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- PDB-6j7l: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa Earp in complex with TDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j7l
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa Earp in complex with TDP
要素Pseudomonas aeruginosa Earp
キーワードTRANSFERASE / rhamnosyltransferase
機能・相同性protein-arginine rhamnosyltransferase activity / Protein-arginine rhamnosyltransferase EarP / Elongation-Factor P (EF-P) rhamnosyltransferase EarP / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein-arginine rhamnosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者He, C. / Li, F.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2019
タイトル: Complex Structure ofPseudomonas aeruginosaArginine Rhamnosyltransferase EarP with Its Acceptor Elongation Factor P.
著者: He, C. / Liu, N. / Li, F. / Jia, X. / Peng, H. / Liu, Y. / Xiao, Y.
履歴
登録2019年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudomonas aeruginosa Earp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7293
ポリマ－46,1311
非ポリマー5972
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.322, 92.002, 119.138
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pseudomonas aeruginosa Earp


分子量: 46131.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: PA2852 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZZ1
#2: 化合物 ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP


分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH6.5, 12% PEG20K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 43403 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 28.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.444 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 567700
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
1.85-1.9213.50.6942660.9310.1920.7170.433
1.92-1.9913.40.50442810.9610.1410.5240.435
1.99-2.0813.10.37142630.9740.1050.3860.433
2.08-2.1912.40.26142830.9810.0760.2720.439
2.19-2.3313.40.18242920.9920.0510.1890.45
2.33-2.5113.50.13843330.9950.0380.1430.441
2.51-2.7612.90.09843010.9970.0280.1020.445
2.76-3.1613.30.06943680.9980.0190.0720.446
3.16-3.98130.04843960.9990.0140.050.456
3.98-4012.40.04246200.9990.0120.0440.458

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J7J

6j7j


解像度: 1.851→38.478 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2015 2163 5 %
Rwork0.1692 --
obs0.1708 43297 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.83 Å2 / Biso mean: 37.0642 Å2 / Biso min: 15.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.851→38.478 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3070 0 37 306 3413
Biso mean--34.75 45.25 -
残基数----383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8124408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6471877
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8508-1.89390.22031200.21427322852100
1.8939-1.94120.24211460.197726732819100
1.9412-1.99370.23181540.189327062860100
1.9937-2.05240.22991170.187427562873100
2.0524-2.11860.23321240.176726872811100
2.1186-2.19430.20031640.168527002864100
2.1943-2.28220.2131590.16627272886100
2.2822-2.3860.17721320.163127382870100
2.386-2.51180.22071460.173227132859100
2.5118-2.66910.22431450.170827362881100
2.6691-2.87520.19941570.172227212878100
2.8752-3.16440.19961470.17427542901100
3.1644-3.6220.1891330.15627782911100
3.622-4.56210.1871550.152228212976100
4.5621-38.48610.19741640.17742892305699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7693-0.3184-0.80811.196-0.04673.97310.1451-0.13320.31070.130.0037-0.0122-0.40060.0407-0.0550.1731-0.01410.03540.18210.01150.230262.7888-8.0207119.328
20.8496-0.00150.04943.4382-1.75122.41950.01360.03020.0171-0.2771-0.1231-0.19410.00990.19580.02340.16710.00640.01670.21860.02940.161162.89461.374891.7077
35.94821.9933-1.05718.7106-4.94627.92620.1303-0.2177-0.610.1358-0.04230.09030.43230.0436-0.07960.15-0.00560.01960.1696-0.00380.215758.9787-24.9357120.5389
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 154 )A-2 - 154
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 155 through 363 )A155 - 363
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 364 through 384 )A364 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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