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- PDB-6ion: The complex of C4.4A with its antibody 11H10 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ion
タイトルThe complex of C4.4A with its antibody 11H10 Fab fragment
要素
  • Ly6/PLAUR domain-containing protein 3
  • anti-C4.4A antibody 11H10, heavy chain
  • anti-C4.4A antibody 11H10, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / uPAR / three-fingered fold / LU domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / side of membrane / laminin binding / cell-matrix adhesion / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Snake toxin-like superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ly6/PLAUR domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Huang, M.D. / Jiang, Y.B. / Yuan, C. / Lin, L.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31670739 中国
National Natural Science Foundation of China31570745 中国
National Natural Science Foundation of China31370737 中国
引用ジャーナル: Int J Biol Sci / 年: 2020
タイトル: Crystal Structures of Human C4.4A Reveal the Unique Association of Ly6/uPAR/alpha-neurotoxin Domain
著者: Jiang, Y.B. / Lin, L. / Chen, S. / Jiang, L.G. / Kriegbaum, M.C. / Gardsvoll, H. / Hansen, L.V. / Li, J. / Ploug, M. / Yuan, C. / Huang, M.D.
履歴
登録2018年10月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.type / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _citation.country / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: anti-C4.4A antibody 11H10, light chain
H: anti-C4.4A antibody 11H10, heavy chain
A: Ly6/PLAUR domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5566
ポリマ－68,6903
非ポリマー8673
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area26520 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.860, 63.960, 107.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 anti-C4.4A antibody 11H10, light chain


分子量: 23684.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 anti-C4.4A antibody 11H10, heavy chain


分子量: 23860.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Ly6/PLAUR domain-containing protein 3 / GPI-anchored metastasis-associated protein C4.4A homolog / Matrigel-induced gene C4 protein / MIG-C4


分子量: 21143.783 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 31-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C4.4A
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O95274
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG3350, 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Tris-HCl pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→40.144 Å / Num. obs: 18267 / % possible obs: 98.91 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1134 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.8406 / Num. unique obs: 1809

