+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6j7j | ||||||
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Title | Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa Earp | ||||||
Components | Pseudomonas aeruginosa Earp | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / rhamnosyltransferase | ||||||
Function / homology | protein-arginine rhamnosyltransferase activity / Protein-arginine rhamnosyltransferase EarP / Elongation-Factor P (EF-P) rhamnosyltransferase EarP / Transferases; Glycosyltransferases; Hexosyltransferases / Protein-arginine rhamnosyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | He, C. / Li, F. | ||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2019 Title: Complex Structure ofPseudomonas aeruginosaArginine Rhamnosyltransferase EarP with Its Acceptor Elongation Factor P. Authors: He, C. / Liu, N. / Li, F. / Jia, X. / Peng, H. / Liu, Y. / Xiao, Y. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6j7j.cif.gz | 171.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6j7j.ent.gz | 139.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6j7j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6j7j_validation.pdf.gz | 439.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6j7j_full_validation.pdf.gz | 442.4 KB | Display | |
Data in XML | 6j7j_validation.xml.gz | 19 KB | Display | |
Data in CIF | 6j7j_validation.cif.gz | 29 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7j | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46318.742 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: PA2852 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9HZZ1 |
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#2: Chemical | ChemComp-MES / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M MES pH6.5, 12% PEG20K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.987 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 24, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→40 Å / Num. obs: 51672 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.447 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 369193 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.75→38.523 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.27 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 116.11 Å2 / Biso mean: 35.3643 Å2 / Biso min: 14.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→38.523 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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