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- PDB-5fwz: Fasciola hepatica calcium binding protein FhCaBP2: Structure of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fwz
タイトルFasciola hepatica calcium binding protein FhCaBP2: Structure of the dynein light chain-like domain. P41212 mercury derivative.
要素CALCIUM BINDING PROTEIN
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dynein complex / microtubule-based process / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Calcium binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種FASCIOLA HEPATICA (かんてつ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nguyen, T.H. / Thomas, C.M. / Timson, D.J. / van Raaij, M.J.
引用
ジャーナル: Parasitol. Res. / 年: 2016
タイトル: Fasciola hepatica calcium-binding protein FhCaBP2: structure of the dynein light chain-like domain.
著者: Nguyen, T.H. / Thomas, C.M. / Timson, D.J. / van Raaij, M.J.
#1: ジャーナル: Parasitology / 年: 2015
タイトル: Fhcabp2: A Fasciola Hepatica Calcium-Binding Protein with EF-Hand and Dynein Light Chain Domains.
著者: Thomas, C.M. / Timson, D.J.
履歴
登録2016年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALCIUM BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7604
ポリマ－11,4881
非ポリマー2713
水1,02757
1
A: CALCIUM BINDING PROTEIN
ヘテロ分子

A: CALCIUM BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5198
ポリマ－22,9762
非ポリマー5436
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area9710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.880, 59.880, 81.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CALCIUM BINDING PROTEIN / CALCIUM BINDING PROTEIN FHCABP2


分子量: 11488.179 Da / 分子数: 1 / 断片: DYNEIN LIGHT CHAIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 92-189 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE PURIFIED PROTEIN CONTAIN ALSO THE N- TERMINAL HIS-TAG AND EF-HAND DOMAIN, HOWEVER WE BELIEVE THIS WAS PROTEOLYSED IN SITU IN THE CRYSTALLIZATION DROP. THEREFORE ONLY OBSERVED RESIDUES ARE ...詳細: THE PURIFIED PROTEIN CONTAIN ALSO THE N- TERMINAL HIS-TAG AND EF-HAND DOMAIN, HOWEVER WE BELIEVE THIS WAS PROTEOLYSED IN SITU IN THE CRYSTALLIZATION DROP. THEREFORE ONLY OBSERVED RESIDUES ARE GIVEN. FOR MORE DETAILS SEE THE PRIMARY REFERENCE.
由来: (組換発現) FASCIOLA HEPATICA (かんてつ) / プラスミド: PET46EK/LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: A0A0B5GUS3
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 10 MM TRIS-HCL PH 8.5, 50 MM SODIUM CHLORIDE 20 % (W/V) PEG 3350, 0.2 M SODIUM TARTRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.0056
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月30日
詳細: ELLIPTICALLY BENT VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT, CRYOCOOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→23 Å / Num. obs: 7026 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→22.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.264 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24051 702 10 %RANDOM
Rwork0.19132 ---
obs0.1965 6289 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.662 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å20 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----2.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→22.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数799 0 3 57 859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.019824
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.9271115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94831773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.042598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.92223.07739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.16415148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.187156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02199
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1490.21466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.2780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.2862
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.246
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0940.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1820.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2580.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6683.426389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.673.42388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5315.119485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9883.888435
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0035.687629
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 44 -
Rwork0.23 445 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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