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- PDB-6ine: Crystal Structure of human ASH1L-MRG15 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ine
タイトルCrystal Structure of human ASH1L-MRG15 complex
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
  • Mortality factor 4-like protein 1
キーワードTRANSFERASE/PROTEIN BINDING / Complex / H3K36 methyltransferase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


uterine gland development / tarsal gland development / histone H3K9 monomethyltransferase activity / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / uterus morphogenesis / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / flagellated sperm motility ...uterine gland development / tarsal gland development / histone H3K9 monomethyltransferase activity / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / uterus morphogenesis / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / flagellated sperm motility / histone H3K36 methyltransferase activity / regulation of double-strand break repair / histone H3K4 methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / negative regulation of MAPK cascade / Sin3-type complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / negative regulation of acute inflammatory response / decidualization / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / single fertilization / bicellular tight junction / post-embryonic development / skeletal system development / double-strand break repair via homologous recombination / PKMTs methylate histone lysines / MAPK cascade / nucleosome / chromatin organization / chromosome / HATs acetylate histones / methylation / regulation of apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / regulation of cell cycle / nuclear speck / inflammatory response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
MRG domain / ASH1-like, PHD finger / ASH1-like, Bromodomain / PhD finger domain / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / AWS domain ...MRG domain / ASH1-like, PHD finger / ASH1-like, Bromodomain / PhD finger domain / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / Enzyme I; Chain A, domain 2 / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain profile. / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / Chromo-like domain superfamily / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L / Mortality factor 4-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hou, P. / Huang, C. / Liu, C.P. / Yu, T. / Yin, Y. / Zhu, B. / Xu, R.M.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31521002 中国
National Natural Science Foundation of China31530037 中国
Ministry of Science and Technology (China)2015CB856200 中国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0506600 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08010100 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08010103 中国
Chinese Academy of Sciences2018127 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural Insights into Stimulation of Ash1L's H3K36 Methyltransferase Activity through Mrg15 Binding.
著者: Hou, P. / Huang, C. / Liu, C.P. / Yang, N. / Yu, T. / Yin, Y. / Zhu, B. / Xu, R.M.
履歴
登録2018年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
B: Mortality factor 4-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3547
ポリマ－51,6672
非ポリマー6875
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area21360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.120, 73.120, 202.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L / ASH1-like protein / huASH1 / Absent small and homeotic disks protein 1 homolog / Lysine N-methyltransferase 2H


分子量: 31208.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASH1L, KIAA1420, KMT2H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR48, histone-lysine N-methyltransferase
#2: タンパク質 Mortality factor 4-like protein 1 / MORF-related gene 15 protein / Protein MSL3-1 / Transcription factor-like protein MRG15


分子量: 20458.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MORF4L1, MRG15, FWP006, HSPC008, HSPC061, PP368 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBU8

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非ポリマー , 4種, 72分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細SEQUENCE OF THE CHAIN A WAS BASED ON ISOFORM 2 OF DATABASE Q9NR48 (ASH1L_HUMAN)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 20 % PEG 6000, 0.2 M Trimethylamine-N-oxide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 17625 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 0.764 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.696.40.58517090.8450.2470.6360.79599.8
2.69-2.860.44417320.8910.1940.4860.8199.8
2.8-2.936.30.32217410.9420.1370.350.79499.9
2.93-3.086.60.24817370.9680.1030.2690.81299.9
3.08-3.286.60.17117330.9810.0710.1850.78599.9
3.28-3.536.40.11317570.9910.0480.1230.79999.8
3.53-3.8860.0717700.9950.030.0770.834100
3.88-4.456.60.04917780.9970.020.0530.77699.6
4.45-5.660.03918100.9950.0170.0430.68399.3
5.6-505.80.03119370.9910.0140.0350.54797.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKHKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3247精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YNM, 2AQL

4ynm

2aql


解像度: 2.6→50 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.73
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 1768 10.03 %Random selection
Rwork0.1931 ---
obs0.1975 17625 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.39 Å2 / Biso mean: 47.0485 Å2 / Biso min: 17.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3334 0 36 67 3437
Biso mean--47.66 36.66 -
残基数----406
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6002-2.6450.3343900.285976985954
2.645-2.69310.2988940.264283993357
2.6931-2.74490.26731010.2711904100562
2.7449-2.80090.26381100.2717962107266
2.8009-2.86180.3151180.25231061117973
2.8618-2.92830.30181260.24121184131081
2.9283-3.00150.34491440.23571273141790
3.0015-3.08260.28431570.24991432158997
3.0826-3.17330.29311650.23161442160799
3.1733-3.27560.27781610.220314141575100
3.2756-3.39260.27051580.228514591617100
3.3926-3.52840.25991530.20514581611100
3.5284-3.68880.26031560.190614661622100
3.6888-3.88310.20981630.182314431606100
3.8831-4.1260.19291650.169714521617100
4.126-4.44410.23691660.152114321598100
4.4441-4.89030.17791600.14521457161799
4.8903-5.59570.18731630.15731415157899
5.5957-7.04150.1961630.1861427159098
7.0415-36.20510.221520.17141407155996
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -42.3307 Å / Origin y: -9.3884 Å / Origin z: -10.8905 Å
111213212223313233
T0.2047 Å20.0035 Å2-0.0419 Å2-0.1699 Å20.0485 Å2--0.1507 Å2
L0.7921 °20.7633 °20.3464 °2-1.0745 °20.7021 °2--0.4824 °2
S0.0034 Å °0.034 Å °-0.0584 Å °0.0224 Å °0.0341 Å °-0.0118 Å °0.0234 Å °0.0725 Å °-0.0007 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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