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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j1p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Candida Antarctica Lipase B mutant - SR | ||||||
![]() | Lipase B | ||||||
![]() | HYDROLASE / Calb | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cen, Y.X. / Zhou, J.H. / Wu, Q. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Stereodivergent Protein Engineering of a Lipase To Access All Possible Stereoisomers of Chiral Esters with Two Stereocenters. 著者: Xu, J. / Cen, Y. / Singh, W. / Fan, J. / Wu, L. / Lin, X. / Zhou, J. / Huang, M. / Reetz, M.T. / Wu, Q. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 267 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 214.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 494.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 503.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33388.676 Da / 分子数: 2 / 変異: T57A, A89T, V190C, A281G, A282V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 369分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-PGE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.77 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.2 M ammonium sulfate 32% PEG 4000 0.1 M sodium acetate pH 5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97854 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.759→50 Å / Num. obs: 52265 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 24.062 |
反射 シェル | 解像度: 1.759→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.834 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2600 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1TCA 解像度: 1.759→36.815 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.759→36.815 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 76.0672 Å / Origin y: -2.9662 Å / Origin z: 33.0967 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |