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- PDB-6j0i: Structure of [Co2+-(Chromomycin A3)2]-d(TTGGCGAA)2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j0i
タイトルStructure of [Co2+-(Chromomycin A3)2]-d(TTGGCGAA)2 complex
要素DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / Mismatch DNA / Chromomycin A3 / Drug-DNA complex / G:G mismatch / DNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性: / Chem-CRH / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Satange, R.B. / Chuang, C.Y. / Hou, M.H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Polymorphic G:G mismatches act as hotspots for inducing right-handed Z DNA by DNA intercalation.
著者: Satange, R. / Chuang, C.Y. / Neidle, S. / Hou, M.H.
履歴
登録2018年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,04831
ポリマ－14,8006
非ポリマー7,24825
水6,864381
1
A: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,33010
ポリマ－4,9332
非ポリマー2,3968
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3210 Å2
手法PISA
2
C: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,38911
ポリマ－4,9332
非ポリマー2,4559
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area3240 Å2
手法PISA
3
E: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,33010
ポリマ－4,9332
非ポリマー2,3968
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area3190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.826, 48.096, 96.725
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-258-

HOH

21C-261-

HOH

31E-220-

HOH

41F-242-

HOH

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要素

-
DNA鎖 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')


分子量: 2466.641 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
糖 , 2種, 12分子

#2: 多糖
2,6-dideoxy-4-O-methyl-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-(2R,3R,6R)-6-hydroxy-2-methyltetrahydro-2H- ...2,6-dideoxy-4-O-methyl-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-(2R,3R,6R)-6-hydroxy-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl acetate


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 318.363 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ad212m-1b_1-5_4*OCC/3=O][ad112m-1a_1-5_4*OC]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2-deoxy-Fucp4Ac]{[(3+1)][a-D-2-deoxy-Fucp4Me]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
3-C-methyl-4-O-acetyl-alpha-L-Olivopyranose-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol- ...3-C-methyl-4-O-acetyl-alpha-L-Olivopyranose-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 432.506 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[ad222m-1b_1-5][ad611m-1a_1-5_3*C_4*OCC/3=O]/1-1-2/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][a-L-2,6-deoxy-Glcp4Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 394分子

#4: 化合物
ChemComp-CRH / 1,2-HYDRO-1-OXY-3,4-HYDRO-3-(1-METHOXY-2-OXY-3,4-DIHYDROXYPENTYL)-8,9-DIHYROXY-7-METHYLANTHRACENE


分子量: 388.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H24O7
#5: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Co
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.27 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 5mM Sodium Cacodylate (pH 7.3), 7mM MgCl2, 12mM Spermine, 4% PEG 400, 4% 1-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 12624 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 39.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 0.914 / Net I/σ(I): 21.7 / Num. measured all: 53369
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Num. unique obs: 549 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.037 / Χ2: 0.786 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VAQ

1vaq


解像度: 2.5→16.12 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 621 4.92 %
Rwork0.257 --
obs0.259 12624 84.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 62 Å2 / Biso mean: 39.42 Å2 / Biso min: 14.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→16.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 984 505 384 1873
Biso mean--43.02 34.69 -
残基数----48
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.496-2.7460.48491070.38292080218759
2.746-3.14080.35661870.3143422360996
3.1408-3.94750.29311770.237435673744100
3.9475-16.12120.22061500.2252934308482

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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