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- PDB-6ix4: Structure of an epoxide hydrolase from Aspergillus usamii E001 (A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ix4
タイトルStructure of an epoxide hydrolase from Aspergillus usamii E001 (AuEH2) at 1.51 Angstroms resolution
要素Microsomal epoxide hydrolase
キーワードHYDROLASE / Alpha and beta proteins / alpha/beta-Hydrolases / Styrene Oxide
機能・相同性
機能・相同性情報


microsomal epoxide hydrolase / cis-stilbene-oxide hydrolase activity / epoxide metabolic process / epoxide hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase, N-terminal / Epoxide hydrolase N terminus / Epoxide hydrolase / Epoxide hydrolase-like / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Microsomal epoxide hyddrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus usamii (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.511 Å
データ登録者Hu, D. / Hu, B.C. / Hou, X.D. / Wu, L. / Rao, Y.J. / Wu, M.C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21676117 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: Nearly perfect kinetic resolution of racemic o-nitrostyrene oxide by AuEH2, a microsomal epoxide hydrolase from Aspergillus usamii, with high enantio- and regio-selectivity.
著者: Hu, D. / Hu, B.C. / Wen, Z. / Zhang, D. / Liu, Y.Y. / Zang, J. / Wu, M.C.
履歴
登録2018年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microsomal epoxide hydrolase
B: Microsomal epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0777
ポリマ－89,7712
非ポリマー3065
水17,294960
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, DIMERIC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area28770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.365, 51.922, 133.488
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Microsomal epoxide hydrolase


分子量: 44885.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus usamii (カビ) / 遺伝子: EH2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: T2B4K5, microsomal epoxide hydrolase

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非ポリマー , 6種, 965分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 960 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / Density meas: 0.008 Mg/m3 / 溶媒含有率: 44.45 % / 解説: Tetragonal crystal
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M HEPES, pH 6.5, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 122867 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 12.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 823528
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.51-1.546.60.27161030.9640.1130.2940.99899.3
1.54-1.566.40.24860240.9660.1050.2691.01798.9
1.56-1.596.10.22860510.970.0990.2491.03698.2
1.59-1.636.90.20961130.9790.0840.2251.04199.5
1.63-1.666.90.19160640.9830.0770.206199.7
1.66-1.76.90.17961230.9840.0730.1931.00399.7
1.7-1.746.80.15761800.9860.0640.170.99599.8
1.74-1.796.70.14161160.9880.0580.153199.7
1.79-1.846.50.12461260.990.0520.1340.9899.7
1.84-1.96.20.160230.9930.0430.1090.9998.9
1.9-1.9770.09461760.9950.0380.1011.007100
1.97-2.056.90.08161610.9950.0330.0870.993100
2.05-2.146.90.0761490.9960.0290.0760.969100
2.14-2.266.80.06261700.9970.0250.0670.97100
2.26-2.46.30.05461160.9970.0230.0580.90899.3
2.4-2.5870.05161850.9980.020.0550.911100
2.58-2.847.10.04661770.9980.0190.050.875100
2.84-3.256.80.03962290.9980.0160.0420.856100
3.25-4.16.60.03362160.9980.0140.0360.87599.5
4.1-506.70.03263650.9990.0130.0340.82499.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
AMPLE位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qo7

1qo7


解像度: 1.511→43.867 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.37 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1651 6064 4.94 %
Rwork0.1441 116770 -
obs0.1452 122834 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.8 Å2 / Biso mean: 16.4513 Å2 / Biso min: 6.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.511→43.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6256 0 17 960 7233
Biso mean--20.97 27.42 -
残基数----781
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5106-1.52770.16061800.14963801398197
1.5277-1.54570.18972040.14773865406999
1.5457-1.56450.18492010.1483801400299
1.5645-1.58430.18741680.14963866403498
1.5843-1.60520.1722060.14663816402299
1.6052-1.62720.17111850.13539134098100
1.6272-1.65040.16971670.138739154082100
1.6504-1.67510.18692100.142138684078100
1.6751-1.70120.18741990.152338494048100
1.7012-1.72910.19051760.146339534129100
1.7291-1.7590.18271820.146338814063100
1.759-1.79090.16672130.143539024115100
1.7909-1.82540.18411660.147338774043100
1.8254-1.86260.16441960.14513894409099
1.8626-1.90310.17152190.13953807402699
1.9031-1.94740.17851920.13638864078100
1.9474-1.99610.16172140.140539654179100
1.9961-2.05010.16941880.144238914079100
2.0501-2.11040.14881940.142938844078100
2.1104-2.17850.17092360.141538794115100
2.1785-2.25640.1732250.144139084133100
2.2564-2.34670.1712290.144638594088100
2.3467-2.45350.17132120.14743854406699
2.4535-2.58290.19511900.150839574147100
2.5829-2.74470.16122150.148639214136100
2.7447-2.95650.15372340.14638814115100
2.9565-3.2540.14582170.146139394156100
3.254-3.72460.14532140.13643922413699
3.7246-4.69180.13552000.129939704170100
4.6918-43.8850.18722320.160640464278100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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