[日本語] English
万見
- PDB-6j6t: Crystal Structure of HDA15 HD domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j6t
タイトルCrystal Structure of HDA15 HD domain
要素Histone deacetylase 15
キーワードGENE REGULATION / Histone deacetylase / Arabidopsis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of photosynthesis, light reaction / positive regulation of photomorphogenesis / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / histone deacetylase / histone deacetylase activity / negative regulation of gene expression, epigenetic / histone deacetylase complex / epigenetic regulation of gene expression / response to heat / protein homotetramerization ...regulation of photosynthesis, light reaction / positive regulation of photomorphogenesis / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / histone deacetylase / histone deacetylase activity / negative regulation of gene expression, epigenetic / histone deacetylase complex / epigenetic regulation of gene expression / response to heat / protein homotetramerization / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Histone deacetylase 15
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Cheng, Y.S. / Hsu, J.C. / Hung, H.C. / Liu, T.C.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (Taiwan)107-2313-B-002-003 台湾
Ministry of Science and Technology (Taiwan)107-2311-B-002-010 台湾
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2020
タイトル: Structure of Arabidopsis HISTONE DEACETYLASE15.
著者: Chen, C.Y. / Tu, Y.T. / Hsu, J.C. / Hung, H.C. / Liu, T.C. / Lee, Y.H. / Chou, C.C. / Cheng, Y.S. / Wu, K.
履歴
登録2019年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 15
B: Histone deacetylase 15
C: Histone deacetylase 15
D: Histone deacetylase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,67820
ポリマ－155,4914
非ポリマー1,18716
水7,909439
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-269 kcal/mol
Surface area47560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.809, 78.833, 176.794
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.221, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

-
要素

#1: タンパク質
Histone deacetylase 15


分子量: 38872.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HDA15, At3g18520, MYF24_23 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8GXJ1, histone deacetylase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100mM Tris, 700mM LiSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2(liq) / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1.28198 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Fixed-Exit Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→29.55 Å / Num. obs: 67666 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 22.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 0.868 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.36-2.430.47333630.7260.3270.5780.4999.7
2.4-2.442.90.40433780.8080.280.4930.45599.7
2.44-2.493.10.34233720.8650.2320.4150.417100
2.49-2.543.10.31734400.8780.2150.3840.43899.9
2.54-2.63.10.28333310.9020.1930.3440.478100
2.6-2.6630.2533530.9160.1730.3050.51299.8
2.66-2.7230.21934260.9280.1510.2670.52999.7
2.72-2.83.10.20433870.9380.1390.2480.58599.9
2.8-2.883.10.17133810.9590.1150.2070.5899.9
2.88-2.9730.1633190.950.1110.1960.7698.5
2.97-3.082.90.13833570.9530.0970.170.87298.1
3.08-3.23.10.134210.9840.0670.1210.80699.9
3.2-3.353.20.08433580.9870.0560.1010.91999.8
3.35-3.533.10.07234150.9890.0490.0881.14699.5
3.53-3.7530.06133990.9930.0420.0751.23599.5
3.75-4.0330.05533950.9930.0380.0671.36699.6
4.03-4.4430.05133540.9930.0350.0621.49798.6
4.44-5.083.10.04533950.9950.030.0541.49498.5
5.08-6.43.10.04733840.9950.0320.0571.38198.5
6.4-102.90.03834380.9960.0270.0471.42396.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX1.14_3260位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C0Y

3c0y


解像度: 2.36→29.52 Å / SU ML: 0.2396 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.7134
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 1948 2.92 %
Rwork0.1666 --
obs0.168 66709 96.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→29.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10535 0 48 439 11022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007510799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92914684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05021654
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00571915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.50016310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.410.26091150.19394239X-RAY DIFFRACTION88.26
2.41-2.480.29011330.18654434X-RAY DIFFRACTION93.66
2.48-2.550.24831420.18124568X-RAY DIFFRACTION94.79
2.55-2.640.26561400.184553X-RAY DIFFRACTION95.76
2.64-2.730.23361410.18384527X-RAY DIFFRACTION95.54
2.73-2.840.25851280.18914653X-RAY DIFFRACTION97.08
2.84-2.970.26511510.19394555X-RAY DIFFRACTION96.45
2.97-3.120.25181340.19234640X-RAY DIFFRACTION96.48
3.12-3.320.22591380.17654749X-RAY DIFFRACTION98.95
3.32-3.580.18851460.154767X-RAY DIFFRACTION99.01
3.58-3.930.17611450.13984738X-RAY DIFFRACTION99.09
3.93-4.50.18971460.13814738X-RAY DIFFRACTION98.69
4.5-5.670.20351450.15214769X-RAY DIFFRACTION98.48
5.67-29.520.18911440.17194831X-RAY DIFFRACTION97.68

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る