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万見
- PDB-6j05: Structures of two ArsR As(III)-responsive repressors: implication... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j05
タイトルStructures of two ArsR As(III)-responsive repressors: implications for the mechanism of derepression
要素Transcriptional regulator ArsR
キーワードTRANSCRIPTION / ArsR / As-III complex / repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix domain / : / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Helix-turn-helix domain / : / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ARSENIC / Transcriptional regulator / Transcriptional regulator, ArsR
類似検索 - 構成要素
生物種Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Prabaharan, C. / Kandavelu, P. / Packianathan, C. / Rosen, P.B. / Thiyagarajan, S.
資金援助 インド, 米国, 4件
組織認可番号国
Other governmentEMR/2014/000299 インド
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)R01 GM55425 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)S10_RR25528 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)S10_RR028976 米国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structures of two ArsR As(III)-responsive transcriptional repressors: Implications for the mechanism of derepression.
著者: Prabaharan, C. / Kandavelu, P. / Packianathan, C. / Rosen, B.P. / Thiyagarajan, S.
履歴
登録2018年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator ArsR
B: Transcriptional regulator ArsR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8876
ポリマ－27,7432
非ポリマー1444
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Oligomeric state of the molecule has been verified by HPLC studies.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.922, 42.727, 49.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator ArsR


分子量: 13871.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)
遺伝子: DN052_10610 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: A0A2W1K2S1, UniProt: B7J952*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ARS / ARSENIC / ひ素


分子量: 74.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: As / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.8 % / 解説: cuboidal rods
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1% Tryptone, 20% PEG 3350 / PH範囲: 7.0-7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5414 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年10月18日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5414 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→43.53 Å / Num. obs: 13774 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4.04 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0729 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.08 / Rsym value: 0.0729 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 3.88 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1235 / Rpim(I) all: 0.2201 / Rrim(I) all: 0.4489 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 86.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
AUTOMARデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R1T

1r1t


解像度: 1.86→43.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.304 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23083 698 5.1 %RANDOM
Rwork0.16472 ---
obs0.16802 13065 94.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.674 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.03 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.86→43.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1493 0 4 120 1617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0191546
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4161.9612096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2583.0023381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.29222.76376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.55115257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4791518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0211736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7651.849774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7541.847773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.642.747968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.642.75969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1132.124772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1062.12770
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.23.1041127
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.36722.8831763
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.35522.6151741
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.863→1.912 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 39 -
Rwork0.231 860 -
obs--83.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38220.05530.47920.02150.07710.6484-0.00750.0279-0.02550.02480.0143-0.0012-0.00460.0052-0.00680.07260.0018-0.01820.04870.00160.04366.57259.464812.1428
21.26930.50720.2130.22580.07630.04150.0858-0.14210.03330.009-0.09150.01410.0337-0.02240.00570.0693-0.01390.01140.1109-0.01690.0038-13.8841-0.1138.0363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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