PDB-6j7b: Crystal structure of VASH1-SVBP in complex with epoY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j7b

タイトル

Crystal structure of VASH1-SVBP in complex with epoY

要素

Small vasohibin-binding protein
Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 1

キーワード

HYDROLASE / carboxypeptidase / tubulin / microtubule / inhibitor / epoY

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of metallopeptidase activity / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / negative regulation of lymphangiogenesis / regulation of cellular senescence / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / peptidase activator activity / labyrinthine layer blood vessel development / negative regulation of endothelial cell migration / axon development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.618 Å

データ登録者

Wang, N. / Bao, H. / Huang, H. / Wu, B.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (China)	2018YFC1004500	中国
National Natural Science Foundation of China	the Thousand Young Talents Program	中国
National Natural Science Foundation of China	K18221002	中国

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2019
タイトル: Molecular basis of vasohibins-mediated detyrosination and its impact on spindle function and mitosis.
著者: Liao, S. / Rajendraprasad, G. / Wang, N. / Eibes, S. / Gao, J. / Yu, H. / Wu, G. / Tu, X. / Huang, H. / Barisic, M. / Xu, C.

履歴

登録	2019年1月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j7b.cif.gz	140.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j7b.ent.gz	109.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j7b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j8fC 6j8nC 6j91C 6j9hC 6j4oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nk3-d 4qyh-1 6j4s-d 6j8f-d 7ako-2 3ot3-d 2cke-2 1m6u-1 4au8-2 1sa3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 1

B: Small vasohibin-binding protein

ヘテロ分子

35.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.310, 70.920, 128.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1280- HOH

#1: タンパク質	Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 1 / Tubulin carboxypeptidase 1 / Tyrosine carboxypeptidase 1 / TTCP 1 / Vasohibin-1 分子量: 28878.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VASH1, KIAA1036, VASH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7L8A9, tubulinyl-Tyr carboxypeptidase
#2: タンパク質	Small vasohibin-binding protein / Coiled coil domain-containing protein 23 分子量: 6155.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SVBP, CCDC23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N300
#3: 化合物	ChemComp-BJL / N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-tyrosine 分子量: 325.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₉NO₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 / 詳細: 20%PEG6000, 1M lithium chloride, 0.1M MES pH6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→70.92 Å / Num. obs: 52501 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.62→1.71 Å / R_merge(I) obs: 1.326 / Num. unique obs: 7575 / CC_1/2: 0.686 / R_pim(I) all: 0.39

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6J4O

6j4o

解像度: 1.618→47.54 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.197	2589	4.94 %
R_work	0.178	-	-
obs	0.1789	52398	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.618→47.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2295	0	23	382	2700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2373
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.904	3201
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.057	1450
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	342
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	413

