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- PDB-6jcl: Crystal structure of cofactor-bound Rv0187 from MTB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jcl
タイトルCrystal structure of cofactor-bound Rv0187 from MTB
要素Probable O-methyltransferase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol O-methyltransferase activity / catechol O-methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / STRONTIUM ION / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.644 Å
データ登録者Kim, J. / Lee, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2016R1D1A1B03930716 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural and biochemical characterization of Rv0187, an O-methyltransferase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Lee, S. / Kang, J. / Kim, J.
履歴
登録2019年1月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable O-methyltransferase
B: Probable O-methyltransferase
C: Probable O-methyltransferase
D: Probable O-methyltransferase
G: Probable O-methyltransferase
H: Probable O-methyltransferase
E: Probable O-methyltransferase
F: Probable O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,35236
ポリマ－199,3148
非ポリマー5,03828
水15,727873
1
A: Probable O-methyltransferase
B: Probable O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,41313
ポリマ－49,8282
非ポリマー1,58411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area17090 Å2
手法PISA
2
C: Probable O-methyltransferase
D: Probable O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0098
ポリマ－49,8282
非ポリマー1,1806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area16730 Å2
手法PISA
3
G: Probable O-methyltransferase
H: Probable O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0969
ポリマ－49,8282
非ポリマー1,2687
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area16530 Å2
手法PISA
4
E: Probable O-methyltransferase
F: Probable O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8346
ポリマ－49,8282
非ポリマー1,0054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area16420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.300, 75.920, 329.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 15 or resid 17...
21(chain B and ((resid 4 and (name N or name...
31(chain C and (resid 4 through 15 or resid 17...
41(chain D and ((resid 4 and (name N or name...
51(chain E and ((resid 4 and (name N or name...
61(chain F and (resid 4 through 15 or resid 17...
71(chain G and (resid 4 through 15 or resid 17...
81(chain H and (resid 4 through 15 or resid 17...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 4 through 15 or resid 17...A4 - 15
121(chain A and (resid 4 through 15 or resid 17...A17 - 20
131(chain A and (resid 4 through 15 or resid 17...A3 - 220
141(chain A and (resid 4 through 15 or resid 17...A30 - 57
151(chain A and (resid 4 through 15 or resid 17...A58 - 60
161(chain A and (resid 4 through 15 or resid 17...A3 - 220
171(chain A and (resid 4 through 15 or resid 17...A3 - 220
181(chain A and (resid 4 through 15 or resid 17...A3 - 220
191(chain A and (resid 4 through 15 or resid 17...A3 - 220
211(chain B and ((resid 4 and (name N or name...B4
221(chain B and ((resid 4 and (name N or name...B4 - 220
231(chain B and ((resid 4 and (name N or name...B4 - 220
241(chain B and ((resid 4 and (name N or name...B4 - 220
251(chain B and ((resid 4 and (name N or name...B4 - 220
311(chain C and (resid 4 through 15 or resid 17...C4 - 15
321(chain C and (resid 4 through 15 or resid 17...C17 - 20
331(chain C and (resid 4 through 15 or resid 17...C22 - 28
341(chain C and (resid 4 through 15 or resid 17...C3 - 218
351(chain C and (resid 4 through 15 or resid 17...C3 - 218
361(chain C and (resid 4 through 15 or resid 17...C3 - 218
371(chain C and (resid 4 through 15 or resid 17...C3 - 218
381(chain C and (resid 4 through 15 or resid 17...C3 - 218
411(chain D and ((resid 4 and (name N or name...D4
421(chain D and ((resid 4 and (name N or name...D4 - 218
431(chain D and ((resid 4 and (name N or name...D4 - 218
441(chain D and ((resid 4 and (name N or name...D4 - 218
451(chain D and ((resid 4 and (name N or name...D4 - 218
511(chain E and ((resid 4 and (name N or name...E4
521(chain E and ((resid 4 and (name N or name...E4 - 220
531(chain E and ((resid 4 and (name N or name...E4 - 220
541(chain E and ((resid 4 and (name N or name...E4 - 220
551(chain E and ((resid 4 and (name N or name...E4 - 220
611(chain F and (resid 4 through 15 or resid 17...F4 - 15
621(chain F and (resid 4 through 15 or resid 17...F17 - 20
631(chain F and (resid 4 through 15 or resid 17...F22 - 28
641(chain F and (resid 4 through 15 or resid 17...F30 - 57
651(chain F and (resid 4 through 15 or resid 17...F3 - 218
661(chain F and (resid 4 through 15 or resid 17...F3 - 218
671(chain F and (resid 4 through 15 or resid 17...F3 - 218
681(chain F and (resid 4 through 15 or resid 17...F3 - 218
691(chain F and (resid 4 through 15 or resid 17...F3 - 218
711(chain G and (resid 4 through 15 or resid 17...G4 - 15
721(chain G and (resid 4 through 15 or resid 17...G17 - 20
731(chain G and (resid 4 through 15 or resid 17...G22 - 28
741(chain G and (resid 4 through 15 or resid 17...G30 - 57
751(chain G and (resid 4 through 15 or resid 17...G3 - 303
761(chain G and (resid 4 through 15 or resid 17...G3 - 303
771(chain G and (resid 4 through 15 or resid 17...G3 - 303
781(chain G and (resid 4 through 15 or resid 17...G3 - 303
791(chain G and (resid 4 through 15 or resid 17...G3 - 303
811(chain H and (resid 4 through 15 or resid 17...H4 - 15
821(chain H and (resid 4 through 15 or resid 17...H17 - 20
831(chain H and (resid 4 through 15 or resid 17...H22 - 28
841(chain H and (resid 4 through 15 or resid 17...H30 - 57
851(chain H and (resid 4 through 15 or resid 17...H4 - 219
861(chain H and (resid 4 through 15 or resid 17...H4 - 219
871(chain H and (resid 4 through 15 or resid 17...H4 - 219
881(chain H and (resid 4 through 15 or resid 17...H4 - 219
891(chain H and (resid 4 through 15 or resid 17...H4 - 219

