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- PDB-6ioa: The structure of UdgX in complex with uracil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ioa
タイトルThe structure of UdgX in complex with uracil
要素Phage SPO1 DNA polymerase-related protein
キーワードHYDROLASE / uracil DNA glycosylase / DNA repair / iron-sulfur
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil DNA N-glycosylase activity / nucleotidyltransferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 4 / : / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / URACIL / Type-4 uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Xie, W. / Tu, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31870782 中国
National Natural Science Foundation of China31700657 中国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Suicide inactivation of the uracil DNA glycosylase UdgX by covalent complex formation.
著者: Tu, J. / Chen, R. / Yang, Y. / Cao, W. / Xie, W.
履歴
登録2018年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phage SPO1 DNA polymerase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9324
ポリマ－24,3731
非ポリマー5603
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.407, 51.448, 55.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phage SPO1 DNA polymerase-related protein


分子量: 24372.654 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 7-215 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEI_0259 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7F541
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.05M MES pH 5.6, 2.45M (NH4)2SO4 and 0.1M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→24.65 Å / Num. obs: 10655 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 4.3 / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 1707 / CC1/2: 0.869 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
CrysalisProデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IO9

6io9


解像度: 2.15→24.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 5.076 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21211 500 4.7 %RANDOM
Rwork0.16288 ---
obs0.16529 10151 98.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 12.852 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20.15 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→24.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1518 0 21 115 1654
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191572
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1161.992138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9223.0023436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3525206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.33322.76965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71515235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3661516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3651.233827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3661.231826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2611.8411032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2611.8431033
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.851.342745
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8361.33742
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.931.9491089
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.58810.0711752
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.63410.0761753
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 35 -
Rwork0.161 716 -
obs--95.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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