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万見
- PDB-6j1z: WWP2 semi-open conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j1z
タイトルWWP2 semi-open conformation
要素NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP2
キーワードLIGASE / E3 ligase semi-open conformation / Enzyme / Auto-inhibition.
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of transporter activity / negative regulation of protein transport / extracellular transport / negative regulation of potassium ion export across plasma membrane / potassium channel inhibitor activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / HECT-type E3 ubiquitin transferase / transcription factor binding / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle ...negative regulation of transporter activity / negative regulation of protein transport / extracellular transport / negative regulation of potassium ion export across plasma membrane / potassium channel inhibitor activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / HECT-type E3 ubiquitin transferase / transcription factor binding / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / negative regulation of Notch signaling pathway / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / transcription regulator inhibitor activity / protein autoubiquitination / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of membrane potential / Regulation of PTEN stability and activity / protein modification process / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / protein ubiquitination / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. ...E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Liu, Z.H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31670730 中国
National Natural Science Foundation of China31871394 中国
National Natural Science Foundation of China31422015 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A multi-lock inhibitory mechanism for fine-tuning enzyme activities of the HECT family E3 ligases.
著者: Wang, Z. / Liu, Z. / Chen, X. / Li, J. / Yao, W. / Huang, S. / Gu, A. / Lei, Q.Y. / Mao, Y. / Wen, W.
履歴
登録2018年12月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1311
ポリマ－57,1311
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: enzyme activity assay
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.031, 79.579, 58.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP2 / Atrophin-1-interacting protein 2 / AIP2 / HECT-type E3 ubiquitin transferase WWP2 / WW domain- ...Atrophin-1-interacting protein 2 / AIP2 / HECT-type E3 ubiquitin transferase WWP2 / WW domain-containing protein 2


分子量: 57131.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 330-406 and 480-870 linked with linker residues (ENFYLQG)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WWP2
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: O00308, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.56 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 10% v/v 2-Propanol, 20% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 12847 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1210 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ND7

1nd7


解像度: 2.7→40.949 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 657 5.12 %
Rwork0.2069 --
obs0.211 12843 97.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.949 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2931 0 0 21 2952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083019
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9384118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3231728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.90850.37281240.25462335X-RAY DIFFRACTION93
2.9085-3.2010.38151360.23842437X-RAY DIFFRACTION98
3.201-3.6640.30511380.21072468X-RAY DIFFRACTION99
3.664-4.61520.24271370.18192463X-RAY DIFFRACTION99
4.6152-40.95390.26391220.1992483X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4145.3967-0.32144.3246-0.82730.95490.04970.02081.1805-0.56420.0861.4462-0.33230.11220.06830.31840.0309-0.1790.4634-0.18470.655573.7758244.2012-96.9854
23.5023-0.3085-0.21672.81360.27262.1355-0.4025-0.6529-0.4260.38120.19080.59440.1159-0.09760.18250.21750.08360.07040.43460.03390.250290.4053234.7664-81.5285
33.2486-0.7869-1.24993.4701-1.35994.8421-0.28870.0374-0.21650.21160.1147-0.4501-0.45880.28750.06490.12330.006-0.03270.3628-0.00930.3295106.3443237.9949-91.7731
42.0520.6193-0.83281.275-2.0334.22850.23650.77431.2715-0.2091-0.4594-0.7395-0.5845-0.1074-0.16030.39430.22740.04730.78860.60090.8226113.8234254.6692-107.0633
55.3953-0.6648-0.74942.6949-0.16591.3571-0.34390.0981-0.70230.02170.086-0.06710.1860.05540.1940.23590.02410.02090.3127-0.03780.201109.4052228.5941-90.4398
66.9951-4.16613.33964.5034-1.23985.8647-0.5150.1029-0.368-0.25080.4611-0.50610.13620.30720.05140.2855-0.02280.15080.3739-0.02480.5266120.1801224.0747-93.6768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 332 through 362 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 363 through 618 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 619 through 656 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 657 through 700 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 701 through 833 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 834 through 863 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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