PDB-6irw: Crystal structure of the human cap-specific adenosine methyltrans...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6irw

タイトル

Crystal structure of the human cap-specific adenosine methyltransferase bound to SAH

要素

Phosphorylated CTD-interacting factor 1

キーワード

TRANSFERASE / RNA METHYLATION / METHYLTRANSFERASE / M6A / N6-METHYLADENOSINE

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine binding / intercellular bridge / RNA polymerase II C-terminal domain binding / positive regulation of translation / mRNA processing / microtubule cytoskeleton / methylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Hirano, S. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Cap-specific terminal N 6 -methylation of RNA by an RNA polymerase II-associated methyltransferase.
著者: Akichika, S. / Hirano, S. / Shichino, Y. / Suzuki, T. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Sugita, A. / Hirose, Y. / Iwasaki, S. / Nureki, O. / Suzuki, T.

履歴

登録	2018年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6irw.cif.gz	413.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6irw.ent.gz	338.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6irw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6irw_validation.pdf.gz	997.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6irw_full_validation.pdf.gz	1006.5 KB	表示
XML形式データ	6irw_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	6irw_validation.cif.gz	46.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/6irw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/6irw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6irvC 6irxSC 6iryC 6irzC 6is0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xz7-1 1i1q-d 6mvg-2 6k35-2 1tno-3 1vg3-2 2csd-1 6is0-d 6gly-1 1v4j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphorylated CTD-interacting factor 1

B: Phosphorylated CTD-interacting factor 1

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphorylated CTD-interacting factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
59.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphorylated CTD-interacting factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.215, 120.379, 156.946
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphorylated CTD-interacting factor 1 分子量: 59393.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCIF1, C20orf67 / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9H4Z3
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.94 % / Mosaicity: 0.04 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 9% PEG 3350, 0.2M sodium nitrate, 0.1M bis-Tris propane

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→47.99 Å / Num. obs: 30286 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 59.62 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 202713 / Scaling rejects: 12

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.9-3.06	6.8	0.682	4338	0.912	0.282	0.738	100
9.17-47.99	5.9	0.04	1077	0.998	0.018	0.043	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IRX

6irx

解像度: 2.9→47.989 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.41

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2361	1443	4.78 %
R_work	0.2077	-	-
obs	0.209	30176	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 168.61 Å² / B_iso mean: 65.126 Å² / B_iso min: 23.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→47.989 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7993	0	52	19	8064
B_iso mean	-	-	38.53	35	-
残基数	-	-	-	-	985

