PDB-4yfi: TNNI3K complexed with inhibitor 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yfi

タイトル

TNNI3K complexed with inhibitor 1

要素

Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / kinase / Transferase-Transferase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

bundle of His cell to Purkinje myocyte communication / peptidyl-serine autophosphorylation / regulation of cardiac conduction / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of heart rate / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Shewchuk, L.M. / Wang, L. / Lawhorn, B.G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Identification of Purines and 7-Deazapurines as Potent and Selective Type I Inhibitors of Troponin I-Interacting Kinase (TNNI3K).
著者: Lawhorn, B.G. / Philp, J. / Zhao, Y. / Louer, C. / Hammond, M. / Cheung, M. / Fries, H. / Graves, A.P. / Shewchuk, L. / Wang, L. / Cottom, J.E. / Qi, H. / Zhao, H. / Totoritis, R. / Zhang, G. ...

履歴

登録	2015年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yfi.cif.gz	424.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yfi.ent.gz	349 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yfi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/4yfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/4yfi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yffC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dak-3 4rlp-2 4yff-1 3dak-2 1lyc-d 2cn8-1 4rvj-d 4yff-2 1ly9-d 2qm2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

B: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

C: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

D: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

B: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

D: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.069, 115.682, 92.015
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	445 - 725
2	1	1	5	C	445 - 725
1	1	2	5	B	455 - 725
2	1	2	5	D	455 - 725
1	1	3	4	A	1
2	1	3	4	B	1
3	1	3	4	C	1
4	1	3	4	D	1

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999998, 0.001737, -0.000383), (0.001734, 0.999977, 0.006498), (0.000394, 0.006498, -0.999979)	-35.681759, 0.01113, -1.29575
3	given	(1), (1), (1)
4	given	(-0.999941, 0.001678, -0.010758), (0.001689, 0.999998, -0.001055), (0.010756, -0.001073, -0.999942)	-35.912998, -0.09933, -1.18875
5	given	(1), (1), (1)
6	given	(0.056231, -0.489795, 0.870023), (-0.492526, -0.771601, -0.402554), (0.868479, -0.405873, -0.284624)	-20.70323, 1.51873, 27.313181
7	given	(-0.999851, 0.010291, 0.013847), (0.010181, 0.999916, -0.008), (-0.013928, -0.007858, -0.999872)	-35.647949, 0.25802, -1.74501
8	given	(-0.054774, -0.493639, -0.86794), (0.474124, -0.777858, 0.412484), (-0.878753, -0.388918, 0.276653)	-23.920679, 19.407141, -3.1071

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase TNNI3K / Cardiac ankyrin repeat kinase / Cardiac troponin I-interacting kinase / TNNI3-interacting kinase 分子量: 37267.977 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 503-831 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNI3K, CARK / プラスミド: pFASTBAC / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) 参照: UniProt: Q59H18, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-4CW / N-methyl-3-(9H-purin-6-ylamino)benzenesulfonamide / 3-(9H-プリン-6-イル)アミノ-N-メチルベンゼンスルホンアミド分子量: 304.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₂N₆O₂S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.3 M NaK tartrate, 0.1M HEPES pH7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 50917 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 2.6 / Net I/av σ(I): 27.241 / Net I/σ(I): 18.7 / Num. measured all: 185934

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.6-2.69	3.6	0.466	4948	2.595	95.8
2.69-2.8	3.6	0.349	5055	2.45	96.2
2.8-2.93	3.6	0.245	4996	2.433	96.4
2.93-3.08	3.7	0.182	5071	2.443	96.6
3.08-3.28	3.7	0.14	5043	2.474	97.1
3.28-3.53	3.7	0.088	5122	2.592	97.6
3.53-3.88	3.7	0.058	5112	2.7	97.7
3.88-4.45	3.6	0.042	5131	2.68	97.7
4.45-5.6	3.7	0.042	5173	2.705	98.5
5.6-500	3.6	0.04	5266	2.91	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

解像度: 2.7→37.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 22.659 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.602 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2608	2330	5.2 %	RANDOM
R_work	0.2152	-	-	-
obs	0.2175	42439	97.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.99 Å² / B_iso mean: 48.295 Å² / B_iso min: 7.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.15 Å²	0 Å²	1.32 Å²
2-	-	1.29 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→37.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8287	0	84	115	8486
B_iso mean	-	-	35.04	26.68	-
残基数	-	-	-	-	1060

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	8610
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8195
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.275	1.971	11687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.766	3	18826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.921	5	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.393	23.804	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.684	15	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.81	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	9621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.936	3.263	4242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.936	3.263	4241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.403	4.876	5285

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1547	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
1	1	A	2546	LOOSE POSITIONAL	0.27	5
1	1	A	1547	MEDIUM THERMAL	2.51	2
1	1	A	2546	LOOSE THERMAL	2.83	10
2	1	B	1485	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
2	1	B	2375	LOOSE POSITIONAL	0.29	5
2	1	B	1485	MEDIUM THERMAL	3.2	2
2	1	B	2375	LOOSE THERMAL	3.32	10
3	1	A	33	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
3	2	B	33	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
3	3	C	33	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
3	4	D	33	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
3	1	A	33	MEDIUM THERMAL	24.3	2
3	2	B	33	MEDIUM THERMAL	29.64	2
3	3	C	33	MEDIUM THERMAL	24.25	2
3	4	D	33	MEDIUM THERMAL	18.96	2

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	168	-
R_work	0.326	3089	-
all	-	3257	-
obs	-	-	96.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.82	0.4169	-0.2014	0.247	-0.2595	0.3592	-0.1094	-0.1091	0.1396	-0.071	0.0578	-0.0117	0.101	-0.0242	0.0515	0.1293	0.0308	-0.0342	0.1627	-0.0652	0.1136	5.324	12.35	6.642
2	0.0289	-0.1432	-0.0113	1.8364	-0.7518	0.8284	0.0206	0.0141	0.0316	0.0532	0.2376	-0.0156	0.0123	-0.1822	-0.2581	0.1493	0.0115	-0.0574	0.1719	0.055	0.1484	-23.229	-12.487	24.219
3	2.0837	-0.5313	-0.1502	0.3213	0.2732	0.3236	-0.0759	-0.0346	0.1349	0.0393	0.0485	-0.0059	0.0661	0.017	0.0273	0.1535	-0.0038	-0.0169	0.121	0.0557	0.1123	-41.162	12.367	-7.971
4	0.1174	0.2757	0.0613	1.1364	0.6977	0.7899	0.1013	0.0472	0.019	0.1767	0.1083	-0.0772	0.1798	0.0017	-0.2096	0.3485	0.0126	-0.0913	0.0582	-0.0027	0.1033	-12.357	-12.405	-25.527

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	441 - 726
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	451 - 729
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	441 - 726
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	451 - 729

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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