PDB-6j10: Ciclopirox inhibits Hepatitis B Virus secretion by blocking capsi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j10

タイトル

Ciclopirox inhibits Hepatitis B Virus secretion by blocking capsid assembly

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Hepatitis B virus / Ciclopirox / Capsid assembly inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Park, S. / Jin, M.S. / Cho, Y. / Kang, J. / Kim, S. / Park, M. / Park, H. / Kim, J. / Park, S. / Hwang, J. ...

資金援助

韓国, 4件

組織	認可番号	国
National Research Foundation (Korea)	NRF-2017R1A6A3A11035008	韓国
National Research Foundation (Korea)	NRF-2016R1A5A1007318	韓国
National Research Foundation (Korea)	NRF-2017R1E1A1A01074299	韓国
National Research Foundation (Korea)	NRF-2015M2A2A4A03044653	韓国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Ciclopirox inhibits Hepatitis B Virus secretion by blocking capsid assembly.
著者: Kang, J.A. / Kim, S. / Park, M. / Park, H.J. / Kim, J.H. / Park, S. / Hwang, J.R. / Kim, Y.C. / Jun Kim, Y. / Cho, Y. / Sun Jin, M. / Park, S.G.

履歴

登録	2018年12月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j10.cif.gz	347.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j10.ent.gz	288 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6j10_validation.pdf.gz	496.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6j10_full_validation.pdf.gz	532.3 KB	表示
XML形式データ	6j10_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	6j10_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/6j10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/6j10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4bmg-d 3kxs-d 3kzg-d 5gmz-d 6m9k-d 6tqs-d 5n2e-d 2f7n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

C: Capsid protein

D: Capsid protein

E: Capsid protein

F: Capsid protein

ヘテロ分子

101 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.924, 88.510, 99.162
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.13, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-228- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 141 / Label seq-ID: 1 - 141

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Capsid protein / Core protein 分子量: 16692.062 Da / 分子数: 6 / 変異: Y132A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03147
#2: 化合物	ChemComp-B4O / 6-cyclohexyl-4-methyl-1-oxidanyl-pyridin-2-one / シクロピロックス分子量: 207.269 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇NO₂ / コメント: 抗真菌剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100mM ammonium citrate pH 6.0, 14% PEG5000MME, 2% hexylene glycol, 10% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→84.89 Å / Num. obs: 47285 / % possible obs: 97.99 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 30.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→30.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 32.455 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30346	2382	4.8 %	RANDOM
R_work	0.25747	-	-	-
obs	0.25975	47285	97.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.711 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.44 Å²	0 Å²	1.59 Å²
2-	-	-4.66 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→30.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6609	0	45	292	6946

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	6864
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6266
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.367	1.647	9424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.252	1.574	14450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.935	5	840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.418	21.056	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.803	15	982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.201	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	903
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7612
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.41	6.469	3381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.41	6.471	3382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.399	9.694	4215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.399	9.693	4215
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.241	6.573	3483
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.241	6.574	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.126	9.834	5210
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.978		27768
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.954		27710
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4179	0.11
1	2	B	4179	0.11
2	1	A	4418	0.08
2	2	C	4418	0.08
3	1	A	4154	0.12
3	2	D	4154	0.12
4	1	A	4367	0.09
4	2	E	4367	0.09
5	1	A	4146	0.11
5	2	F	4146	0.11
6	1	B	4199	0.12
6	2	C	4199	0.12
7	1	B	4371	0.08
7	2	D	4371	0.08
8	1	B	4180	0.12
8	2	E	4180	0.12
9	1	B	4331	0.08
9	2	F	4331	0.08
10	1	C	4185	0.13
10	2	D	4185	0.13
11	1	C	4480	0.07
11	2	E	4480	0.07
12	1	C	4195	0.11
12	2	F	4195	0.11
13	1	D	4172	0.12
13	2	E	4172	0.12
14	1	D	4340	0.09
14	2	F	4340	0.09
15	1	E	4193	0.11
15	2	F	4193	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	151	-
R_work	0.389	2979	-
obs	-	-	83.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9865	-0.1279	0.4255	0.3252	0.168	0.288	-0.1187	-0.0335	-0.0177	0.0173	0.0398	-0.0804	-0.0222	0.0318	0.0789	0.0585	0.0232	0.0247	0.0214	0.0486	0.3202	23.5153	-26.2446	19.6162
2	1.1712	-0.1269	0.1592	1.2069	0.4987	0.2472	-0.2638	-0.1474	0.0656	0.1031	0.1306	0.212	-0.0028	0.0282	0.1332	0.0662	0.0406	0.0135	0.029	0.0127	0.3315	1.3408	-16.2893	19.7119
3	0.9199	0.4793	-0.0192	1.3386	-0.4504	0.1882	0.0342	-0.0735	-0.0939	-0.0223	-0.0532	0.0475	0.0218	0.0108	0.019	0.0277	-0.0144	0.0441	0.0563	-0.0385	0.3127	3.0237	-71.7985	19.8749
4	1.5272	0.2254	0.2382	0.8245	-0.2273	0.1255	0.088	-0.2576	0.2053	-0.0255	-0.1921	-0.1463	0.0293	0.0087	0.1042	0.0358	-0.0165	0.0074	0.0767	-0.0127	0.3326	22.5541	-57.5753	19.6668
5	0.7238	-0.5819	-0.4504	1.7255	0.4707	0.357	0.0127	0.078	0.0964	0.0681	-0.1004	0.0224	-0.0131	-0.0706	0.0877	0.0732	-0.0123	-0.0595	0.0181	-0.0215	0.3227	-26.3936	-31.2357	19.7965
6	0.8457	0.0393	-0.36	1.5545	-0.1717	0.172	-0.0019	0.106	-0.2059	0.2953	-0.1254	-0.0738	-0.0263	-0.0291	0.1272	0.0885	-0.0155	-0.0036	0.0297	0.0038	0.3322	-23.9136	-55.2303	19.6903
7	0.009	0.0083	-0.0126	0.0109	-0.014	0.0206	0.0027	-0.0109	-0.0111	-0.001	-0.008	0.0097	0.0046	-0.0074	0.0053	0.4704	0.002	-0.0002	0.4357	-0.0015	0.4318	1.0716	-41.7757	18.5942

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 141
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	801
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 141
6	X-RAY DIFFRACTION	4	D	801
7	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 141
9	X-RAY DIFFRACTION	6	F	801
10	X-RAY DIFFRACTION	7	A	201 - 253
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	901 - 954
12	X-RAY DIFFRACTION	7	C	201 - 252
13	X-RAY DIFFRACTION	7	D	901 - 945
14	X-RAY DIFFRACTION	7	E	201 - 248
15	X-RAY DIFFRACTION	7	F	901 - 940

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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