PDB-6j9m: NmeBH+AcrIIC2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j9m

タイトル

NmeBH+AcrIIC2

要素

AcrIIC2
CRISPR-associated endonuclease Cas9

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AcrIIC2 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.394 Å

データ登録者

Zhu, Y.L. / Gao, A. / Serganov, A. / Gao, P.

資金援助

米国,

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	R01GM112940	米国
National Science Foundation (China)	91753133	中国
National Science Foundation (China)	31670903	中国

引用

ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2019
タイトル: Diverse Mechanisms of CRISPR-Cas9 Inhibition by Type IIC Anti-CRISPR Proteins.
著者: Zhu, Y. / Gao, A. / Zhan, Q. / Wang, Y. / Feng, H. / Liu, S. / Gao, G. / Serganov, A. / Gao, P.

履歴

登録	2019年1月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j9m.cif.gz	224.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j9m.ent.gz	180.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j9m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6j9kSC 6j9lC 6j9nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1m7u-2 6dj6-2 3r6g-1 5uto-1 4xta-1 6mn5-2 3uud-2 4o8f-3 2pit-d 7b9l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (5)

登録構造単位

A: CRISPR-associated endonuclease Cas9

B: AcrIIC2

C: AcrIIC2

D: AcrIIC2

E: AcrIIC2

F: CRISPR-associated endonuclease Cas9

74.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CRISPR-associated endonuclease Cas9

C: AcrIIC2

D: AcrIIC2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AcrIIC2

E: AcrIIC2

F: CRISPR-associated endonuclease Cas9

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.385, 81.996, 76.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.44, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CRISPR-associated endonuclease Cas9 分子量: 8535.054 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 遺伝子: cas9, A6J54_04955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1V0G6B2, UniProt: C9X1G5*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質	AcrIIC2 分子量: 14267.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 遺伝子: CIJ84_02100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E2QCQ3, UniProt: A0A425B3G2*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	Sequence of AcrIIC2 was based on protein sequence of published literature (Pawluk et al., PMID: ...Sequence of AcrIIC2 was based on protein sequence of published literature (Pawluk et al., PMID: 27984730), in which reisdues 'MA' at terminal were reported.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M CHES, ethanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 22256 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 29.6
反射シェル	解像度: 2.39→2.43 Å / R_merge(I) obs: 0.274 / Num. unique obs: 1113

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6J9K

6j9k

解像度: 2.394→41.475 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2223	1131	5.09 %
R_work	0.1794	-	-
obs	0.1817	22215	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.394→41.475 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4111	0	0	93	4204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.185	5656
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.199	1614
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	586
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	760

