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万見
- PDB-6j9l: FnoBH+AcrIIC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j9l
タイトルFnoBH+AcrIIC2
要素
  • AcrIIC2
  • HNH endonuclease family protein
キーワードHYDROLASE INHIBITOR/HYDROLASE / AcrIIC2 / HYDROLASE INHIBITOR-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR system subtype II-B RNA-guided endonuclease Cas9/Csx12 / : / CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
HNH endonuclease family protein / : / Phage associated protein / CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
Francisella novicida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Zhu, Y.L. / Gao, A. / Serganov, A. / Gao, P.
資金援助 米国, 中国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM112940 米国
National Science Foundation (China)91753133 中国
National Science Foundation (China)31670903 中国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2019
タイトル: Diverse Mechanisms of CRISPR-Cas9 Inhibition by Type IIC Anti-CRISPR Proteins.
著者: Zhu, Y. / Gao, A. / Zhan, Q. / Wang, Y. / Feng, H. / Liu, S. / Gao, G. / Serganov, A. / Gao, P.
履歴
登録2019年1月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AcrIIC2
B: AcrIIC2
E: HNH endonuclease family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4213
ポリマ－34,4213
非ポリマー00
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13630 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.706, 62.525, 88.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AcrIIC2


分子量: 14267.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: CIJ84_02100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E2QCQ3, UniProt: A0A425B3G2*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド HNH endonuclease family protein


分子量: 5884.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella novicida (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B6KIH0, UniProt: A0Q5Y3*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Sequence of AcrIIC2 was based on protein sequence of published literature (Pawluk et al., PMID: ...Sequence of AcrIIC2 was based on protein sequence of published literature (Pawluk et al., PMID: 27984730), in which reisdues 'MA' at terminal were reported.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES, pH 5.6, PEG 3000, PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 27092 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.398 / Num. unique obs: 1281

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J9K

6j9k


解像度: 1.78→43.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 5.456 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22392 1259 4.9 %RANDOM
Rwork0.17725 ---
obs0.1795 24512 94.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.246 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.78→43.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2045 0 0 211 2256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0192120
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9231.9552857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8875254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19223.802121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39615381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7471523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.80232120
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free37.297552
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded23.59452234
LS精密化 シェル解像度: 1.781→1.827 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 69 -
Rwork0.209 1389 -
obs--74.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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