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- PDB-6iri: Crystal structure of the minor ferredoxin from Thermosynechococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iri
タイトルCrystal structure of the minor ferredoxin from Thermosynechococcus elongatus
要素Ferredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Motomura, T. / Shen, J.R. / Umena, Y.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2019
タイトル: An alternative plant-like cyanobacterial ferredoxin with unprecedented structural and functional properties.
著者: Motomura, T. / Zuccarello, L. / Setif, P. / Boussac, A. / Umena, Y. / Lemaire, D. / Tripathy, J.N. / Sugiura, M. / Hienerwadel, R. / Shen, J.R. / Berthomieu, C.
履歴
登録2018年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1483
ポリマ－11,8761
非ポリマー2722
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area5790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.946, 51.121, 31.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin


分子量: 11876.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES (pH 7.5), 2.4 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→28.34 Å / Num. obs: 16325 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.68 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 12.82
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2% possible all
1.38-1.473.620.585225930.71898.9
1.47-1.57
1.57-1.69
1.69-1.85
1.85-2.07
2.07-2.39
2.39-2.92
2.92-4.11
4.11-28.34

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.599
最高解像度最低解像度
Rotation25.56 Å1.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AUI

5aui


解像度: 1.38→28.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 2.696 / SU ML: 0.047 / SU R Cruickshank DPI: 0.0626 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.056
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.157 793 4.9 %RANDOM
Rwork0.1124 ---
obs0.1146 15531 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.61 Å2 / Biso mean: 18.168 Å2 / Biso min: 6.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.32 Å2
2--1.18 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.38→28.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数821 0 9 114 944
Biso mean--28.76 35.56 -
残基数----107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.019924
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0861.9571261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1543.0041976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4485124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.0322542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.44615150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.182155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021095
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02204
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.15931780
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free39.356535
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.8651831
LS精密化 シェル解像度: 1.382→1.418 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 67 -
Rwork0.226 1097 -
all-1164 -
obs--98.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.811 Å / Origin y: -0.7295 Å / Origin z: 12.3016 Å
111213212223313233
T0.02 Å2-0.0004 Å2-0.0044 Å2-0.0005 Å20.0008 Å2--0.0383 Å2
L0.6819 °2-0.0285 °20.2764 °2-0.2802 °20.1528 °2--0.5518 °2
S-0.008 Å °0.0136 Å °0.0103 Å °-0.0013 Å °0.0059 Å °-0.0209 Å °-0.0085 Å °0.0051 Å °0.002 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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