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万見
- PDB-6jb9: Crystal structure of nanobody D3-L11 (unbound form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jb9
タイトルCrystal structure of nanobody D3-L11 (unbound form)
要素Nanobody D3-L11
キーワードIMMUNE SYSTEM / nanobody / hot-spot mutagenesis / thermodynamics / biomolecular recognition
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Tamura, H. / Akiba, H. / Tsumoto, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science15K06962 日本
Japan Society for the Promotion of Science16H02420 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural and thermodynamic basis for the recognition of the substrate-binding cleft on hen egg lysozyme by a single-domain antibody.
著者: Akiba, H. / Tamura, H. / Kiyoshi, M. / Yanaka, S. / Sugase, K. / Caaveiro, J.M.M. / Tsumoto, K.
履歴
登録2019年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody D3-L11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2665
ポリマ－13,8811
非ポリマー3844
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.190, 53.360, 36.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Nanobody D3-L11


分子量: 13881.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100mM TRIS HCl, 100mM NaCl, 2.0M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→26.7 Å / Num. obs: 34665 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.15→1.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 4414 / CC1/2: 0.952 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
MOSFLM7.1.0データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JB2

6jb2


解像度: 1.15→26.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.85 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12903 643 1.9 %RANDOM
Rwork0.10159 ---
obs0.10211 33999 97.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.992 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20.11 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.15→26.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数974 0 20 197 1191
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0131091
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.018950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1671.6441492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6411.582214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4645147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.36921.50953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.07815175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.51157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0610.596546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0460.595545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3160.904686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3160.906687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8920.823545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5950.789528
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8651.108775
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.8368.6971197
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.5328.0461160
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.0132041
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 36 -
Rwork0.153 1975 -
obs--77.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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