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDGHEF

#1: タンパク質
Probable O-methyltransferase


分子量: 24914.230 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv0187 / プラスミド: pLATE31 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O07431

-
非ポリマー , 5種, 901分子

#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 873 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.22mM Rv0187, 2mM SAH and 2.6mM MgCl2 0.1 M HEPES pH 7.3 70% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol 0.1M Strontium chloride hexahydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→62.47 Å / Num. obs: 227245 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 21.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 2.442 / Num. unique obs: 10420 / CC1/2: 0.303 / Rpim(I) all: 0.706 / Rrim(I) all: 2.548 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SCALA0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JCM

6jcm


解像度: 1.644→36.232 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2069 11295 4.98 %
Rwork0.1808 --
obs0.1821 227000 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.27 Å2 / Biso mean: 35.4007 Å2 / Biso min: 13.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.644→36.232 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12644 0 291 873 13808
Biso mean--31.72 39.51 -
残基数----1734
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4116X-RAY DIFFRACTION13.272TORSIONAL
12B4116X-RAY DIFFRACTION13.272TORSIONAL
13C4116X-RAY DIFFRACTION13.272TORSIONAL
14D4116X-RAY DIFFRACTION13.272TORSIONAL
15E4116X-RAY DIFFRACTION13.272TORSIONAL
16F4116X-RAY DIFFRACTION13.272TORSIONAL
17G4116X-RAY DIFFRACTION13.272TORSIONAL
18H4116X-RAY DIFFRACTION13.272TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.644-1.66270.34183570.32546403676090
1.6627-1.68220.33383750.30976917729296
1.6822-1.70280.32833350.2967115745098
1.7028-1.72430.30893460.2887160750698
1.7243-1.7470.29163380.26947081741998
1.747-1.77090.28713690.267067743698
1.7709-1.79620.27363840.24347112749698
1.7962-1.8230.26383620.23347106746898
1.823-1.85150.25783970.22787130752799
1.8515-1.88190.27473520.23047181753399
1.8819-1.91430.27173740.24217065743999
1.9143-1.94910.26963660.24817206757299
1.9491-1.98660.22294020.20057119752199
1.9866-2.02720.22823670.1937160752799
2.0272-2.07130.22723640.20557147751199
2.0713-2.11940.21363680.18557210757899
2.1194-2.17240.22024050.17447199760499
2.1724-2.23120.21754320.17637179761199
2.2312-2.29680.20923990.1787145754499
2.2968-2.37090.19163950.16687242763799
2.3709-2.45560.19663720.17357223759599
2.4556-2.55390.23670.16987269763699
2.5539-2.67010.20063340.158473197653100
2.6701-2.81090.18123290.16173857714100
2.8109-2.98690.19953750.172472607635100
2.9869-3.21740.18773600.169773597719100
3.2174-3.54090.18974320.161973317763100
3.5409-4.05270.17343900.148574037793100
4.0527-5.10370.16673890.147175227911100
5.1037-36.24050.19724600.17837690815099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5115-0.1441-0.02061.4003-0.22750.98650.06590.26280.0936-0.0375-0.04080.0805-0.09380.0157-0.03240.07640.00010.02190.2877-0.00170.189115.37037.5734-74.3072
21.7911-0.335-0.28261.51270.25111.03270.03840.2447-0.1778-0.0111-0.10030.02430.16060.05430.05360.08010.01730.0110.2933-0.03350.226.5702-15.4887-73.9994
31.6110.25160.11810.7699-0.19561.2971-0.0440.13920.06770.12610.14360.2048-0.2118-0.327-0.06140.14890.0680.05970.23580.04290.1988-7.921915.2573-56.4807
40.5142-0.0737-0.46040.9109-0.02820.85570.1299-0.18870.24550.76050.0220.1227-0.7846-0.1512-0.1270.74680.14030.14890.2787-0.02510.2642-4.674225.9637-33.086
50.6323-0.4721-0.12820.47270.41860.9926-0.3169-0.14570.0420.72110.2438-0.1796-0.15740.16150.05460.8220.0055-0.06320.2813-0.03660.215426.9204-2.7264-8.4658
60.2531-0.2348-0.11290.26360.12730.7746-0.318-0.1396-0.03780.66950.19010.276-0.3746-0.2936-0.03081.05790.1470.27560.3249-0.02460.02113.0256.6236-8.572
71.99990.42-0.12061.5753-0.041.67210.06280.1737-0.15840.0778-0.0305-0.25590.38670.3463-0.0110.21440.0862-0.03050.22290.00730.168846.4315-22.0547-49.3166
80.4539-0.0081-0.05641.299-0.75311.6470.1362-0.1614-0.09960.3842-0.1024-0.00030.583-0.049-0.02110.5169-0.0764-0.03990.2280.02010.182135.5564-25.9147-26.0287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 5:222)A5 - 222
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 6:222)B6 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 5:220)C5 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 6:220)D6 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5(chain G and resseq 5:223)G5 - 223
6X-RAY DIFFRACTION6(chain H and resseq 6:221)H6 - 221
7X-RAY DIFFRACTION7(chain E and resseq 6:222)E6 - 222
8X-RAY DIFFRACTION8(chain F and resseq 5:220)F5 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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