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- PDB-6iwy: Crystal structure of the flagellar cap protein FliD from Helicoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iwy
タイトルCrystal structure of the flagellar cap protein FliD from Helicobacter pylori
要素Flagellar hook-associated protein 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Bacterial flagellar cap protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum filament cap / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook-associated protein 2, N-terminal / Flagellar hook-associated protein 2, C-terminal / Flagellar hook-associated protein 2 / Flagellar hook-associated protein 2 N-terminus / Flagellar hook-associated protein 2 C-terminus / Flagellin hook, IN motif / Flagellin hook IN motif
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar hook-associated protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cho, S.Y. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of the flagellar capping protein FliD from Helicobacter pylori.
著者: Cho, S.Y. / Song, W.S. / Oh, H.B. / Kim, H.U. / Jung, H.S. / Yoon, S.I.
履歴
登録2018年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar hook-associated protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8841
ポリマ－43,8841
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18250 Å2
2
A: Flagellar hook-associated protein 2

A: Flagellar hook-associated protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7682
ポリマ－87,7682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area2500 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area34000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.510, 75.891, 133.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 Flagellar hook-associated protein 2 / HAP2 / Filament cap protein / Flagellar cap protein


分子量: 43883.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: fliD, HP_0752 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96786
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 5-6
PH範囲: 5-6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 17286 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 34.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 824 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 27.319 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.297 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27672 865 5 %RANDOM
Rwork0.23981 ---
obs0.24175 16328 98.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 59.827 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2637 0 0 4 2641
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222657
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021671
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.9653594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88834153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0775361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.58227.358106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.50415448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.759155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5211.51799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.11.5757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99622847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9463858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3274.5747
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.605→2.672 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.493 56 -
Rwork0.387 1078 -
obs--91.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7862-2.80043.41526.4951-5.169327.2303-0.23260.80670.5242-0.368-0.38250.0516-0.6368-0.08770.61510.1748-0.01120.03090.7419-0.27240.924910.37765.43517.069
22.8440.1625-0.35931.8136-0.68885.1039-0.39270.0298-0.38040.0135-0.37660.11790.7451-0.12210.76930.2842-0.07330.37740.1794-0.08280.721522.85554.93344.331
34.3739-0.9701-1.00685.41291.46233.3968-0.18130.33120.011-0.3222-0.09130.1816-0.1912-0.24680.27260.1456-0.0396-0.01180.2048-0.08090.458513.28878.60950.437
44.9775-3.4428-1.566417.85062.52045.9871-0.0585-0.2519-0.230.70620.21780.00050.12830.129-0.15930.22490.0575-0.02230.1149-0.00840.337916.71648.09171.833
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A80 - 106
2X-RAY DIFFRACTION1A435 - 476
3X-RAY DIFFRACTION2A107 - 196
4X-RAY DIFFRACTION2A417 - 434
5X-RAY DIFFRACTION3A197 - 317
6X-RAY DIFFRACTION4A318 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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