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CLE, 3BT2

3cle

3bt2


解像度: 2.75→40.144 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 926 5.07 %
Rwork0.1967 --
obs0.1995 18266 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→40.144 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4547 0 56 0 4603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134725
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8956459
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0952765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.108742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014826
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.8950.34591400.29142464X-RAY DIFFRACTION99
2.895-3.07630.30311380.25072437X-RAY DIFFRACTION99
3.0763-3.31370.27531190.23792467X-RAY DIFFRACTION99
3.3137-3.6470.27271350.18712455X-RAY DIFFRACTION99
3.647-4.17420.24611260.18282490X-RAY DIFFRACTION99
4.1742-5.25720.20891290.15632498X-RAY DIFFRACTION99
5.2572-40.14860.2471390.19672529X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.21420.0125-4.15562.27171.76443.4438-0.05870.74371.6604-1.11330.25060.0231-1.83230.3904-0.14540.8781-0.2303-0.14210.61710.22470.80698.39652.936224.7665
24.88071.48240.95237.9291.06995.6938-0.32850.27410.09-0.86540.04420.258-0.44850.71020.31450.3635-0.0790.03680.387-0.00660.527412.3628-4.732431.6642
37.08231.0918-0.22155.8983-1.29365.32060.28340.38710.8522-0.63710.17820.3658-0.31650.3925-0.56080.2981-0.05330.08550.36960.06220.46017.2754-5.524831.1819
41.6598-1.3046-0.48684.63380.05652.0894-0.32590.81090.7650.08910.7548-0.2636-0.5896-0.29511.17180.8599-0.30660.03380.8730.53930.75264.51573.05219.9204
51.9881.08321.5699.03933.02913.3175-0.7099-0.71960.2072-2.1219-0.79951.3831-0.2004-0.15221.22721.0816-0.074-0.28981.8860.1420.851-22.4247-4.8794-0.5987
65.91890.2061-1.36031.96770.21712.19290.48570.66190.79950.204-0.15120.4251-0.865-0.4526-0.29410.9893-0.01520.00491.03170.3090.775-11.94834.29816.0568
72.077-0.876-3.25135.4087-2.02647.3942-0.4676-0.82360.47410.4740.70090.2426-1.8251-0.789-0.62431.26020.0935-0.06941.0785-0.01250.916-20.48636.37459.9468
89.14343.08726.52152.00852.50398.4599-0.31551.3221-0.1314-0.70340.0963-1.48530.2192.73810.12250.62830.0683-0.02541.03290.07820.77571.0743-3.4858.3995
93.52912.20654.10993.58772.46825.23010.3788-0.72972.6119-0.3089-0.45570.89320.1053-1.02590.2360.64620.15080.01691.13440.05451.0726-24.85733.64223.1372
101.06981.0081.83195.04011.84457.5148-0.4331.33021.9243-0.34760.33090.3515-1.4868-0.05980.15881.03810.10890.15621.20480.38411.1509-13.69729.6385-1.1773
111.39442.31550.00185.8305-1.39846.26540.38760.5146-1.0048-0.5605-0.11510.5690.2187-0.8904-0.28870.3803-0.0032-0.03440.5112-0.03480.7722-12.0183-20.737931.3214
124.63292.42684.7144.24761.24417.99240.22060.62570.1311-0.247-0.3373-0.30130.85390.339-0.0110.38280.03840.08430.3399-0.05030.64690.9115-24.682640.0143
134.32491.1892.19070.576-0.58647.5814-0.0763-0.32960.44170.1094-0.130.2484-0.4601-0.52790.09160.28030.03990.05870.3047-0.07290.6546-4.4705-14.445841.9207
145.2372.92930.86482.10820.11175.38030.14860.1876-0.7118-0.1350.12470.4639-0.0837-0.4397-0.18750.2760.05620.05270.407-0.0050.6409-3.3056-17.836735.6469
152.3626-0.37481.97673.08950.5441.97030.2741.1046-0.137-0.44250.226-0.54270.0943-1.192-0.71150.4289-0.00660.08641.35390.1280.726-19.4158-12.07818.2999
168.38453.63985.25077.2207-1.93357.1228-0.30620.9152-0.6245-0.48741.0301-0.31670.563-0.0898-0.50090.71450.0713-0.07640.7948-0.11750.6196-9.3304-13.95546.3044
172.17651.21471.2158.0978-3.14862.59751.01980.24750.57590.27871.06370.2184-0.9619-0.0413-2.06090.6370.1380.05111.3049-0.01040.5072-16.3847-8.347110.2882
187.6827-1.93771.78935.3955-2.74861.49771.03160.8614-0.6534-2.3442-0.4664-0.69681.55150.04990.32411.6487-0.08950.45122.0083-0.4520.702-9.4821-11.461-12.159
191.7960.4587-2.91550.3269-1.30446.14020.37880.9118-0.8429-0.48010.8636-0.2580.99380.1725-0.57721.3677-0.21690.07641.235-0.43710.8341-16.7838-19.32653.0629
201.7124-1.2987-2.6087.81110.63094.2555-0.5347-1.7215-2.94380.5793-0.031.16310.1296-0.35090.51030.4483-0.02110.09740.78680.11220.9175-7.2729-20.710673.0598
211.48462.3814-1.30413.9329-1.75055.42130.1441-1.0727-0.02740.9705-0.65991.0988-0.9060.0158-0.1305-0.0901-0.22860.26610.6408-0.2040.9095-7.1013-11.925767.1155
224.704-1.1839-3.4270.58141.08522.59640.0928-0.0269-0.2893-0.23720.01570.4618-0.2052-0.2864-0.070.2322-0.02520.03080.4440.03110.9280.2168-12.577560.688
234.18611.1109-1.84891.243-0.89392.81250.10470.22960.39760.27160.27910.16990.0204-0.2339-0.32680.36070.0992-0.04430.3363-0.04960.7929-2.8794-16.360660.2233
246.2486-0.30613.4892.5571-3.066.37780.072-0.36970.1412-0.0139-0.216-0.1018-0.22280.03170.18390.27580.0340.07140.3042-0.01980.613419.1774-20.168760.0489
258.62330.4582-2.65272.2186-0.51865.74630.143-0.85270.27620.3811-0.14010.0132-0.1438-0.0361-0.08510.2342-0.00420.07820.3989-0.05460.70810.1023-12.464166.0255
264.922-1.4079-3.20812.8504-0.81216.7083-0.1326-0.05660.45250.5945-0.2956-1.438-1.0570.2976-0.25270.4130.0358-0.01030.34020.05871.195515.4567-5.923957.8888
271.2307-2.26380.74494.5813-0.33955.7106-0.1915-0.06520.33540.3608-0.2233-1.1672-0.64540.74250.16840.3087-0.0358-0.01430.45830.13550.79521.6375-9.609163.2544
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 2 through 18 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 19 through 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 76 through 103 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 104 through 114 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 115 through 129 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 130 through 151 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 152 through 164 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 165 through 175 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 176 through 198 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 199 through 214 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 2 through 17 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 18 through 33 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 34 through 74 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 75 through 114 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 115 through 150 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 151 through 173 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 174 through 188 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 189 through 198 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 199 through 217 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 1 through 23 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 24 through 40 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 41 through 68 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 69 through 108 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 109 through 140 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 141 through 164 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'A' and (resid 165 through 178 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'A' and (resid 179 through 200 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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