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万見
- PDB-6ir1: Crystal structure of red fluorescent protein mCherry complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ir1
タイトルCrystal structure of red fluorescent protein mCherry complexed with the nanobody LaM4 at 1.9 Angstron resolution
要素
  • MCherry fluorescent protein
  • mCherry's nanobody LaM4
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Complex / Nanobody / red fluorescent protein mCherry / LaM4
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MCherry fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Anaplasma marginale (バクテリア)
Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.919 Å
データ登録者Ding, Y. / Wang, Z.Y. / Hu, R.T. / Chen, X.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31470764 中国
National Science Foundation (China)91527305 中国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the binding of nanobodies LaM2 and LaM4 to the red fluorescent protein mCherry.
著者: Wang, Z. / Li, L. / Hu, R. / Zhong, P. / Zhang, Y. / Cheng, S. / Jiang, H. / Liu, R. / Ding, Y.
履歴
登録2018年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MCherry fluorescent protein
B: mCherry's nanobody LaM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8192
ポリマ－40,8192
非ポリマー00
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, 1:1, isothermal titration calorimetry, 1:1
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.489, 41.665, 53.182
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-225-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MCherry fluorescent protein


分子量: 26797.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anaplasma marginale (バクテリア)
遺伝子: mCherry / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5DSL3
#2: 抗体 mCherry's nanobody LaM4


分子量: 14021.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M BIS-TRIS pH 5.5, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3,350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.919→40.26 Å / Num. obs: 24985 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.92-2.026.10.76937740.8190.3410.84398.2
6.07-40.266.50.148880.9760.0590.15299.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H5Q, 3K1K

2h5q

3k1k


解像度: 1.919→32.554 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 1182 4.78 %
Rwork0.1799 --
obs0.1825 24709 92.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.2 Å2 / Biso mean: 35.3018 Å2 / Biso min: 9.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.919→32.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2683 0 0 162 2845
Biso mean---37.31 -
残基数----341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132750
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2563705
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008483
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2181620
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9189-2.00620.29921460.25282889303592
2.0062-2.11190.3208830.25351808189157
2.1119-2.24420.30941530.20673111326499
2.2442-2.41740.26651440.193331633307100
2.4174-2.66060.26271430.19623128327199
2.6606-3.04540.2221640.18453092325698
3.0454-3.83590.21621810.165531413322100
3.8359-32.55870.19671680.15443195336398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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