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万見
- PDB-6m9k: Crystal structure of lambda exonuclease in complex with the Red b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m9k
タイトルCrystal structure of lambda exonuclease in complex with the Red beta C-terminal domain
要素
  • Exonuclease
  • Recombination protein bet
キーワードHYDROLASE / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / DNA recombination / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage lambda, Recombination protein bet / YqaJ viral recombinase / : / YqaJ-like viral recombinase domain / RecT family / RecT family / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / Lambda Exonuclease; Chain A / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like ...Bacteriophage lambda, Recombination protein bet / YqaJ viral recombinase / : / YqaJ-like viral recombinase domain / RecT family / RecT family / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / Lambda Exonuclease; Chain A / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exonuclease / Recombination protein bet
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
Model detailsfull-length lambda exonuclease trimer with three copies of the Red beta C-terminal domain residues 183-261
データ登録者Bell, C.E. / Caldwell, B.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1616105 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the Red beta C-terminal domain in complex with lambda Exonuclease reveals an unexpected homology with lambda Orf and an interaction with Escherichia coli single ...タイトル: Crystal structure of the Red beta C-terminal domain in complex with lambda Exonuclease reveals an unexpected homology with lambda Orf and an interaction with Escherichia coli single stranded DNA binding protein.
著者: Caldwell, B.J. / Zakharova, E. / Filsinger, G.T. / Wannier, T.M. / Hempfling, J.P. / Chun-Der, L. / Pei, D. / Church, G.M. / Bell, C.E.
履歴
登録2018年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exonuclease
B: Exonuclease
C: Exonuclease
D: Recombination protein bet
E: Recombination protein bet
F: Recombination protein bet
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,93022
ポリマ－100,3936
非ポリマー1,53716
水10,863603
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10900 Å2
ΔGint-241 kcal/mol
Surface area41230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.522, 122.522, 147.858
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Exonuclease


分子量: 25940.586 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: no purification tag
由来: (組換発現) Escherichia phage lambda (λファージ)
遺伝子: exo, red-alpha, redX / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI)
参照: UniProt: P03697, exodeoxyribonuclease (lambda-induced)
#2: タンパク質 Recombination protein bet


分子量: 7523.592 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal 6XHis tag cleaved off by thrombin
由来: (組換発現) Escherichia phage lambda (λファージ)
遺伝子: bet, betA, red-beta, redB / プラスミド: pET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI) / 参照: UniProt: P03698
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.46 % / Mosaicity: 0.69 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: PEG3350, LISO4, BIS-TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月16日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→106.11 Å / Num. obs: 57486 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 1.746 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.342.30.5828220.4610.460.7471.1799.1
2.34-2.382.40.54428100.5050.4210.6941.1799.4
2.38-2.432.40.52228580.5090.4040.6661.1999.4
2.43-2.482.50.47828190.5820.3630.6051.15799.7
2.48-2.532.60.43628580.6720.3260.5491.19599.6
2.53-2.592.60.428290.730.2960.5021.18299.6
2.59-2.662.70.37528360.7870.2710.4661.1999.6
2.66-2.732.80.33728750.8050.2410.4171.15899.6
2.73-2.8130.31628260.8480.2190.3871.20699.7
2.81-2.93.10.27628450.8990.1840.3341.266100
2.9-33.40.25328880.9150.160.3011.322100
3-3.123.60.21728520.940.1310.2551.446100
3.12-3.263.80.17528730.9650.1020.2031.665100
3.26-3.444.10.15228870.9710.0820.1741.976100
3.44-3.654.60.13328610.9830.0670.152.09100
3.65-3.935.20.11929040.9880.0550.1312.436100
3.93-4.336.10.10429070.9910.0440.1132.375100
4.33-4.9570.08829230.9950.0350.0952.117100
4.95-6.246.80.08429480.9950.0340.0911.72599.9
6.24-506.10.04930650.9980.0210.0531.89299.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AVQ

1avq


解像度: 2.3→106.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 8.119 / SU ML: 0.184 / SU R Cruickshank DPI: 0.2547 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.221 / 詳細: REFMAC5, NO NCS RESTRAINTS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2535 2782 4.8 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.1982 54662 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.5 Å2 / Biso mean: 31.808 Å2 / Biso min: 10.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→106.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6890 0 80 603 7573
Biso mean--76.15 31.44 -
残基数----873
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0197103
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.969625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.938315181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8045867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96224.281327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.196151209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1341543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21059
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021607
LS精密化 シェル解像度: 2.298→2.357 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 227 -
Rwork0.297 3904 -
all-4131 -
obs--98.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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