[日本語] English
万見
- PDB-6j9c: Crystal structure of Arabidopsis thaliana transcription factor LE... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j9c
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana transcription factor LEC2-DNA complex
要素
  • B3 domain-containing transcription factor LEC2
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*T)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / flowering time regulation / B3 domain / DNA-binding / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of auxin biosynthetic process / somatic embryogenesis / seed oilbody biogenesis / seed maturation / embryo development ending in seed dormancy / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
B3 domain-containing transcription factor LEC2-like / DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / B3 domain-containing transcription factor LEC2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.102 Å
データ登録者Hu, H. / Du, J.
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2019
タイトル: Embryonic resetting of the parental vernalized state by two B3 domain transcription factors in Arabidopsis.
著者: Tao, Z. / Hu, H. / Luo, X. / Jia, B. / Du, J. / He, Y.
履歴
登録2019年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: B3 domain-containing transcription factor LEC2
B: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*T)-3')
D: B3 domain-containing transcription factor LEC2
E: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9666
ポリマ－46,9666
非ポリマー00
水00
1
A: B3 domain-containing transcription factor LEC2
B: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4833
ポリマ－23,4833
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
2
D: B3 domain-containing transcription factor LEC2
E: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4833
ポリマ－23,4833
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.073, 96.601, 99.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 B3 domain-containing transcription factor LEC2 / Protein LEAFY COTYLEDON 2


分子量: 14306.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: LEC2, At1g28300, F3H9.5 / プラスミド: PET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q1PFR7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*T)-3')


分子量: 4615.006 Da / 分子数: 2 / Fragment: FLC CME DNA / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*T)-3')


分子量: 4562.000 Da / 分子数: 2 / Fragment: FLC CME DNA / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M sodium HEPES pH 7.5, 15% PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 8746 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 3.56 / Num. unique obs: 1271 / CC1/2: 0.995 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J9A

6j9a


解像度: 3.102→49.591 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 23.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2568 446 5.1 %
Rwork0.2246 --
obs0.2263 8746 67.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.102→49.591 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1804 1218 0 0 3022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1564555
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.4071284
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007378
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1024-3.55130.2593350.2199734X-RAY DIFFRACTION18
3.5513-4.47380.26992010.23313376X-RAY DIFFRACTION84
4.4738-49.59780.24532100.21934190X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.24422.1871-0.33886.0068-5.03135.12430.0793-0.02160.09330.3568-0.22970.9224-0.514-0.39830.13720.5718-0.03740.30140.192-0.14710.54382.560130.6969-19.0277
22.3887-0.4061-1.69650.30540.37972.4853-0.0930.27920.2314-0.35550.1624-0.2443-0.41340.40390.18180.8142-0.19110.4030.36490.16390.568419.681831.2435-35.5248
31.5591-1.4142-0.26021.28540.2530.26330.00880.0639-0.0573-0.32640.1594-0.017-0.0649-0.0092-0.11631.0109-0.16690.05330.2880.09540.86873.917625.4508-31.8584
40.0002-0.0410.04075.1561-5.12855.1005-0.41530.51660.4053-0.98520.4870.96820.2511-0.4725-0.10911.03330.03220.03140.55670.0390.6719-0.838935.0774-36.0252
51.76510.82290.96451.88-0.10231.07110.108-0.12580.22020.3886-0.08560.0699-0.22010.00170.00590.6617-0.19280.17850.24920.10750.44429.889938.3034-24.3074
63.82481.42370.8058.77060.49035.05740.158-0.1010.37960.051-0.083-0.0794-0.9434-0.00670.05470.8550.01050.37920.154-0.03750.3869.109935.3307-21.4908
70.5127-0.5967-0.20772.85031.13770.4580.22750.1410.2243-0.5877-0.37980.1424-0.6599-0.1625-0.07591.75710.03460.58890.4731-0.070.797616.269930.1829-48.6901
80.24090.04930.10022.7993-2.83792.9663-0.03410.3291-0.2557-0.9651-0.2624-0.81220.5290.46820.61391.5422-0.04150.48710.59770.27240.824419.192833.4443-47.974
90.9546-0.5752-0.44790.34260.27120.21570.08710.0173-0.06430.028-0.0225-0.0238-0.06070.0925-0.0198-0.02170.32930.1884-0.03610.01890.4845-1.630311.3024-11.7529
101.2031-1.5404-1.84172.10412.86924.76420.1415-0.08450.2395-0.32990.0254-0.3375-0.79290.8915-0.17190.1153-0.07620.01280.21450.10210.36596.832917.9714-13.9602
113.90620.3703-3.25332.1715-0.94116.8108-0.1168-0.2533-0.1085-0.15570.18770.055-0.0922-0.0734-0.10780.2025-0.01460.15990.01180.04580.2643-1.168915.8475-9.6478
122.0915-0.25590.47625.1059-0.7232.0672-0.04660.22050.0063-0.5947-0.15450.089-0.22690.0061-0.05020.26170.0199-0.1650.00980.12720.33-3.783916.6514-20.3954
137.22266.54751.98258.5631.46082.3328-0.2642-0.6273-0.03340.09820.0702-0.3295-0.23610.26130.23660.60540.00180.38760.6024-0.12620.45986.733710.7956-19.6942
140.4715-0.54440.07710.76460.35251.45530.16230.1066-0.3791-0.0112-0.06550.24470.1786-0.130.20130.22570.00080.2304-0.1637-0.1190.8528-16.762318.9556-2.6282
150.71220.4939-0.02440.6287-0.37250.6540.0997-0.17010.1090.3582-0.14130.157-0.36090.0744-0.01340.3768-0.2340.2616-0.3311-0.01490.931-15.414915.6894-0.3121
160.8403-0.05150.23830.85412.12625.4476-0.38240.44720.2263-1.12040.26690.0215-0.87940.36560.09750.5698-0.2566-0.05570.2202-0.06750.19238.680839.6205-20.2219
171.3395-2.11-1.27295.10033.02181.7917-0.07920.43660.2965-0.7930.0823-0.0029-0.4131-0.06230.0151.2084-0.02380.12750.33670.07160.39486.702831.1719-40.7115
185.42270.29390.22150.8478-0.09852.01340.39280.18261.0893-0.2926-0.2558-0.9088-0.41950.2817-0.10541.0348-0.34260.21330.57290.14650.772117.458638.2168-34.2861
195.02693.8659-1.93082.9882-1.84629.25630.038-0.0365-0.2289-0.5292-0.0894-0.91350.3690.40750.07250.8909-0.07170.17880.44220.08461.042225.328331.773-30.0137
205.1611-3.2855-3.39453.26591.88412.7482-0.1355-0.2163-0.24220.0442-0.1288-0.0460.15050.30320.21640.4962-0.06090.17690.28510.20240.400314.462728.1143-23.1869
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 212 through 217 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 218 through 237 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 238 through 246 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 247 through 252 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 253 through 259 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 260 through 271 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 1 through 15 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 1 through 15 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 163 through 205 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 206 through 211 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 212 through 237 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 238 through 259 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 260 through 273 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 1 through 15 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 15 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 160 through 174 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 175 through 184 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 185 through 195 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 196 through 205 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 206 through 211 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る