PDB-6itq: Crystal structure of cortisol complexed with its nanobody at pH 10.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6itq

タイトル

Crystal structure of cortisol complexed with its nanobody at pH 10.5

要素

anti-cortisol camelid antibody

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Cortisol / Complex / Nanobody / Camelid antibody

機能・相同性

Chem-HCY

機能・相同性情報

生物種

Camelus bactrianus (フタコブラクダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.526 Å

データ登録者

Ding, Y. / Ding, L.L. / Wang, Z.Y. / Zhong, P.Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the mechanism of single domain VHH antibody binding to cortisol.
著者: Ding, L. / Wang, Z. / Zhong, P. / Jiang, H. / Zhao, Z. / Zhang, Y. / Ren, Z. / Ding, Y.

履歴

登録	2018年11月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6itq.cif.gz	120.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6itq.ent.gz	92.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6itq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6itq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6itq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6itpC 3k1kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ee0-d 3l40-d 6za0-d 9icl-d 2a1u-d 7icg-d 2q4j-2 1s0o-1 3t5l-d 3v6j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: anti-cortisol camelid antibody

B: anti-cortisol camelid antibody

C: anti-cortisol camelid antibody

D: anti-cortisol camelid antibody

ヘテロ分子

56.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, 1:1 binding, isothermal titration calorimetry, 1:1 binding

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.870, 48.816, 109.333
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.660, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	anti-cortisol camelid antibody 分子量: 13780.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-HCY / (11alpha,14beta)-11,17,21-trihydroxypregn-4-ene-3,20-dione / CORTISOL / コルチゾ-ル分子量: 362.460 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, ホルモン*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M CAPS/Sodium hydroxide pH 10.5, 0.2M Lithium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.526→43.92 Å / Num. obs: 68100 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.916 / R_merge(I) obs: 0.208 / R_pim(I) all: 0.095 / R_rim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.53-1.61	6.6	0.852	9886	0.699	0.372	0.932	96.9
4.83-43.92	6.5	0.156	2301	0.968	0.067	0.17	98.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.53 Å	43.92 Å
Translation	1.53 Å	43.92 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
Aimless	0.6.2	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3K1K

3k1k

解像度: 1.526→43.917 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2562	3256	4.83 %
R_work	0.2226	-	-
obs	0.2243	67390	95.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 48.38 Å² / B_iso mean: 16.6123 Å² / B_iso min: 3.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.526→43.917 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3751	0	114	559	4424
B_iso mean	-	-	17.19	26.03	-
残基数	-	-	-	-	489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3947
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.913	5358
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	562
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	669
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.174	2224

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5264-1.5492	0.271	144	0.2667	2639	2783	92
1.5492-1.5734	0.2754	140	0.2408	2763	2903	94
1.5734-1.5992	0.2691	132	0.2484	2779	2911	95
1.5992-1.6268	0.2745	137	0.2485	2760	2897	96
1.6268-1.6564	0.2993	136	0.2436	2823	2959	96
1.6564-1.6882	0.2248	140	0.2276	2777	2917	96
1.6882-1.7227	0.2699	145	0.227	2773	2918	96
1.7227-1.7601	0.2495	126	0.2276	2812	2938	95
1.7601-1.8011	0.2966	156	0.2282	2641	2797	93
1.8011-1.8461	0.2939	137	0.2221	2836	2973	97
1.8461-1.896	0.2976	130	0.2363	2775	2905	95
1.896-1.9518	0.3871	113	0.3326	2527	2640	85
1.9518-2.0148	0.2488	120	0.2133	2812	2932	97
2.0148-2.0868	0.256	135	0.2163	2808	2943	96
2.0868-2.1704	0.2404	146	0.2043	2864	3010	98
2.1704-2.2692	0.3081	143	0.2541	2663	2806	92
2.2692-2.3888	0.2429	155	0.2255	2879	3034	98
2.3888-2.5384	0.2559	143	0.22	2711	2854	93
2.5384-2.7344	0.2783	156	0.2212	2897	3053	99
2.7344-3.0095	0.2204	166	0.216	2900	3066	99
3.0095-3.4449	0.2086	139	0.1989	2902	3041	99
3.4449-4.3396	0.2183	159	0.1802	2899	3058	98
4.3396-43.9351	0.2542	158	0.2157	2894	3052	95

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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