PDB-6j7j: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa Earp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j7j

タイトル

Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa Earp

要素

Pseudomonas aeruginosa Earp

キーワード

TRANSFERASE / rhamnosyltransferase

機能・相同性

protein-arginine rhamnosyltransferase activity / Protein-arginine rhamnosyltransferase EarP / Elongation-Factor P (EF-P) rhamnosyltransferase EarP / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / Protein-arginine rhamnosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

He, C. / Li, F.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2019
タイトル: Complex Structure ofPseudomonas aeruginosaArginine Rhamnosyltransferase EarP with Its Acceptor Elongation Factor P.
著者: He, C. / Liu, N. / Li, F. / Jia, X. / Peng, H. / Liu, Y. / Xiao, Y.

履歴

登録	2019年1月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j7j.cif.gz	171.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j7j.ent.gz	139.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6j7j_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6j7j_full_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示
XML形式データ	6j7j_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	6j7j_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j7kC 6j7lC 6j7mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6j7l-d 4atn-d 6n4n-1 5y24-1 6n4n-2 5y24-2 6nn0-1 1n4m-1 4auk-1 3n4f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pseudomonas aeruginosa Earp

ヘテロ分子

46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.217, 93.183, 119.886
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pseudomonas aeruginosa Earp 分子量: 46318.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: PA2852 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZZ1
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH6.5, 12% PEG20K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 51672 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 1.447 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 369193

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.75-1.78	7	0.993	2548	0.791	0.397	1.07	0.962	99.8
1.78-1.81	7.1	0.899	2506	0.809	0.359	0.969	0.98	96.2
1.81-1.85	7.1	0.739	2534	0.857	0.294	0.796	0.968	100
1.85-1.89	7.2	0.607	2535	0.903	0.24	0.653	0.99	97.1
1.89-1.93	7.2	0.478	2540	0.946	0.189	0.514	0.992	99.8
1.93-1.97	7.2	0.396	2528	0.958	0.156	0.426	1.01	97.5
1.97-2.02	7.2	0.336	2543	0.97	0.133	0.361	1.014	100
2.02-2.07	7.2	0.274	2563	0.977	0.109	0.295	1.004	98
2.07-2.14	7.3	0.23	2567	0.979	0.09	0.247	1.025	99.9
2.14-2.2	7.3	0.189	2546	0.985	0.075	0.203	1.055	98.6
2.2-2.28	7.3	0.155	2571	0.991	0.061	0.167	1.117	98.8
2.28-2.38	7.3	0.131	2584	0.993	0.052	0.141	1.16	99.7
2.38-2.48	7.4	0.12	2574	0.995	0.047	0.129	1.269	99.4
2.48-2.61	7.3	0.106	2589	0.996	0.042	0.114	1.483	99.3
2.61-2.78	7.2	0.094	2607	0.996	0.037	0.101	1.811	99.5
2.78-2.99	7.1	0.083	2637	0.994	0.033	0.089	2.044	99.6
2.99-3.29	7.1	0.068	2612	0.997	0.028	0.074	2.219	99.6
3.29-3.77	6.8	0.053	2660	0.997	0.022	0.058	2.275	99.8
3.77-4.75	7.1	0.047	2671	0.998	0.019	0.051	2.511	99.7
4.75-40	6.5	0.05	2757	0.997	0.021	0.055	3.073	96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→38.523 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2091	2608	5.07 %
R_work	0.1752	48801	-
obs	0.1769	51409	98.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.11 Å² / B_iso mean: 35.3643 Å² / B_iso min: 14.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→38.523 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3004	0	12	352	3368
B_iso mean	-	-	35.87	45.08	-
残基数	-	-	-	-	377

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.7819	0.3203	151	0.2771	2526	2677	100
1.7819-1.8161	0.2901	137	0.254	2476	2613	97
1.8161-1.8532	0.2855	131	0.2346	2563	2694	100
1.8532-1.8935	0.2526	126	0.2207	2479	2605	97
1.8935-1.9375	0.284	133	0.2031	2550	2683	100
1.9375-1.986	0.2206	143	0.1893	2491	2634	98
1.986-2.0397	0.2084	139	0.1876	2558	2697	100
2.0397-2.0997	0.2764	124	0.1856	2539	2663	99
2.0997-2.1675	0.2532	145	0.1776	2557	2702	99
2.1675-2.2449	0.1905	149	0.1734	2530	2679	100
2.2449-2.3348	0.201	123	0.1678	2574	2697	99
2.3348-2.441	0.2173	110	0.1733	2586	2696	99
2.441-2.5697	0.2186	138	0.1856	2563	2701	99
2.5697-2.7307	0.204	151	0.1733	2585	2736	100
2.7307-2.9414	0.2053	130	0.182	2600	2730	100
2.9414-3.2373	0.2203	136	0.1784	2649	2785	100
3.2373-3.7054	0.2067	151	0.1626	2607	2758	100
3.7054-4.6672	0.173	146	0.1422	2652	2798	100
4.6672-38.5324	0.1885	145	0.1765	2716	2861	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3013	-0.4283	-0.4553	1.6113	0.1538	4.1751	0.0012	-0.1883	0.1577	0.1593	0.0375	-0.0108	-0.2554	0.0383	-0.0274	0.1822	-0.0266	0.0079	0.2157	0.0099	0.2129	39.626	-8.4854	120.4363
2	0.7706	-0.2844	0.4323	3.0842	-1.2124	2.2383	-0.0042	0.0504	0.062	-0.2169	-0.0474	-0.1853	-0.0528	0.0097	0.0408	0.1797	-0.0144	0.0033	0.1766	0.0166	0.1622	39.8946	1.4249	92.2962
3	3.1013	-0.102	-0.1872	5.5896	-3.1993	7.3503	0.0428	-0.1448	-0.4949	0.1134	0.1156	0.2436	0.5627	0.0065	-0.1311	0.2207	-0.0355	0.01	0.2463	0.0259	0.2868	35.9221	-25.067	121.1778

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 154 )	A	-2 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 155 through 363 )	A	155 - 363
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 364 through 384 )	A	364 - 384

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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