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- PDB-6io1: Crystal structure of a novel thermostable (S)-enantioselective om... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6io1
タイトルCrystal structure of a novel thermostable (S)-enantioselective omega-transaminase from Thermomicrobium roseum
要素Aminotransferase, class III
キーワードTRANSFERASE / enantioselectivity / omega-transaminase / substrate recognition Thermomicrobium roseum / transamination
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aminotransferase, class III
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomicrobium roseum
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å
データ登録者Park, H.H. / Kwon, S.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2017M3A9D8062960 韓国
National Research Foundation (Korea)NRF-2018R1A2B3008541 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural basis of substrate recognition by a novel thermostable (S)-enantioselective omega-transaminase from Thermomicrobium roseum.
著者: Kwon, S. / Lee, J.H. / Kim, C.M. / Jang, H. / Yun, H. / Jeon, J.H. / So, I. / Park, H.H.
履歴
登録2018年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase, class III
B: Aminotransferase, class III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2953
ポリマ－99,0472
非ポリマー2481
水14,088782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12030 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area28560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.258, 118.258, 170.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1078-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aminotransferase, class III


分子量: 49523.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermomicrobium roseum (strain ATCC 27502 / DSM 5159 / P-2) (バクテリア)
株: ATCC 27502 / DSM 5159 / P-2 / 遺伝子: trd_1080 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9L0K9
#2: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE


分子量: 248.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.9M sodium citrate tribasic, 0.1M imidazole/HCl (pH 7.4), 0.1M betaine-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.31
反射解像度: 1.8→50 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E3Q

4e3q


解像度: 1.803→43.898 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.07 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1551 4099 5.01 %
Rwork0.1527 --
obs0.1705 81813 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.803→43.898 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6925 0 16 782 7723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7529668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.0272585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521057
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8028-1.83390.2881960.28273826X-RAY DIFFRACTION93
1.8339-1.86720.27872080.25713872X-RAY DIFFRACTION94
1.8672-1.90310.25972120.25533863X-RAY DIFFRACTION94
1.9031-1.9420.24182050.25173912X-RAY DIFFRACTION95
1.942-1.98420.23781850.22433839X-RAY DIFFRACTION95
1.9842-2.03040.22182200.21243927X-RAY DIFFRACTION94
2.0304-2.08110.21342110.21113864X-RAY DIFFRACTION95
2.0811-2.13740.20951830.20513895X-RAY DIFFRACTION95
2.1374-2.20030.19921920.19653914X-RAY DIFFRACTION95
2.2003-2.27130.20742300.19223867X-RAY DIFFRACTION94
2.2713-2.35250.19572170.1873856X-RAY DIFFRACTION95
2.3525-2.44660.17991870.18253909X-RAY DIFFRACTION95
2.4466-2.5580.17681930.17883927X-RAY DIFFRACTION95
2.558-2.69280.17512060.17213892X-RAY DIFFRACTION95
2.6928-2.86140.16771860.16223887X-RAY DIFFRACTION95
2.8614-3.08230.13522140.15283920X-RAY DIFFRACTION95
3.0823-3.39230.14342170.13763898X-RAY DIFFRACTION95
3.3923-3.88270.12812000.13313891X-RAY DIFFRACTION95
3.8827-4.89020.14922250.13543863X-RAY DIFFRACTION94
4.8902-37.75680.15952120.15413889X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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