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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6itc | |||||||||
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タイトル | Structure of a substrate engaged SecA-SecY protein translocation machine | |||||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / SecA / SecY / Translocation / Cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | ![]() outer membrane protein complex / protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / monoatomic ion transmembrane transporter activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / detection of virus / outer membrane / protein import ...outer membrane protein complex / protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / monoatomic ion transmembrane transporter activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / detection of virus / outer membrane / protein import / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / porin activity / pore complex / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / monoatomic ion transport / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / symbiont entry into host cell / membrane raft / DNA damage response / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | |||||||||
![]() | Ma, C.Y. / Wu, X.F. / Sun, D.J. / Park, E.Y. / Rapoport, T.A. / Gao, N. / Long, L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the substrate-engaged SecA-SecY protein translocation machine. 著者: Chengying Ma / Xiaofei Wu / Dongjie Sun / Eunyong Park / Marco A Catipovic / Tom A Rapoport / Ning Gao / Long Li / ![]() ![]() 要旨: The Sec61/SecY channel allows the translocation of many proteins across the eukaryotic endoplasmic reticulum membrane or the prokaryotic plasma membrane. In bacteria, most secretory proteins are ...The Sec61/SecY channel allows the translocation of many proteins across the eukaryotic endoplasmic reticulum membrane or the prokaryotic plasma membrane. In bacteria, most secretory proteins are transported post-translationally through the SecY channel by the SecA ATPase. How a polypeptide is moved through the SecA-SecY complex is poorly understood, as structural information is lacking. Here, we report an electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure of a translocating SecA-SecY complex in a lipid environment. The translocating polypeptide chain can be traced through both SecA and SecY. In the captured transition state of ATP hydrolysis, SecA's two-helix finger is close to the polypeptide, while SecA's clamp interacts with the polypeptide in a sequence-independent manner by inducing a short β-strand. Taking into account previous biochemical and biophysical data, our structure is consistent with a model in which the two-helix finger and clamp cooperate during the ATPase cycle to move a polypeptide through the channel. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 321.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 253.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 970.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 998.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 80.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Protein translocase subunit ... , 3種, 3分子 AYE
#1: タンパク質 | 分子量: 88916.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 168 / 遺伝子: secA, div+, BSU35300 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 46768.301 Da / 分子数: 1 / Mutation: G60C,Q202T,L210G,F211G,R213N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NG80-2 / 遺伝子: secY, GTNG_0125 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 8249.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NG80-2 / 遺伝子: secE, GTNG_0091 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 BG
#5: タンパク質 | 分子量: 6024.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 26813.113 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q80R,F99S,M153T,V163A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GFP / 発現宿主: ![]() ![]() |
-抗体 , 2種, 2分子 VC
#4: 抗体 | 分子量: 12919.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#7: 抗体 | 分子量: 12368.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 5分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/BEF.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/PGV.gif)
![](data/chem/img/BEF.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/PGV.gif)
#8: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#9: 化合物 | ChemComp-BEF / |
#10: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#11: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SecA-SecY complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130153 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |