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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6imy | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of V30M mutated transthyretin in complex with 4'-caroboxybenzo-18-Crown-6 | |||||||||
要素 | Transthyretinトランスサイレチン | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TRANSTHYRETIN (トランスサイレチン) / AMYLOID (アミロイド) / T4-BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.501 Å | |||||||||
データ登録者 | Yokoyama, T. / Kosaka, Y. / Matsumoto, K. / Kitakami, R. / Nabeshima, Y. / Mizuguchi, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019 タイトル: Crown Ethers as Transthyretin Amyloidogenesis Inhibitors. 著者: Yokoyama, T. / Mizuguchi, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6imy.cif.gz | 109.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6imy.ent.gz | 82.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6imy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17342.582 Da / 分子数: 2 / 変異: V30M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.74 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 27% PEG400, 0.1 M MES pH 6.5, 0.4 M CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→42.51 Å / Num. obs: 38117 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3744 / Rpim(I) all: 0.313 / Rrim(I) all: 0.769 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.501→38.318 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.7 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.501→38.318 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -22.5771 Å / Origin y: 12.8668 Å / Origin z: -15.8543 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A or chain B |