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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6inn | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the CysR-CTLD3 fragment of human MR at acidic pH (pH 5.6) | |||||||||
![]() | Macrophage mannose receptor 1 | |||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / CD206 / mannose receptor family / pH-dependent / conformational change / scavenger receptor | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cargo receptor activity / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / D-mannose binding / cellular response to interleukin-4 / receptor-mediated endocytosis / cellular response to type II interferon / transmembrane signaling receptor activity / Modulation by Mtb of host immune system / virus receptor activity / signaling receptor activity ...cargo receptor activity / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / D-mannose binding / cellular response to interleukin-4 / receptor-mediated endocytosis / cellular response to type II interferon / transmembrane signaling receptor activity / Modulation by Mtb of host immune system / virus receptor activity / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / endosome membrane / cell surface / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hu, Z. / He, Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the pH-dependent conformational change of the N-terminal region of human mannose receptor/CD206. 著者: Hu, Z. / Wang, Y. / Cheng, C. / He, Y. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 478.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 395.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 482.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 77.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 102.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70961.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.2 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 1.0 M lithium sulfate monohydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. obs: 266852 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 7.42 |
反射 シェル | 解像度: 3→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.473 / Num. unique obs: 13195 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5XTS 解像度: 3.001→29.988 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 28.62
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.001→29.988 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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