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- PDB-6ixj: The crystal structure of sulfoacetaldehyde reductase from Klebsie... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ixj
タイトルThe crystal structure of sulfoacetaldehyde reductase from Klebsiella oxytoca
要素Sulfoacetaldehyde reductase
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Sulfoacetaldehyde Reductase / SDR / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfoacetaldehyde reductase (NADPH) / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-hydroxyethylsulfonic acid / Chem-NDP / Sulfoacetaldehyde reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhou, Y. / Xu, T. / Lin, L. / Zhang, Y. / Yuchi, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31570060 中国
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2019
タイトル: Biochemical and structural investigation of sulfoacetaldehyde reductase fromKlebsiella oxytoca.
著者: Zhou, Y. / Wei, Y. / Lin, L. / Xu, T. / Ang, E.L. / Zhao, H. / Yuchi, Z. / Zhang, Y.
履歴
登録2018年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sulfoacetaldehyde reductase
B: Sulfoacetaldehyde reductase
C: Sulfoacetaldehyde reductase
D: Sulfoacetaldehyde reductase
E: Sulfoacetaldehyde reductase
F: Sulfoacetaldehyde reductase
G: Sulfoacetaldehyde reductase
H: Sulfoacetaldehyde reductase
I: Sulfoacetaldehyde reductase
J: Sulfoacetaldehyde reductase
K: Sulfoacetaldehyde reductase
L: Sulfoacetaldehyde reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,72436
ポリマ－330,26612
非ポリマー10,45924
水4,810267
1
A: Sulfoacetaldehyde reductase
B: Sulfoacetaldehyde reductase
H: Sulfoacetaldehyde reductase
I: Sulfoacetaldehyde reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,57512
ポリマ－110,0894
非ポリマー3,4868
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22950 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area28890 Å2
手法PISA
2
F: Sulfoacetaldehyde reductase
J: Sulfoacetaldehyde reductase
K: Sulfoacetaldehyde reductase
ヘテロ分子

C: Sulfoacetaldehyde reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,57512
ポリマ－110,0894
非ポリマー3,4868
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-y,x-y,z-1/31
Buried area22880 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area28850 Å2
手法PISA
3
D: Sulfoacetaldehyde reductase
E: Sulfoacetaldehyde reductase
L: Sulfoacetaldehyde reductase
ヘテロ分子

