0342	30.8363	-17.1345	-11.3485
5	0.0386	-0.016	-0.0213	0.014	0.0075	0.0131	-0.157	-0.01	0.0017	0.0586	-0.0634	0.0503	-0.0905	-0.1289	-0.0018	0.1776	0.0146	0.014	0.1558	-0.0267	0.102	16.4759	3.1212	-5.1865
6	0.6989	-0.0104	-0.2111	0.2111	-0.1991	0.2454	0.166	-0.1308	0.2728	0.2304	-0.1848	-0.1095	0.0263	0.1529	0.1649	0.1821	0.0061	-0.0449	0.0889	-0.021	0.0412	26.568	-1.0142	-7.6432
7	0.4004	-0.1537	-0.5152	0.0881	0.2707	0.8789	0.1801	0.0072	0.0158	-0.0891	0.032	-0.0528	-0.1711	0.1864	0.2407	0.0711	-0.0126	-0.0348	0.0697	-0.0015	0.1036	30.9589	7.4592	-9.071
8	0.0142	0.0197	-0.0427	0.0479	-0.0103	0.1296	0.0007	0.0729	0.1474	-0.0155	0.0426	0.1253	-0.0834	-0.1858	-0.0106	0.1133	0.0706	0.0031	-0.3227	0.1313	0.0908	34.9598	16.1198	-13.3918
9	0.0498	0.0235	-0.0703	0.3894	0.0765	0.1104	-0.0569	-0.0875	-0.1261	-0.1281	0.0409	-0.0552	0.0388	-0.0643	0.0055	0.0425	0.0055	0.0164	0.0821	0.005	0.1387	35.7807	7.5176	-21.1765
10	0.2986	-0.1314	-0.0452	0.1386	0.0664	0.2643	-0.026	-0.004	-0.0293	0.0337	0.0083	0.1733	-0.0588	-0.0284	-0.0451	0.0994	0.0019	-0.0028	0.0718	-0.0042	0.1255	24.8939	11.7775	29.6836
11	0.1196	-0.0448	-0.0043	0.3012	-0.0852	0.1542	-0.0232	0.0252	-0.01	-0.0234	-0.0131	0.0696	-0.0123	0.0382	-0.1704	0.0461	-0.0103	-0.0097	0.0723	-0.0085	0.0571	35.9472	9.5676	21.7591
12	0.1395	-0.1432	0.1143	0.6722	0.5385	0.9412	0.1039	0.1776	0.0575	-0.0912	0.0417	-0.2325	-0.1157	0.369	0.0737	0.0719	0.0693	-0.0205	0.0745	0.0067	0.0898	44.8979	-0.684	8.5469
13	0.2992	-0.071	0.1165	0.0315	0.0212	0.1413	-0.0734	0.1072	0.1383	-0.1411	0.003	0.119	0.0047	-0.0952	-0.0569	0.1105	-0.0463	-0.0083	0.0791	-0.0344	0.0435	30.4315	-5.9696	11.4535
14	0.0295	-0.0097	-0.0069	0.0048	-0.0052	0.0011	-0.139	-0.1307	-0.0472	-0.0916	0.0605	-0.0595	-0.0689	0.0953	-0.0309	0.2369	-0.0066	0.0315	0.1419	0.0075	0.1798	44.8072	14.6489	5.3123
15	0.5689	0.0497	-0.3153	0.2592	0.3151	0.6344	0.1882	0.117	0.1515	-0.2009	-0.0967	0.1627	-0.0909	-0.2487	0.2234	0.1535	-0.0187	-0.0552	0.0343	0.0256	0.0709	34.5658	10.3047	7.6031
16	0.1402	-0.0544	-0.1053	0.229	0.0898	0.1047	-0.0194	0.2285	0.0037	-0.116	-0.1094	0.2112	-0.1597	-0.1887	0.0031	0.1311	0.0062	-0.0442	0.1293	0.0043	0.124	30.2228	18.7135	9.106
17	0.1576	-0.0496	-0.1014	1.4926	-0.2801	0.1709	0.16	0.2718	0.0969	-0.2732	0.0784	0.3261	-0.0106	-0.0108	0.0144	0.1422	0.0115	-0.0411	0.1687	0.0346	0.1934	25.6324	27.5081	13.1249
18	0.1874	-0.07	-0.1811	0.0377	0.0643	0.1528	-0.0743	0.1111	-0.1708	0.0508	-0.0116	0.204	0.096	-0.1305	-0.157	0.0483	-0.0322	-0.0069	0.0304	-0.0284	0.1358	25.4077	19.062	21.1056

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 318 through 371 )	A	318 - 371
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 372 through 431 )	A	372 - 431
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 432 through 449 )	A	432 - 449
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 450 through 477 )	A	450 - 477
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 478 through 491 )	A	478 - 491
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 492 through 522 )	A	492 - 522
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 523 through 545 )	A	523 - 545
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 546 through 559 )	A	546 - 559
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 560 through 578 )	A	560 - 578
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 318 through 354 )	B	318 - 354
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 355 through 431 )	B	355 - 431
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 432 through 449 )	B	432 - 449
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 450 through 477 )	B	450 - 477
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 478 through 491 )	B	478 - 491
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 492 through 522 )	B	492 - 522
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 523 through 545 )	B	523 - 545
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 546 through 559 )	B	546 - 559
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 560 through 578 )	B	560 - 578

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)