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9-3.0037	0.2941	161	0.3009	2804	2965	100
3.0037-3.1239	0.2909	151	0.2574	2807	2958	100
3.1239-3.266	0.2731	135	0.2425	2849	2984	100
3.266-3.4382	0.2683	133	0.2386	2848	2981	100
3.4382-3.6535	0.254	160	0.2151	2842	3002	100
3.6535-3.9355	0.2266	117	0.2008	2861	2978	100
3.9355-4.3313	0.2039	136	0.1853	2875	3011	100
4.3313-4.9575	0.2174	128	0.1729	2918	3046	100
4.9575-6.2438	0.2443	163	0.2016	2897	3060	100
6.2438-47.9953	0.2054	159	0.1983	3032	3191	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7937	-0.903	1.0207	1.333	-0.4433	1.3403	0.0531	0.0117	0.1552	-0.0234	-0.1257	0.169	-0.171	-0.315	0.0846	0.4089	0.0196	0.0659	0.4904	-0.1283	0.3292	-38.7551	1.7926	20.7387
2	0.4861	-1.0015	0.3489	2.5932	0.2988	1.6749	0.0099	0.284	0.247	-0.2646	-0.0102	-0.0951	0.155	-0.0271	-0.0068	0.5503	-0.0452	0.1557	0.7356	0.0902	0.4897	-24.3952	-0.8995	-4.3714
3	4.2917	1.4589	1.6483	5.3337	2.1206	3.1591	-0.0073	-0.4118	0.4105	0.0109	-0.3565	0.4754	0.5668	0.3969	0.0212	0.8499	0.2134	0.0189	0.5908	0.1681	0.2998	-25.8785	-22.7888	-20.8777
4	0.8241	-1.1319	0.007	1.5109	1.7625	4.0412	0.1716	0.0921	0.0976	-0.0775	0.363	-0.3537	0.4817	0.8975	-0.393	0.6115	0.1136	0.0558	0.755	0.1294	0.5034	-18.9616	-13.3945	-14.0797
5	1.0302	-2.1963	1.9975	5.5961	-4.8986	6.6445	-0.0921	0.0933	0.5443	0.3946	-0.094	0.0435	-0.7895	0.0992	0.2011	0.4612	0.0229	0.1002	0.4359	-0.0944	0.7338	-25.7779	15.3434	20.7957
6	5.0381	0.9578	-0.3744	2.8664	-0.5363	3.5367	-0.1542	0.337	0.7004	-0.1773	0.1777	0.1882	-0.6217	-0.5726	0.0186	0.4613	0.0733	0.0168	0.4037	-0.0079	0.4849	-44.0593	9.4761	11.2526
7	2.3119	-0.1481	0.7648	3.0368	-0.2159	1.4041	0.0425	0.0263	0.1309	-0.1249	-0.0468	-0.1408	0.0689	-0.0288	0.0063	0.2988	0.0029	0.0987	0.4075	-0.0587	0.3506	-28.3847	-8.7607	17.7434
8	2.9089	1.2229	0.7737	1.4975	0.4366	2.7503	-0.1062	-0.0514	-0.2133	-0.0945	0.1121	0.2646	0.3119	-0.4462	0.0156	0.4549	-0.0105	0.14	0.3648	-0.0655	0.4038	-37.2219	-16.9768	13.8843
9	3.9592	0.6832	0.6859	3.3249	0.5293	4.9616	0.1808	-0.0033	-0.7871	0.1394	-0.1669	-0.1088	0.3608	-0.1231	-0.0143	0.3598	0.0035	-0.0129	0.328	-0.0525	0.3929	-31.6667	-20.8142	25.3523
10	1.0824	-0.3456	-0.1343	0.6304	-0.7622	2.2517	0.0892	-0.3531	0.1356	0.2976	0.0913	0.1402	0.0092	-0.0837	-0.1613	0.5278	-0.0232	0.0716	0.4931	0.0065	0.4616	-41.3978	-1.2815	-25.3991
11	2.4697	0.6051	1.0657	5.2723	-2.8651	4.8239	0.1858	0.353	-0.8907	0.3019	0.6025	0.7175	1.0177	-0.8148	-0.8524	0.9744	-0.2224	-0.0529	0.9083	0.0531	0.7189	-49.7173	-26.6421	-1.8231
12	0.6596	-0.0054	0.6285	2.7896	0.0952	1.2238	0.0779	-0.2122	0.2179	0.368	0.066	0.0793	-0.4769	-0.0685	-0.1831	0.3339	0.0519	0.1175	0.3665	0.0146	0.6277	-47.1098	12.023	-30.9038
13	2.6504	0.9876	0.2222	3.3694	0.9004	2.0157	0.1135	-0.1494	0.0157	0.3046	-0.0424	-0.0066	0.0322	0.1808	-0.0684	0.3052	0.0604	0.0234	0.3792	0.0849	0.3335	-36.115	-2.2379	-38.2883
14	3.3261	-0.9819	1.1965	1.49	0.36	3.6883	0.2258	-0.009	-0.4586	0.1606	0.0099	0.2087	0.4857	0.3746	-0.265	0.5344	0.0292	-0.0345	0.3528	0.0652	0.5168	-35.4957	-18.9234	-42.3252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 165 through 198 )	A	165 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 199 through 270 )	A	199 - 270
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 271 through 301 )	A	271 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 302 through 385 )	A	302 - 385
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 386 through 418 )	A	386 - 418
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 419 through 477 )	A	419 - 477
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 478 through 600 )	A	478 - 600
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 601 through 634 )	A	601 - 634
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 635 through 668 )	A	635 - 668
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 165 through 280 )	B	165 - 280
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 281 through 353 )	B	281 - 353
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 354 through 418 )	B	354 - 418
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 419 through 600 )	B	419 - 600
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 601 through 668 )	B	601 - 668

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