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.618-1.6491	0.2723	160	0.2414	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6491-1.6828	0.2652	107	0.233	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6828-1.7194	0.2668	138	0.2336	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7194-1.7594	0.316	145	0.229	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7594-1.8034	0.2619	153	0.2292	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8034-1.8521	0.2096	139	0.2023	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8521-1.9066	0.245	143	0.2171	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9066-1.9682	0.2371	118	0.2104	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9682-2.0385	0.197	147	0.1761	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0385-2.1201	0.1887	163	0.1683	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1201-2.2166	0.1753	146	0.1674	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2166-2.3335	0.2342	127	0.1869	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3335-2.4797	0.1675	139	0.1648	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4797-2.6711	0.1659	152	0.1684	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6711-2.9399	0.1978	151	0.172	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9399-3.3652	0.2101	138	0.168	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3652-4.2394	0.1766	163	0.1552	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2394-47.5605	0.1751	160	0.1738	2994	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5191	4.6281	4.2328	5.5972	4.9732	4.5194	-0.0152	-0.6578	-0.7486	0.4296	0.088	-0.6773	0.0218	0.4661	-0.4315	0.2959	0.0228	-0.0565	0.3195	0.059	0.2625	50.7375	62.6889	31.0957
2	3.9093	-0.8889	0.2456	2.2476	0.2898	4.9589	-0.1509	-0.9234	-0.3967	0.6794	0.0125	-0.2024	0.0331	0.4459	-0.0612	0.3039	-0.0401	-0.028	0.3925	0.1367	0.2127	43.4117	63.6713	37.5449
3	3.9747	0.4342	0.3613	3.0275	-0.201	0.7258	0.1538	-0.3467	0.2165	0.3889	-0.064	0.287	0.0074	-0.3036	-0.0266	0.24	-0.0098	0.0589	0.3125	0.0268	0.2682	32.6669	68.6476	33.6256
4	1.4374	0.6844	-2.3081	1.1251	-1.2516	4.1358	-0.0403	0.1576	0.0489	-0.1659	0.0476	0.0465	-0.0145	-0.3364	-0.0589	0.2027	0.0278	-0.018	0.1834	0.0005	0.1668	47.3738	76.8438	7.5652
5	2.442	-0.5881	-0.7808	0.7276	0.2863	1.274	-0.0172	-0.1518	-0.0926	0.053	0.0018	-0.1003	0.1823	0.0683	0.0118	0.1689	-0.0057	-0.0071	0.1426	0.0226	0.1622	52.3612	66.7573	21.7047
6	1.1148	-0.0626	0.1619	1.398	0.6021	1.9324	-0.003	-0.0489	0.0001	0.0211	0.0321	-0.0199	-0.0128	-0.0064	-0.026	0.1368	0.0168	-0.0103	0.1207	-0.0118	0.146	59.3441	75.6789	15.9218
7	1.0604	-0.5033	0.0967	1.7355	1.6443	2.2223	-0.067	-0.2542	0.0403	0.3639	0.2136	-0.0111	0.1019	0.0492	-0.0624	0.1834	0.0322	-0.0116	0.1958	-0.0123	0.1544	60.5856	80.0986	24.4562
8	5.6479	1.094	-2.6488	3.0184	-0.5069	5.1084	0.3239	-0.3094	0.2861	0.202	-0.0604	0.2298	-0.6664	-0.1129	-0.3252	0.2186	0.012	-0.0061	0.1768	-0.0175	0.1763	55.4508	83.7195	18.0691
9	2.768	-0.5486	-0.2136	1.4892	1.3804	3.1535	-0.0417	-0.0322	0.279	-0.0651	0.0865	0.0087	-0.2715	-0.0403	-0.0567	0.2029	0.0097	-0.0056	0.1259	-0.0076	0.1928	60.2613	89.0673	18.3843
10	1.024	-0.013	0.1182	1.7734	0.5923	1.8569	0.0453	-0.0853	-0.0691	0.0104	0.1544	-0.2641	0.0355	0.2164	-0.2507	0.1415	0.0252	-0.024	0.1647	-0.0018	0.1862	65.8169	73.9019	18.4747
11	3.9735	0.3867	0.4738	5.0045	0.6571	6.2259	-0.1399	0.4472	0.3459	-0.1352	0.0712	-0.565	-0.2068	0.9878	-0.0456	0.1292	-0.0376	-0.0192	0.306	0.0148	0.3225	74.4562	84.5953	18.3017
12	3.8059	-0.0468	-0.5424	3.9651	1.0991	3.8248	-0.0847	-0.0047	-0.3405	-0.274	-0.0274	0.0745	0.2306	-0.158	0.0055	0.1864	-0.0347	0.0283	0.1982	0.0271	0.1677	37.988	63.917	25.5342

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 57 through 70 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 71 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 105 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 106 through 132 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 133 through 170 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 171 through 197 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 198 through 211 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 212 through 226 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 227 through 250 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 251 through 277 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 278 through 305 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 20 through 52 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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