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万見
- PDB-6isl: SnoaL-like cyclase XimE with its product xiamenmycin B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6isl
タイトルSnoaL-like cyclase XimE with its product xiamenmycin B
要素XimE, SnoaL-like domain protein
キーワードLYASE / SnoaL-like cyslase XimE
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / Chem-XIA / XimE
機能・相同性情報
生物種Streptomyces xiamenensis 318 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者He, B. / Zhou, T. / Bu, X. / Weng, J. / Xu, J. / Lin, S. / Zheng, J. / Zhao, Y. / Xu, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81473105 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Enzymatic Pyran Formation Involved in Xiamenmycin Biosynthesis
著者: He, B. / Zhou, T. / Bu, X. / Weng, J. / Xu, J. / Lin, S. / Zheng, J. / Zhao, Y. / Xu, M.
履歴
登録2018年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XimE, SnoaL-like domain protein
B: XimE, SnoaL-like domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9914
ポリマ－34,4112
非ポリマー5812
水1,04558
1
A: XimE, SnoaL-like domain protein
ヘテロ分子

B: XimE, SnoaL-like domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9914
ポリマ－34,4112
非ポリマー5812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.220, 80.220, 112.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 XimE, SnoaL-like domain protein


分子量: 17205.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces xiamenensis 318 (バクテリア)
遺伝子: ximE / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: U5Q2N8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-XIA / (2R,3S)-2-methyl-2-(4-methylpent-3-enyl)-3-oxidanyl-3,4-dihydrochromene-6-carboxylic acid / xiamenmycin B


分子量: 290.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 2M xiamenmycin B, 0.2M malonic acid, 20% PEG 3350, pH 4.5
PH範囲: 3.8-5.5 / Temp details: 293

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→59.1 Å / Num. obs: 24399 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→59.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.669 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.113
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2205 1243 4.8 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.1966 24399 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.95 Å2 / Biso mean: 21.267 Å2 / Biso min: 7.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0.04 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→59.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1858 0 42 58 1958
Biso mean--20.46 31.43 -
残基数----240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9871.9692660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09734112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1755238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.07822.14384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.08515288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7271520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02416
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.816 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 89 -
Rwork0.233 1569 -
all-1658 -
obs--84.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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