G: Sulfoacetaldehyde reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,57512
ポリマ－110,0894
非ポリマー3,4868
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-y+1,x-y,z-1/31
Buried area22650 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area29080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.856, 125.856, 173.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 9 or (resid 10...
21(chain B and (resid 4 through 9 or (resid 10...
31(chain C and (resid 4 through 9 or (resid 10...
41(chain D and (resid 4 through 9 or (resid 10...
51(chain E and (resid 4 through 9 or (resid 10...
61(chain F and (resid 4 through 9 or (resid 10...
71(chain G and (resid 4 through 9 or (resid 10...
81(chain H and (resid 4 through 9 or (resid 10...
91(chain I and (resid 4 through 9 or (resid 10...
101(chain J and (resid 4 through 9 or (resid 10...
111(chain K and (resid 4 through 9 or (resid 10...
121(chain L and (resid 4 through 13 or (resid 14...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERILEILE(chain A and (resid 4 through 9 or (resid 10...AA4 - 96 - 11
12THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 4 through 9 or (resid 10...AA1012
13SERSERASPASP(chain A and (resid 4 through 9 or (resid 10...AA4 - 2546 - 256
21SERSERILEILE(chain B and (resid 4 through 9 or (resid 10...BB4 - 96 - 11
22THRTHRTHRTHR(chain B and (resid 4 through 9 or (resid 10...BB1012
23SERSERASPASP(chain B and (resid 4 through 9 or (resid 10...BB4 - 2546 - 256
24SERSERASPASP(chain B and (resid 4 through 9 or (resid 10...BB4 - 2546 - 256
25SERSERASPASP(chain B and (resid 4 through 9 or (resid 10...BB4 - 2546 - 256
26SERSERASPASP(chain B and (resid 4 through 9 or (resid 10...BB4 - 2546 - 256
31SERSERILEILE(chain C and (resid 4 through 9 or (resid 10...CC4 - 96 - 11
32THRTHRTHRTHR(chain C and (resid 4 through 9 or (resid 10...CC1012
33SERSERARGARG(chain C and (resid 4 through 9 or (resid 10...CC4 - 2536 - 255
41SERSERILEILE(chain D and (resid 4 through 9 or (resid 10...DD4 - 96 - 11
42THRTHRTHRTHR(chain D and (resid 4 through 9 or (resid 10...DD1012
43SERSERASPASP(chain D and (resid 4 through 9 or (resid 10...DD4 - 2546 - 256
44SERSERASPASP(chain D and (resid 4 through 9 or (resid 10...DD4 - 2546 - 256
45SERSERASPASP(chain D and (resid 4 through 9 or (resid 10...DD4 - 2546 - 256
46SERSERASPASP(chain D and (resid 4 through 9 or (resid 10...DD4 - 2546 - 256
51SERSERILEILE(chain E and (resid 4 through 9 or (resid 10...EE4 - 96 - 11
52THRTHRTHRTHR(chain E and (resid 4 through 9 or (resid 10...EE1012
53SERSERASPASP(chain E and (resid 4 through 9 or (resid 10...EE4 - 2546 - 256
54SERSERASPASP(chain E and (resid 4 through 9 or (resid 10...EE4 - 2546 - 256
55SERSERASPASP(chain E and (resid 4 through 9 or (resid 10...EE4 - 2546 - 256
56SERSERASPASP(chain E and (resid 4 through 9 or (resid 10...EE4 - 2546 - 256
61SERSERILEILE(chain F and (resid 4 through 9 or (resid 10...FF4 - 96 - 11
62THRTHRTHRTHR(chain F and (resid 4 through 9 or (resid 10...FF1012
63SERSERASPASP(chain F and (resid 4 through 9 or (resid 10...FF4 - 2546 - 256
64SERSERASPASP(chain F and (resid 4 through 9 or (resid 10...FF4 - 2546 - 256
65SERSERASPASP(chain F and (resid 4 through 9 or (resid 10...FF4 - 2546 - 256
66SERSERASPASP(chain F and (resid 4 through 9 or (resid 10...FF4 - 2546 - 256
71SERSERILEILE(chain G and (resid 4 through 9 or (resid 10...GG4 - 96 - 11
72THRTHRTHRTHR(chain G and (resid 4 through 9 or (resid 10...GG1012
73SERSERASPASP(chain G and (resid 4 through 9 or (resid 10...GG4 - 2546 - 256
74SERSERASPASP(chain G and (resid 4 through 9 or (resid 10...GG4 - 2546 - 256
75SERSERASPASP(chain G and (resid 4 through 9 or (resid 10...GG4 - 2546 - 256
76SERSERASPASP(chain G and (resid 4 through 9 or (resid 10...GG4 - 2546 - 256
81SERSERILEILE(chain H and (resid 4 through 9 or (resid 10...HH4 - 96 - 11
82THRTHRTHRTHR(chain H and (resid 4 through 9 or (resid 10...HH1012
83SERSERASPASP(chain H and (resid 4 through 9 or (resid 10...HH4 - 2546 - 256
91SERSERILEILE(chain I and (resid 4 through 9 or (resid 10...II4 - 96 - 11
92THRTHRTHRTHR(chain I and (resid 4 through 9 or (resid 10...II1012
93SERSERASPASP(chain I and (resid 4 through 9 or (resid 10...II4 - 2546 - 256
94SERSERASPASP(chain I and (resid 4 through 9 or (resid 10...II4 - 2546 - 256
95SERSERASPASP(chain I and (resid 4 through 9 or (resid 10...II4 - 2546 - 256
101SERSERILEILE(chain J and (resid 4 through 9 or (resid 10...JJ4 - 96 - 11
102THRTHRTHRTHR(chain J and (resid 4 through 9 or (resid 10...JJ1012
103SERSERASPASP(chain J and (resid 4 through 9 or (resid 10...JJ4 - 2546 - 256
104SERSERASPASP(chain J and (resid 4 through 9 or (resid 10...JJ4 - 2546 - 256
105SERSERASPASP(chain J and (resid 4 through 9 or (resid 10...JJ4 - 2546 - 256
106SERSERASPASP(chain J and (resid 4 through 9 or (resid 10...JJ4 - 2546 - 256
111SERSERILEILE(chain K and (resid 4 through 9 or (resid 10...KK4 - 96 - 11
112THRTHRTHRTHR(chain K and (resid 4 through 9 or (resid 10...KK1012
113SERSERASPASP(chain K and (resid 4 through 9 or (resid 10...KK4 - 2546 - 256
121SERSERTHRTHR(chain L and (resid 4 through 13 or (resid 14...LL4 - 136 - 15
122SERSERSERSER(chain L and (resid 4 through 13 or (resid 14...LL1416
123SERSERASPASP(chain L and (resid 4 through 13 or (resid 14...LL4 - 2546 - 256

