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万見
- PDB-6irk: Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target serial fem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6irk
タイトルCrystal structure of glucose isomerase by fixed-target serial femtosecond crystallography
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / xylose isomerase / SFX
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Nam, K.H.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2017R1D1A1B03033087 韓国
National Research Foundation (Korea)2017M3A9F6029736 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Nylon mesh-based sample holder for fixed-target serial femtosecond crystallography.
著者: Lee, D. / Baek, S. / Park, J. / Lee, K. / Kim, J. / Lee, S.J. / Chung, W.K. / Lee, J.L. / Cho, Y. / Nam, K.H.
履歴
登録2018年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_R_split
改定 1.32019年9月18日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.pdbx_R_split
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_related_exp_data_set / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.52023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3323
ポリマ－43,2831
非ポリマー492
水3,765209
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,32812
ポリマ－173,1334
非ポリマー1948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area31050 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area46100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.050, 99.000, 101.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-510-

HOH

21A-691-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-388 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: PAL-XFEL / ビームライン: CSI / 波長: 1.2782 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月29日 / Frequency: 30 / 詳細: KB mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→71.94 Å / Num. obs: 47861 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 356.8 % / CC1/2: 0.9284 / R split: 0.2163 / Net I/σ(I): 4.03
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 125.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 4736 / CC1/2: 0.796 / R split: 0.6471 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementCollection time total: 1.2 hours / Collimation: Kirkpatrick-Baez mirrors / Focal spot size: 4 µm2 / Pulse duration: 20 fsec. / Pulse photon energy: 9700 keV / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: 10000 / Sample dehydration prevention: seal / Sample holding: mesh / Sample unit size: 60 µm
Serial crystallography data reductionFrame hits: 79805 / Frames indexed: 29157 / Frames total: 134325 / Lattices indexed: 29157 / XFEL pulse events: 10000 / XFEL run numbers: 14

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y4J

5y4j


解像度: 1.75→71.013 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 1988 4.17 %
Rwork0.1818 --
obs0.1827 47666 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→71.013 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3038 0 2 209 3249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0784227
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7622561
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79380.63141370.65613239X-RAY DIFFRACTION100
1.7938-1.84230.36251410.35943252X-RAY DIFFRACTION100
1.8423-1.89650.24461390.22193191X-RAY DIFFRACTION100
1.8965-1.95770.21741470.17433193X-RAY DIFFRACTION100
1.9577-2.02770.21871400.19173273X-RAY DIFFRACTION100
2.0277-2.10890.21531480.16693199X-RAY DIFFRACTION100
2.1089-2.20490.19221360.14983229X-RAY DIFFRACTION100
2.2049-2.32110.18151380.15883245X-RAY DIFFRACTION100
2.3211-2.46660.20051440.15473257X-RAY DIFFRACTION100
2.4666-2.6570.20641390.1733285X-RAY DIFFRACTION100
2.657-2.92440.19941450.17963264X-RAY DIFFRACTION100
2.9244-3.34760.18811430.1773276X-RAY DIFFRACTION100
3.3476-4.21750.18971390.17693326X-RAY DIFFRACTION100
4.2175-71.07190.20071520.18913449X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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