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- PDB-6imm: Cryo-EM structure of an alphavirus, Sindbis virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6imm
タイトルCryo-EM structure of an alphavirus, Sindbis virus
要素
  • Assembly protein E3
  • Spike glycoprotein E1
  • Spike glycoprotein E2
キーワードVIRUS / Alphavirus / Sindbis virus / Glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis ...viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2230 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein, A domain / Immunoglobulin-like - #350 / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C ...Helix Hairpins - #2230 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein, A domain / Immunoglobulin-like - #350 / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Octadecane / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Sindbis virus (シンドビスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang, X. / Ma, J. / Chen, L.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Implication for alphavirus host-cell entry and assembly indicated by a 3.5Å resolution cryo-EM structure.
著者: Lihong Chen / Ming Wang / Dongjie Zhu / Zhenzhao Sun / Jun Ma / Jinglin Wang / Lingfei Kong / Shida Wang / Zaisi Liu / Lili Wei / Yuwen He / Jingfei Wang / Xinzheng Zhang /
要旨: Alphaviruses are enveloped RNA viruses that contain several human pathogens. Due to intrinsic heterogeneity of alphavirus particles, a high resolution structure of the virion is currently lacking. ...Alphaviruses are enveloped RNA viruses that contain several human pathogens. Due to intrinsic heterogeneity of alphavirus particles, a high resolution structure of the virion is currently lacking. Here we provide a 3.5 Å cryo-EM structure of Sindbis virus, using block based reconstruction method that overcomes the heterogeneity problem. Our structural analysis identifies a number of conserved residues that play pivotal roles in the virus life cycle. We identify a hydrophobic pocket in the subdomain D of E2 protein that is stabilized by an unknown pocket factor near the viral membrane. Residues in the pocket are conserved in different alphaviruses. The pocket strengthens the interactions of the E1/E2 heterodimer and may facilitate virus assembly. Our study provides structural insights into alphaviruses that may inform the design of drugs and vaccines.
履歴
登録2018年10月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9693
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9693
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: Spike glycoprotein E1
P: Spike glycoprotein E2
R: Assembly protein E3
T: Spike glycoprotein E1
V: Spike glycoprotein E2
X: Assembly protein E3
Z: Spike glycoprotein E1
a: Spike glycoprotein E1
d: Spike glycoprotein E2
e: Spike glycoprotein E2
h: Assembly protein E3
i: Assembly protein E3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,66013
ポリマ－391,40512
非ポリマー2541
水00
1
N: Spike glycoprotein E1
P: Spike glycoprotein E2
R: Assembly protein E3
T: Spike glycoprotein E1
V: Spike glycoprotein E2
X: Assembly protein E3
Z: Spike glycoprotein E1
a: Spike glycoprotein E1
d: Spike glycoprotein E2
e: Spike glycoprotein E2
h: Assembly protein E3
i: Assembly protein E3
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,499,597780
ポリマ－23,484,327720
非ポリマー15,27060
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
N: Spike glycoprotein E1
P: Spike glycoprotein E2
R: Assembly protein E3
T: Spike glycoprotein E1
V: Spike glycoprotein E2
X: Assembly protein E3
Z: Spike glycoprotein E1
a: Spike glycoprotein E1
d: Spike glycoprotein E2
e: Spike glycoprotein E2
h: Assembly protein E3
i: Assembly protein E3
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.96 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,958,30065
ポリマ－1,957,02760
非ポリマー1,2725
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
N: Spike glycoprotein E1
P: Spike glycoprotein E2
R: Assembly protein E3
T: Spike glycoprotein E1
V: Spike glycoprotein E2
X: Assembly protein E3
Z: Spike glycoprotein E1
a: Spike glycoprotein E1
d: Spike glycoprotein E2
e: Spike glycoprotein E2
h: Assembly protein E3
i: Assembly protein E3
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 2.35 MDa, 72 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,349,96078
ポリマ－2,348,43372
非ポリマー1,5276
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Spike glycoprotein E1


分子量: 47186.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sindbis virus (シンドビスウイルス)
参照: UniProt: A0A3G2BZ29*PLUS
#2: タンパク質
Spike glycoprotein E2


分子量: 43184.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sindbis virus (シンドビスウイルス)
参照: UniProt: A0A3G2BZ29*PLUS
#3: タンパク質
Assembly protein E3


分子量: 7480.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sindbis virus (シンドビスウイルス)
参照: UniProt: A0A3G2BZ29*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-8K6 / Octadecane / N-Octadecane / オクタデカン


分子量: 254.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Sindbis virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sindbis virus (シンドビスウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29974 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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