-
要素

#1: タンパク質
Sulfoacetaldehyde reductase / Isethionate formation reductase


分子量: 27522.127 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: isfD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D3U1D9, sulfoacetaldehyde reductase (NADPH)
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-8X3 / 2-hydroxyethylsulfonic acid / 2-oxidanylethanesulfonic acid / イセチオン酸


分子量: 126.132 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate pH 5.5, 30%(W/V) PEG 4000, 5mM NADPH, 0.4M Isethionate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 75984 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.167 / Χ2: 0.547 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.855.30.70837850.8150.3410.7870.445100
2.85-2.95.30.65638060.8430.3170.730.443100
2.9-2.965.20.56637780.8770.2740.630.457100
2.96-3.025.20.51637900.8890.2510.5740.464100
3.02-3.085.10.4338190.9210.2120.480.474100
3.08-3.154.80.40838270.910.2090.4590.46100
3.15-3.234.90.36138090.9420.1840.4050.479100
3.23-3.324.90.2937390.9530.1460.3250.499100
3.32-3.425.30.23838550.9750.1140.2640.516100
3.42-3.535.50.21637770.9780.1020.2390.533100
3.53-3.655.40.16937610.9850.080.1870.573100
3.65-3.85.40.14238420.9880.0680.1570.592100
3.8-3.975.30.13438100.9880.0640.1490.599100
3.97-4.185.30.11337960.990.0550.1250.604100
4.18-4.445.10.08837770.9930.0430.0980.60899.9
4.44-4.794.70.07638100.9940.0390.0860.597100
4.79-5.275.10.07538030.9950.0370.0840.575100
5.27-6.035.50.08538080.9950.040.0940.522100
6.03-7.595.30.07437840.9950.0360.0820.525100
7.59-5050.07538080.9880.0380.0850.9899.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3247精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NWQ

2nwq


解像度: 2.8→37.23 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 2006 2.64 %
Rwork0.1937 --
obs0.1949 75913 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.1 Å2 / Biso mean: 43.4982 Å2 / Biso min: 10.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→37.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22404 0 660 267 23331
Biso mean--44.48 33.17 -
残基数----3011
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A9228X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
12B9228X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
13C9228X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
14D9228X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
15E9228X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
16F9228X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
17G9228X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
18H9228X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
19I9228X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
110J9228X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
111K9228X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
112L9228X-RAY DIFFRACTION13.887TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7979-2.86780.37231500.28965284543499
2.8678-2.94530.32041400.263752185358100
2.9453-3.0320.33131440.248753075451100
3.032-3.12980.32861440.245752745418100
3.1298-3.24160.29261330.232352835416100
3.2416-3.37130.27571460.213852585404100
3.3713-3.52460.25951440.211753175461100
3.5246-3.71030.24691500.195752955445100
3.7103-3.94250.24291400.188852815421100
3.9425-4.24650.23521500.17952455395100
4.2465-4.67310.20081440.156153435487100
4.6731-5.34760.18971440.155852335377100
5.3476-6.73090.20841400.193653045444100
6.7309-37.23290.16861370.154352655402100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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