PDB-6ixz: X-ray structure of sortase C from Clostridium perfringens SM101

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ixz

タイトル

X-ray structure of sortase C from Clostridium perfringens SM101

要素

Sortase family protein

キーワード

TRANSFERASE / sortase / cysteine transpeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Kamitori, S. / Tamai, E.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Structures of major pilins in Clostridium perfringens demonstrate dynamic conformational change.
著者: Tamai, E. / Katayama, S. / Sekiya, H. / Nariya, H. / Kamitori, S.

履歴

登録	2018年12月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ixz.cif.gz	87.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ixz.ent.gz	64.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ixz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ixz_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ixz_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
XML形式データ	6ixz_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	6ixz_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ixz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ixz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xcbC 5xccC 6ixyC 4d7wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jzr-d 2qhu-d 6x5x-d 1arb-d 5ufn-2 3sr0-1 5wl5-d 2c2t-2 2qhs-d 6vii-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sortase family protein

B: Sortase family protein

50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sortase family protein

登録者が定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sortase family protein

登録者が定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.450, 63.410, 76.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Sortase family protein 分子量: 25036.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain SM101 / Type A) (ウェルシュ菌) 株: SM101 / Type A / 遺伝子: CPR_0146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0SWL7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM MMT buffer pH 6.5 (20mM L-malic acid, 40mM MES, 40mM Tris), 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→19.63 Å / Num. obs: 27084 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.98→2.03 Å / R_merge(I) obs: 0.336 / Num. unique obs: 1996

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4D7W

4d7w

解像度: 1.98→19.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 5.455 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.196 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28344	1357	5 %	RANDOM
R_work	0.23124	-	-	-
obs	0.23395	25726	98.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.154 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	0.08 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.98→19.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2924	0	0	84	3008

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	2974
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.189	1.981	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.666	3	6605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.34	5	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.567	26.241	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.621	15	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.703	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	472
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	96	-
R_work	0.266	1875	-
obs	-	-	97.43 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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