[日本語] English
万見
- PDB-5aui: Crystal structure of Ferredoxin from Thermosynechococcus elongatus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aui
タイトルCrystal structure of Ferredoxin from Thermosynechococcus elongatus
要素Ferredoxin-1
キーワードELECTRON TRANSPORT / Electron transfer protein
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.499 Å
データ登録者Kurisu, G. / Shinmura, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)GS016 (Cabinet Office of Japan) 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: X-ray Structure and Nuclear Magnetic Resonance Analysis of the Interaction Sites of the Ga-Substituted Cyanobacterial Ferredoxin
著者: Mutoh, R. / Muraki, N. / Shinmura, K. / Kubota-Kawai, H. / Lee, Y.H. / Nowaczyk, M.M. / Rogner, M. / Hase, T. / Ikegami, T. / Kurisu, G.
履歴
登録2015年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02021年8月18日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 3.02022年2月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / atom_type / audit_author / cell / chem_comp / citation_author / diffrn / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_conn / struct_conn_type / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _audit_author.identifier_ORCID / _cell.angle_beta / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_contact_author.address_1 / _pdbx_contact_author.address_2 / _pdbx_contact_author.address_3 / _pdbx_contact_author.fax / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_contact_author.identifier_ORCID / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _reflns.d_resolution_high / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct.title / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id
解説: Model completeness
詳細: We found that our original assignment of the post-translation midification was wrong.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.12023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0193
ポリマ－10,7231
非ポリマー2962
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area5120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.441, 53.314, 32.278
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.384, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Ferredoxin-1 / Ferredoxin I


分子量: 10722.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: It contains an expected post-translational modification revealed by this high-resolution X-ray analysis.
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
遺伝子: petF1, petF, tsl1009 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3C9
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.6 M Ammonium sulfate, 0.2% benzamidine hydrochloride, 3% (w/v) 1,6-hexanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.499→50 Å / Num. obs: 15300 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 35.5
反射 シェル解像度: 1.499→1.53 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 2193 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
MOLREP位相決定
Coot0.9.6.1.1モデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B2G

3b2g


解像度: 1.499→32.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.145 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 751 4.967 %RANDOM
Rwork0.1589 14370 --
all0.16 ---
obs-15121 98.182 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 21.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.133 Å2-0 Å2-0.064 Å2
2---0.141 Å20 Å2
3---0.014 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.499→32.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数749 0 13 42 804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.013798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0180.016722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9841.6571080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5291.5911677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.665102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.70725.36641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg1.48101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.59515135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg28.314154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.565153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1750.2705
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0850.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1980.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8981.96399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8241.95398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7772.928501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7922.936502
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6282.464399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6242.468400
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5783.532576
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5743.533576
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.09724.384816
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.09124.356816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.499-1.5380.208500.204919X-RAY DIFFRACTION86.1333
1.538-1.580.242500.1811011X-RAY DIFFRACTION96.8066
1.58-1.6260.207590.1681016X-RAY DIFFRACTION98.8051
1.626-1.6760.185490.16970X-RAY DIFFRACTION98.8361
1.676-1.7310.155470.156959X-RAY DIFFRACTION99.211
1.731-1.7910.183540.148906X-RAY DIFFRACTION98.9691
1.791-1.8590.188490.143896X-RAY DIFFRACTION99.3691
1.859-1.9340.138380.143868X-RAY DIFFRACTION99.3421
1.934-2.020.16470.143821X-RAY DIFFRACTION99.5413
2.02-2.1180.185360.14787X-RAY DIFFRACTION99.5163
2.118-2.2320.13390.137757X-RAY DIFFRACTION99.6245
2.232-2.3670.219380.153710X-RAY DIFFRACTION99.7333
2.367-2.5290.178320.147672X-RAY DIFFRACTION100
2.529-2.7310.236370.161625X-RAY DIFFRACTION99.8492
2.731-2.9890.151400.163577X-RAY DIFFRACTION99.3559
2.989-3.3380.138240.176516X-RAY DIFFRACTION99.0826
3.338-3.8480.3170.157472X-RAY DIFFRACTION98.7879
3.848-4.6960.198210.146392X-RAY DIFFRACTION99.0408
4.696-6.5720.191150.188310X-RAY DIFFRACTION100
6.572-32.250.10690.197185X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る