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3938-2.5027	0.2861	151	0.2155	2476	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5027-2.6346	0.2978	123	0.2165	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6346-2.7996	0.3019	143	0.224	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7996-3.0157	0.2765	151	0.2135	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0157-3.3191	0.2465	137	0.2016	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3191-3.7991	0.2073	141	0.1751	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7991-4.7854	0.1883	140	0.147	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7854-41.4814	0.1802	145	0.16	2697	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2412	0.3562	2.4012	4.3202	3.0997	3.3463	-0.1462	0.035	0.7471	-0.1508	-0.1695	-0.257	-0.3299	0.4107	0.0371	0.3628	-0.0428	-0.0266	0.4236	0.2008	0.3733	-5.768	5.5551	96.7763
2	3.4373	3.2918	-1.919	5.7013	-1.2304	0.9784	-0.2555	0.4063	-0.3724	0.2795	0.3238	0.2086	-0.182	-0.7216	-0.0271	0.3369	0.0717	0.0809	0.3133	-0.0171	0.3159	-14.3393	-15.4197	100.581
3	3.4061	-0.3322	-2.1008	1.2001	-1.3141	4.7723	-0.0025	-1.0666	-0.3163	1.0507	-0.1001	0.6757	0.1739	-1.1435	0.157	0.53	0.0262	0.0833	1.1574	-0.0041	0.5051	-32.6133	-14.5007	85.3924
4	1.7496	0.6682	-0.824	1.7355	0.8696	3.1719	-0.2567	-0.5369	-0.2074	-0.1168	0.3332	-0.1152	0.191	0.0279	-0.057	0.335	0.031	-0.0175	0.2909	0.0167	0.3149	-25.6624	-16.7169	67.4613
5	2.6006	-0.1463	0.3373	1.6702	0.4959	2.8764	-0.0604	-0.5141	0.1454	0.2842	-0.202	0.0931	0.4995	-0.8617	0.1727	0.3581	-0.0935	0.0385	0.4688	-0.035	0.2783	-33.0141	-20.1351	70.5081
6	7.7037	-0.1487	-1.0368	2.3966	-0.844	4.9196	0.0398	0.2046	-0.0859	-0.4474	-0.365	0.1122	-0.2132	-1.3892	0.2852	0.4033	0.0727	-0.1478	0.7782	-0.1426	0.3572	-40.1371	-16.1415	54.6937
7	5.207	-0.7108	0.768	3.8335	-0.3287	4.5339	-0.045	-0.0538	-1.2145	0.1527	0.2503	0.4683	1.2389	-0.7478	-0.1798	0.5573	-0.2159	-0.0204	0.7038	-0.126	0.4661	-38.49	-29.0367	62.7208
8	3.881	1.3042	-1.0586	0.4871	-0.4153	0.336	-0.3345	-0.6933	-0.3411	1.0043	-0.3997	1.1631	1.4607	-1.2204	0.288	0.7793	-0.2272	0.1587	0.9212	0.0652	0.6233	-38.0987	-27.4324	78.9437
9	3.7276	-0.2232	0.4174	3.8226	2.1558	2.8283	0.148	-0.7423	0.4421	-0.025	-0.3742	0.4664	-0.2102	-1.2228	-0.0043	0.288	-0.0239	-0.0373	0.82	-0.1504	0.3766	-40.5351	-17.4143	67.4098
10	4.1169	0.4603	-1.8588	2.0152	-0.9892	2.9956	0.067	-0.1876	-0.0789	0.1939	-0.1539	0.0121	-0.0307	0.0351	-0.0095	0.21	0.0359	-0.0332	0.1957	-0.0125	0.2256	-21.089	-7.8933	116.8057
11	3.894	-1.0825	-2.0933	6.3264	3.804	7.5774	0.0626	0.932	-0.2378	-0.1747	-0.4611	0.3274	-0.2953	-0.7429	0.2104	0.1932	0.0723	-0.0044	0.1827	-0.0707	0.3066	-26.2002	-6.7879	112.0753
12	3.9457	-4.5451	0.6452	7.2712	-3.2293	3.1097	0.0022	-0.875	-0.0641	0.7906	0.3115	0.2094	0.1043	-0.3802	0.1984	0.3362	0.0769	-0.0012	0.6618	0.154	0.2839	-7.837	-7.3572	125.3395
13	1.5646	1.0197	-0.4976	0.8966	-0.4572	1.4072	-0.3091	0.0377	0.222	-0.1341	0.0223	0.0036	0.1988	0.1085	0.0306	0.2732	0.0683	-0.0129	0.2514	0.0397	0.271	-11.364	-5.6348	107.1922
14	4.1411	-0.987	0.6919	1.0645	0.0728	0.7178	0.0272	0.3121	-0.1087	-0.1654	-0.057	-0.2891	-0.0374	0.4312	-0.0692	0.2966	0.0225	0.0336	0.3358	-0.0245	0.3384	-0.497	-3.2519	105.6798
15	0.8635	-0.3663	1.3401	2.0984	-0.5566	2.7795	-0.0479	0.405	-0.0946	-0.834	0.0362	0.1427	-0.2885	0.3129	-0.0307	0.2324	-0.0411	-0.0047	0.24	0.0381	0.3662	1.5972	11.2751	106.3545
16	2.4027	-0.1315	0.286	2.5462	-0.1587	1.2665	0.1392	-0.2897	0.6228	0.1718	0.1329	-0.2301	-0.5591	0.5375	-0.2284	0.2717	-0.0387	0.0054	0.2831	-0.068	0.402	-0.5134	4.2804	113.2243
17	5.212	2.1099	0.9914	6.8899	3.1099	7.04	0.2646	-0.2835	-0.2169	0.3708	-0.0513	-0.2032	0.3647	0.7487	-0.2021	0.2541	0.0343	0.0029	0.3821	0.0319	0.3521	3.5132	-3.1544	110.7348
18	3.5598	-1.3913	1.1176	2.4689	1.9631	6.2808	0.1018	-0.0832	0.1054	0.1328	-0.0333	-0.1759	0.1176	0.2263	-0.0273	0.3122	0.0645	0.0041	0.3482	-0.0007	0.3062	-18.728	-15.5597	74.3167
19	4.1899	0.1654	0.9679	3.3662	-0.0088	3.9471	-0.0683	-0.1905	-0.0872	0.0595	0.2221	-0.2062	0.3739	-0.0303	-0.0656	0.2854	0.0435	-0.0494	0.3165	-0.0444	0.2059	-15.4262	-15.1035	81.503
20	4.137	-1.0912	-1.6483	0.5797	0.9976	5.5277	-0.3431	-0.0596	-1.044	0.6149	-0.032	0.1937	0.9704	-0.0014	0.1335	0.5462	-0.0337	0.0897	0.222	-0.0982	0.5035	-29.5385	-27.8503	56.5111
21	3.861	0.8462	0.1493	6.4408	3.5163	6.3227	0.1575	0.1003	0.1952	0.4188	0.3279	-0.4026	-0.7553	0.2452	-0.1388	0.5135	0.0319	-0.0067	0.2307	0.0238	0.2873	-21.5325	-8.5145	60.4178

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 50:55 )	A	50 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 56:79 )	A	56 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 3:10 )	B	3 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 11:24 )	B	11 - 24
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 25:41 )	B	25 - 41
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 42:56 )	B	42 - 56
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 57:78 )	B	57 - 78
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 79:90 )	B	79 - 90
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 91:115 )	B	91 - 115
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 6:90 )	C	6 - 90
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 91:118 )	C	91 - 118
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 5:10 )	D	5 - 10
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 11:24 )	D	11 - 24
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 25:56 )	D	25 - 56
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 57:70 )	D	57 - 70
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 71:90 )	D	71 - 90
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 91:114 )	D	91 - 114
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN E AND RESID 4:56 )	E	4 - 56
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN E AND RESID 57:119 )	E	57 - 119
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN F AND RESID 50:55 )	F	50 - 55
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN F AND RESID 56:77 )	F	56 - 77

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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