+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6j9b | ||||||
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Title | Arabidopsis FUS3-DNA complex | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION/DNA / DNA-binding / B3 domain / flowering regulation / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of abscisic acid biosynthetic process / negative regulation of gibberellin biosynthetic process / somatic embryogenesis / plant organ development / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / vegetative to reproductive phase transition of meristem / response to auxin / embryo development ending in seed dormancy / regulation of embryonic development / kinase binding ...positive regulation of abscisic acid biosynthetic process / negative regulation of gibberellin biosynthetic process / somatic embryogenesis / plant organ development / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / vegetative to reproductive phase transition of meristem / response to auxin / embryo development ending in seed dormancy / regulation of embryonic development / kinase binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell population proliferation / DNA binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Hu, H. / Du, J. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Plants / Year: 2019 Title: Embryonic resetting of the parental vernalized state by two B3 domain transcription factors in Arabidopsis. Authors: Tao, Z. / Hu, H. / Luo, X. / Jia, B. / Du, J. / He, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6j9b.cif.gz | 176.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6j9b.ent.gz | 135.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6j9b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6j9b_validation.pdf.gz | 448.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6j9b_full_validation.pdf.gz | 456.1 KB | Display | |
Data in XML | 6j9b_validation.xml.gz | 16.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6j9b_validation.cif.gz | 24.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9b | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6j9aSC 6j9cC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14523.450 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: FUS3, At3g26790, MDJ14.4 / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): RIL / References: UniProt: Q9LW31 #2: DNA chain | Mass: 4562.000 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: FLC CME DNA fragment / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 4615.006 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: FLC CME DNA fragment / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES, pH 7.5, and 28% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 12, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 90833 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 21.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 1.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4577 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6J9A Resolution: 1.9→46.79 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 23.25
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→46.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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