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- PDB-6itc: Structure of a substrate engaged SecA-SecY protein translocation ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6itc
タイトルStructure of a substrate engaged SecA-SecY protein translocation machine
要素
  • (Nanobody) x 2
  • (Protein translocase subunit ...) x 3
  • Green fluorescent protein
  • Translocating peptide
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SecA / SecY / Translocation / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane protein complex / protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / monoatomic ion transmembrane transporter activity / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / detection of virus / outer membrane / protein import ...outer membrane protein complex / protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / monoatomic ion transmembrane transporter activity / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / detection of virus / outer membrane / protein import / porin activity / pore complex / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / monoatomic ion transport / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane raft / DNA damage response / symbiont entry into host cell / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Outer membrane protein OmpA-like, transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA / OmpA-like transmembrane domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / SEC-C motif ...Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Outer membrane protein OmpA-like, transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA / OmpA-like transmembrane domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / SEC-C motif / SEC-C motif / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA, C-terminal helicase domain / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA P-loop domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Protein translocase subunit SecY / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Chem-PGV / Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY / Outer membrane protein A / Protein translocase subunit SecA / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
Lama glama (ラマ)
Escherichia coli (大腸菌)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Ma, C.Y. / Wu, X.F. / Sun, D.J. / Park, E.Y. / Rapoport, T.A. / Gao, N. / Long, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0500700 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of the substrate-engaged SecA-SecY protein translocation machine.
著者: Chengying Ma / Xiaofei Wu / Dongjie Sun / Eunyong Park / Marco A Catipovic / Tom A Rapoport / Ning Gao / Long Li /
要旨: The Sec61/SecY channel allows the translocation of many proteins across the eukaryotic endoplasmic reticulum membrane or the prokaryotic plasma membrane. In bacteria, most secretory proteins are ...The Sec61/SecY channel allows the translocation of many proteins across the eukaryotic endoplasmic reticulum membrane or the prokaryotic plasma membrane. In bacteria, most secretory proteins are transported post-translationally through the SecY channel by the SecA ATPase. How a polypeptide is moved through the SecA-SecY complex is poorly understood, as structural information is lacking. Here, we report an electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure of a translocating SecA-SecY complex in a lipid environment. The translocating polypeptide chain can be traced through both SecA and SecY. In the captured transition state of ATP hydrolysis, SecA's two-helix finger is close to the polypeptide, while SecA's clamp interacts with the polypeptide in a sequence-independent manner by inducing a short β-strand. Taking into account previous biochemical and biophysical data, our structure is consistent with a model in which the two-helix finger and clamp cooperate during the ATPase cycle to move a polypeptide through the channel.
履歴
登録2018年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年6月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年6月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年6月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02019年6月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12025年6月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: em_admin / em_software ...em_admin / em_software / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9731
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translocase subunit SecA
Y: Protein translocase subunit SecY
E: Protein translocase subunit SecE
V: Nanobody
B: Translocating peptide
G: Green fluorescent protein
C: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,07612
ポリマ－202,0607
非ポリマー2,0165
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area20690 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area75080 Å2

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要素

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Protein translocase subunit ... , 3種, 3分子 AYE

#1: タンパク質 Protein translocase subunit SecA


分子量: 88916.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: secA, div+, BSU35300 / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 株 (発現宿主): #1/H766 / 参照: UniProt: P28366
#2: タンパク質 Protein translocase subunit SecY


分子量: 46768.301 Da / 分子数: 1 / Mutation: G60C,Q202T,L210G,F211G,R213N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2) (バクテリア)
株: NG80-2 / 遺伝子: secY, GTNG_0125 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A4IJK8
#3: タンパク質 Protein translocase subunit SecE


分子量: 8249.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2) (バクテリア)
株: NG80-2 / 遺伝子: secE, GTNG_0091 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4IJH4

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タンパク質 , 2種, 2分子 BG

#5: タンパク質 Translocating peptide


分子量: 6024.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A910*PLUS
#6: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 26813.113 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q80R,F99S,M153T,V163A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212

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抗体 , 2種, 2分子 VC

#4: 抗体 Nanobody


分子量: 12919.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: 抗体 Nanobody


分子量: 12368.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 5分子

#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#10: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SecA-SecY complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130153 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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