PDB-6j07: Crystal structure of human TERB2 and TERB1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j07

タイトル

Crystal structure of human TERB2 and TERB1

要素

Telomere repeats-binding bouquet formation protein 1
Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / telomere / meiosis / protein-protein complex / nuclear envelope attachment

機能・相同性

機能・相同性情報

meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic telomere clustering / shelterin complex / synaptonemal complex assembly / double-strand break repair involved in meiotic recombination / homologous chromosome pairing at meiosis / nuclear inner membrane / oogenesis / spermatogenesis / chromosome, telomeric region
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.298 Å

データ登録者

Wang, Y. / Chen, Y. / Wu, J. / Huang, C. / Lei, M.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The meiotic TERB1-TERB2-MAJIN complex tethers telomeres to the nuclear envelope.
著者: Wang, Y. / Chen, Y. / Chen, J. / Wang, L. / Nie, L. / Long, J. / Chang, H. / Wu, J. / Huang, C. / Lei, M.

履歴

登録	2018年12月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j07.cif.gz	110 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j07.ent.gz	87.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6j07_validation.pdf.gz	427.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6j07_full_validation.pdf.gz	429 KB	表示
XML形式データ	6j07_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	6j07_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/6j07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/6j07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j08C 5xup C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gvs-4 5gvs-3 4x5m-2 2k8v-d 1rod-d 2hhl-2 3rlk-d 2hhl-1 4qi9-1 3oak-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2

B: Telomere repeats-binding bouquet formation protein 1

ヘテロ分子

19.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.900, 126.900, 90.429
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: タンパク質	Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2 分子量: 12082.541 Da / 分子数: 1 / 断片: NTD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TERB2, C15orf43 / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NHR7
#2: タンパク質	Telomere repeats-binding bouquet formation protein 1 / Coiled-coil domain-containing protein 79 分子量: 7000.225 Da / 分子数: 1 / 断片: TERB2 binding motif / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TERB1, CCDC79 / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NA31
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.67 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9 詳細: 0.1 M Bicine pH 9.0, 2% (v/v) 1,4-Dioxane, 4% (w/v) Polyethylene glycol 20000

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRF	BL18U1	1	0.97853
シンクロトロン	SSRF	BL19U1	2	0.97853

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2017年1月13日
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2017年1月13日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97853	1
2		1

反射

解像度: 3.298→50 Å / Num. obs: 6870 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.7 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 0.966 / Net I/σ(I): 5.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.3-3.42	9.9	0.843	638	0.959	0.257	0.885	0.991	96.1
3.42-3.55	13.5	0.73	677	0.97	0.202	0.758	0.97	100
3.55-3.72	16.1	0.528	670	0.984	0.136	0.545	0.994	100
3.72-3.91	16.1	0.36	668	0.991	0.093	0.372	0.989	100
3.91-4.16	14.8	0.206	672	0.997	0.056	0.213	0.952	100
4.16-4.48	16.6	0.136	679	0.998	0.035	0.141	0.979	100
4.48-4.93	16.4	0.085	686	0.999	0.022	0.088	0.981	100
4.93-5.64	15.7	0.072	695	0.999	0.019	0.074	0.953	100
5.64-7.1	14.7	0.063	716	0.998	0.017	0.066	0.946	100
7.1-50	13.2	0.042	769	0.999	0.012	0.044	0.905	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-3000		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.298→46.959 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.53

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3369	297	5.03 %
R_work	0.2885	-	-
obs	0.291	5905	85.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 265.49 Å² / B_iso mean: 97.4008 Å² / B_iso min: 13.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.298→46.959 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1340	0	1	0	1341
B_iso mean	-	-	126.8	-	-
残基数	-	-	-	-	167

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.3-3.42	0.3795	122	0.3177	2276	2398	72
3.42-46.9641	0.3148	175	0.2732	3332	3507	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0197	0.0067	0.0058	0.0176	0.0057	0.0017	-0.0137	-0.023	-0.0455	0.0888	0.0087	-0.0608	-0.0075	0.0218	-0.035	1.0508	-0.2236	-0.1179	0.2283	-0.0714	0.2042	61.884	-13.434	-9.2604
2	0.0087	-0.0174	-0.0082	0.0304	0.0125	0.0189	0.0234	-0.0272	0.0244	-0.0724	0.0236	-0.0301	-0.0771	0.0386	0.0045	0.9177	-0.0942	-0.2088	0.6033	-0.0754	0.6017	69.4815	-10.7255	-10.8333
3	0.0176	0.015	0.0098	0.0112	0.0086	0.0486	0.0484	0.0217	0.0629	0.0595	-0	0.0493	-0.044	-0.0362	0.03	0.5774	0.0767	-0.1185	0.0417	-0.1267	0.462	56.4553	-11.5233	-18.5056
4	0.0011	0.0033	-0.0095	0.0179	0.0109	0.0206	-0.0778	0.032	0.044	-0.0343	0.006	-0.0022	-0.0696	-0.0005	-0.0935	0.8927	-0.4524	-0.009	-0.1273	-0.0713	-0.0688	61.3573	-12.1511	-21.8304
5	0.1278	0.1005	0.0877	0.0786	0.068	0.0596	0.0466	-0.0189	-0.0232	0.0154	0.0198	-0.0222	-0.038	-0.0187	0.1075	0.5695	-0.1681	0.0004	0.6891	0.3486	0.6184	66.3932	-29.3523	-11.2356
6	0.0043	0.0085	0.0124	0.0567	0.0222	0.0238	0.0074	-0.0197	-0.0942	0.0544	0.0273	0.0255	-0.1007	-0.0242	-0.0042	0.3981	-0.2796	0.0445	-0.004	0.0104	0.1345	53.3869	-20.1848	-28.1234
7	0.0222	0.015	0.0157	0.0498	-0.0151	0.0276	0.0245	-0.0406	0.0211	-0.005	0.0099	0.005	-0.0185	-0.0208	0.0327	0.3933	-0.2896	-0.0265	0.3849	0.1069	0.635	47.5846	-30.4389	-39.9233
8	0.0038	-0.0019	-0.0039	0.0015	0.002	0.0003	0.0659	0.0078	0.1166	-0.0385	-0.025	-0.0762	0.0744	0.1461	0.0001	0.5319	-0.1708	0.0508	0.6336	0.1327	0.6754	70.6372	-24.8457	-23.3568
9	0.0707	0.0118	-0.0051	0.0197	0.0264	0.0534	-0.0197	-0.0037	-0.0176	-0.0005	-0.0427	-0.015	0.038	0.0074	-0.0466	0.4477	-0.3764	0.194	0.2816	0.0945	0.6164	69.2137	-22.4924	-31.2619
10	0.009	0.0036	0.0125	0.0226	0.0078	0.0154	0.0013	0.0152	0.0181	-0.0767	0.0209	0.0101	-0.1412	-0.0373	0.0118	0.8976	-0.6114	0.0997	-0.1349	-0.1297	0.211	58.8442	-12.9712	-35.7895
11	0.0125	0.0097	0.0243	0.0675	0.0288	0.0485	-0.0415	-0.0002	0.0321	-0.012	-0.0763	0.0006	0.0208	-0.0442	-0.0788	0.4332	-0.0107	-0.1107	0.0064	-0.0089	0.3127	58.8591	8.9956	-44.8455

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 23 )	A	4 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 35 )	A	24 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 45 )	A	36 - 45
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 46 through 73 )	A	46 - 73
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 74 through 82 )	A	74 - 82
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 83 through 102 )	A	83 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 103 through 110 )	A	103 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 590 through 605 )	B	590 - 605
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 606 through 618 )	B	606 - 618
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 619 through 641 )	B	619 - 641
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 642 through 649 )	B	642 - 649

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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