[日本語] English
万見
- PDB-6ixo: Apo structure of Myo2-GTD -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ixo
タイトルApo structure of Myo2-GTD
要素Myosin-2
キーワードPROTEIN BINDING / Cargo binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome inheritance / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / membrane addition at site of cytokinesis / RHOU GTPase cycle / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / myosin V complex / vacuole inheritance / Golgi inheritance ...peroxisome inheritance / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / membrane addition at site of cytokinesis / RHOU GTPase cycle / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / myosin V complex / vacuole inheritance / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle transport along actin filament / vesicle docking involved in exocytosis / fungal-type vacuole membrane / microfilament motor activity / filamentous actin / actin filament bundle / establishment of mitotic spindle orientation / vesicle-mediated transport / transport vesicle / actin filament organization / actin filament binding / protein transport / actin cytoskeleton / vesicle / calmodulin binding / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain ...: / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Tang, K. / Wei, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31770791 中国
National Natural Science Foundation of China31570741 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural mechanism for versatile cargo recognition by the yeast class V myosin Myo2.
著者: Tang, K. / Li, Y. / Yu, C. / Wei, Z.
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Myosin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3816
ポリマ－47,9621
非ポリマー4205
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.660, 72.164, 168.324
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Myosin-2 / Cell division control protein 66 / Class V unconventional myosin MYO2 / Type V myosin heavy chain ...Cell division control protein 66 / Class V unconventional myosin MYO2 / Type V myosin heavy chain MYO2 / Myosin V MYO2


分子量: 47961.508 Da / 分子数: 1 / 変異: 1342-1347 deletions / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MYO2, CDC66, YOR326W, O6167 / プラスミド: modified pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19524
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1 M potassium chloride, 1 M ammonium sulfate and 0.1 M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 49545 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 32.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.168 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.9312.11.90524550.7640.5621.9881.115100
1.93-1.9711.91.57924110.7780.471.6491.137100
1.97-2.0111.81.29624730.8350.3891.3551.124100
2.01-2.0511.71.04524230.8910.3141.0921.146100
2.05-2.0911.60.87224280.9010.2640.9121.161100
2.09-2.1411.20.69224470.9280.2140.7251.18899.8
2.14-2.1910.30.52624500.9430.1710.5531.207100
2.19-2.2511.70.46824550.970.1410.4891.234100
2.25-2.3212.10.40824550.9750.1210.4251.209100
2.32-2.3912.10.31424430.9850.0930.3271.249100
2.39-2.4811.80.27124380.9880.0810.2841.273100
2.48-2.5811.80.21824770.9910.0650.2281.339100
2.58-2.711.60.18324600.9930.0560.1921.355100
2.7-2.8410.50.13924810.9950.0450.1471.329100
2.84-3.02120.11624840.9970.0350.1221.31799.9
3.02-3.2512.20.09324800.9980.0270.0971.244100
3.25-3.5811.80.07525040.9980.0220.0781.17999.9
3.58-4.0910.80.0625050.9980.0190.0630.95199.8
4.09-5.1611.50.05525800.9980.0170.0570.778100
5.16-5010.70.05326960.9980.0170.0560.83299.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F6H

2f6h


解像度: 1.901→42.081 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2063 1999 4.04 %
Rwork0.1738 --
obs0.1751 49421 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 188.77 Å2 / Biso mean: 48.8398 Å2 / Biso min: 19.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.901→42.081 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3112 0 21 256 3389
Biso mean--163.32 50.59 -
残基数----384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2594409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0221191
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9006-1.94810.36171380.3093312345098
1.9481-2.00080.311410.273933093450100
2.0008-2.05970.30831400.245533393479100
2.0597-2.12620.25791420.219633623504100
2.1262-2.20220.23931420.199133673509100
2.2022-2.29030.26641410.184833373478100
2.2903-2.39460.23371420.173433743516100
2.3946-2.52080.19721420.17433763518100
2.5208-2.67870.19841430.167133833526100
2.6787-2.88550.2131420.176833673509100
2.8855-3.17580.23141450.171334213566100
3.1758-3.63510.19051430.164434163559100
3.6351-4.57890.18441460.142734613607100
4.5789-42.09130.16951520.16733598375099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8334-0.10110.00041.8599-0.5434.40770.0112-0.2107-0.06510.56810.0411-0.0760.20380.091-0.04570.3270.0169-0.0110.24060.0190.25242.818-24.25439.577
21.56320.36041.12170.8915-1.19325.99150.0097-0.0814-0.02160.05520.02020.11090.0019-0.5513-0.0150.15330.01040.00570.2768-0.00410.2944-9.966-18.6938.423
31.89740.40920.91931.28120.24381.7038-0.53120.54910.5345-0.26010.11960.1426-1.23830.49610.30070.5443-0.0965-0.10540.32720.11320.4149-5.39-4.665-7.027
40.2753-1.27180.82434.6016-3.1532.21-0.0632-0.0993-0.16550.45550.32680.6325-0.1569-0.373-0.31790.4560.0161-00.36780.04840.3792-4.403-28.63746.174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1152:1326 )A1152 - 1326
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 1327:1445 )A1327 - 1445
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 1446:1532 )A1446 - 1532
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 1533:1569 )A1533 - 1569

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る