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- PDB-6iya: Structure of the DNA binding domain of antitoxin CopASO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iya
タイトルStructure of the DNA binding domain of antitoxin CopASO
要素Transcriptional regulator CopG family
キーワードANTITOXIN / RHH / DNA binding
機能・相同性Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / regulation of DNA-templated transcription / Transcriptional regulator CopG family
機能・相同性情報
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhao, R. / Li, F. / Liu, L. / Zhang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31470775 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Structure and allosteric coupling of type II antitoxin CopASO.
著者: Zhao, R. / Li, Q. / Zhang, J. / Li, F. / Yao, J. / Zhang, J. / Liu, L. / Wang, X. / Zhang, X.
履歴
登録2018年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator CopG family
B: Transcriptional regulator CopG family
C: Transcriptional regulator CopG family
D: Transcriptional regulator CopG family
E: Transcriptional regulator CopG family
F: Transcriptional regulator CopG family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9656
ポリマ－47,9656
非ポリマー00
水30617
1
A: Transcriptional regulator CopG family
B: Transcriptional regulator CopG family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9882
ポリマ－15,9882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area6220 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator CopG family
D: Transcriptional regulator CopG family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9882
ポリマ－15,9882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area6130 Å2
手法PISA
3
E: Transcriptional regulator CopG family

E: Transcriptional regulator CopG family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9882
ポリマ－15,9882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area6370 Å2
手法PISA
4
F: Transcriptional regulator CopG family

F: Transcriptional regulator CopG family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9882
ポリマ－15,9882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area6590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.541, 60.949, 105.098
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 20 or resid 22...
21(chain B and (resid 5 through 20 or resid 22...
31(chain C and (resid 5 through 20 or resid 22...
41(chain D and (resid 5 through 20 or resid 22...
51(chain E and (resid 5 through 20 or resid 22...
61(chain F and (resid 5 through 20 or resid 22...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 5 through 20 or resid 22...A5 - 20
121(chain A and (resid 5 through 20 or resid 22...A22 - 27
131(chain A and (resid 5 through 20 or resid 22...A2 - 49
141(chain A and (resid 5 through 20 or resid 22...A0
151(chain A and (resid 5 through 20 or resid 22...A40 - 49
211(chain B and (resid 5 through 20 or resid 22...B5 - 20
221(chain B and (resid 5 through 20 or resid 22...B22 - 27
231(chain B and (resid 5 through 20 or resid 22...B30 - 35
241(chain B and (resid 5 through 20 or resid 22...B37 - 38
251(chain B and (resid 5 through 20 or resid 22...B40 - 49
311(chain C and (resid 5 through 20 or resid 22...C5 - 20
321(chain C and (resid 5 through 20 or resid 22...C22 - 27
331(chain C and (resid 5 through 20 or resid 22...C5 - 49
341(chain C and (resid 5 through 20 or resid 22...C0
351(chain C and (resid 5 through 20 or resid 22...C40 - 49
411(chain D and (resid 5 through 20 or resid 22...D5 - 20
421(chain D and (resid 5 through 20 or resid 22...D22 - 27
431(chain D and (resid 5 through 20 or resid 22...D30 - 35
441(chain D and (resid 5 through 20 or resid 22...D37 - 38
451(chain D and (resid 5 through 20 or resid 22...D40 - 49
511(chain E and (resid 5 through 20 or resid 22...E5 - 20
521(chain E and (resid 5 through 20 or resid 22...E22 - 27
531(chain E and (resid 5 through 20 or resid 22...E30 - 35
541(chain E and (resid 5 through 20 or resid 22...E37 - 38
551(chain E and (resid 5 through 20 or resid 22...E40 - 49
611(chain F and (resid 5 through 20 or resid 22...F5 - 20
621(chain F and (resid 5 through 20 or resid 22...F22 - 27
631(chain F and (resid 5 through 20 or resid 22...F30 - 35
641(chain F and (resid 5 through 20 or resid 22...F37 - 38
651(chain F and (resid 5 through 20 or resid 22...F40 - 49

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator CopG family / CopASO


分子量: 7994.143 Da / 分子数: 6 / 断片: DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_1445 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8EGZ2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.07 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium formate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 7302 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 48.68 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.782 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 729 / CC1/2: 0.949 / Rpim(I) all: 0.378 / Rrim(I) all: 0.873 / Χ2: 0.852 / % possible all: 92.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GPE

2gpe


解像度: 3→42.22 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2981 338 4.9 %
Rwork0.2469 --
obs0.2493 6895 86.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.15 Å2 / Biso mean: 50.6612 Å2 / Biso min: 19.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→42.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2414 0 0 17 2431
Biso mean---35.41 -
残基数----286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5833336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4581032
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1194X-RAY DIFFRACTION23.673TORSIONAL
12B1194X-RAY DIFFRACTION23.673TORSIONAL
13C1194X-RAY DIFFRACTION23.673TORSIONAL
14D1194X-RAY DIFFRACTION23.673TORSIONAL
15E1194X-RAY DIFFRACTION23.673TORSIONAL
16F1194X-RAY DIFFRACTION23.673TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 3→3.7795 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2866 161 -
Rwork0.2599 3126 -
obs--85 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.8911 Å / Origin y: -17.0802 Å / Origin z: -17.1784 Å
111213212223313233
T0.1786 Å2-0.0111 Å20.0219 Å2-0.2744 Å2-0.032 Å2--0.2573 Å2
L2.1834 °2-1.17 °21.677 °2-2.365 °2-1.1837 °2--3.3375 °2
S0.102 Å °0.1618 Å °0.0812 Å °0.0814 Å °-0.2086 Å °0.1497 Å °0.0491 Å °0.1244 Å °0.0959 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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