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万見
- PDB-6isr: structure of lipase mutant with Cys-His-Asp catalytic triad -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6isr
タイトルstructure of lipase mutant with Cys-His-Asp catalytic triad
要素Lipase B
キーワードHYDROLASE / calb
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lipase B
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudozyma antarctica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cen, Y.X. / Zhou, J.H. / Wu, Q.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Artificial cysteine-lipases with high activity and altered catalytic mechanism created by laboratory evolution.
著者: Cen, Y. / Singh, W. / Arkin, M. / Moody, T.S. / Huang, M. / Zhou, J. / Wu, Q. / Reetz, M.T.
履歴
登録2018年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase B
B: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7089
ポリマ－66,8832
非ポリマー8247
水1,02757
1
A: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8014
ポリマ－33,4421
非ポリマー3593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA
2
B: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9075
ポリマ－33,4421
非ポリマー4654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.288, 44.559, 132.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lipase B / CALB


分子量: 33441.734 Da / 分子数: 2 / 変異: T57A, A89T, W104V, S105C, V149G, A281Y, A282Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudozyma antarctica (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41365, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium acetate pH 6.0 25% PEG4000 8% isopropanol 0.5% N,N-dimethyldodecylamine oxide(DDAO)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 19262 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 8.818
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.824 / Mean I/σ(I) obs: 1.857 / Num. unique obs: 964

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TCA

1tca


解像度: 2.6→42.249 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 876 4.88 %
Rwork0.1787 --
obs0.1812 17958 91.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.249 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4614 0 49 57 4720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.896561
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8282891
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008858
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5824-2.74420.329770.23891888X-RAY DIFFRACTION61
2.7442-2.9560.30171570.23512752X-RAY DIFFRACTION90
2.956-3.25340.27081500.22173079X-RAY DIFFRACTION99
3.2534-3.72390.24971510.17663095X-RAY DIFFRACTION100
3.7239-4.69070.20591870.14923078X-RAY DIFFRACTION100
4.6907-42.25450.18381540.16143190X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.6607 Å / Origin y: 12.1282 Å / Origin z: -33.353 Å
111213212223313233
T0.202 Å2-0.0045 Å20.0157 Å2-0.244 Å20.0112 Å2--0.2656 Å2
L-0.0705 °20.0099 °20.0531 °2-0.1138 °20.3759 °2--0.7371 °2
S-0.0095 Å °-0.0073 Å °0.004 Å °0.0046 Å °0.0117 Å °0.0017 Å °0.003 Å °-0.0214 Å °0.0028 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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