PDB-6im7: CueO-12.1 multicopper oxidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6im7

タイトル

CueO-12.1 multicopper oxidase

要素

Blue copper oxidase CueO,12.1 peptide,Blue copper oxidase CueO

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Multicopper oxidase / Laccase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on metal ions, oxygen as acceptor / cuproxidase / oxidoreductase activity, acting on metal ions / detoxification of copper ion / response to copper ion / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / ferroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Wongsantichon, J. / Robinson, R. / Ghadessy, F.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development and structural characterization of an engineered multi-copper oxidase reporter of protein-protein interactions.
著者: Sana, B. / Chee, S.M.Q. / Wongsantichon, J. / Raghavan, S. / Robinson, R.C. / Ghadessy, F.J.

履歴

登録	2018年10月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6im7.cif.gz	239.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6im7.ent.gz	156.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6im7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6im7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6im7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6im8C 6im9C 1kv7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nsy-d 4ef3-d 4f4f-2 1n68-d 2fqd-d 3pau-d 2fqf-d 5v2d-3 2yxw-1 1pf3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Blue copper oxidase CueO,12.1 peptide,Blue copper oxidase CueO

ヘテロ分子

56.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.111, 100.731, 59.044
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.165, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-601- CA

#1: タンパク質	Blue copper oxidase CueO,12.1 peptide,Blue copper oxidase CueO / Copper efflux oxidase 分子量: 56126.082 Da / 分子数: 1 / 変異: M358I / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimera protein CueO-12.1 multicopper oxidase 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) synthetic construct (人工物) 株: K12 / 遺伝子: cueO, yacK, b0123, JW0119 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P36649
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.64 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% w/v Polyethylene glycol 3000, 100mM TRIS pH 7, 200mM Calcium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→30 Å / Num. obs: 31017 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.035 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.041 / Χ²: 0.893 / Net I/σ(I): 19.7 / Num. measured all: 115207

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.97-2	3.4	0.204	1517	0.956	0.13	0.243	0.909	99.5
2-2.04	3.6	0.173	1581	0.966	0.106	0.204	0.975	100
2.04-2.08	3.7	0.154	1498	0.977	0.093	0.18	0.999	99.8
2.08-2.12	3.7	0.132	1561	0.983	0.08	0.155	0.979	100
2.12-2.17	3.7	0.124	1562	0.986	0.074	0.145	0.96	99.9
2.17-2.22	3.8	0.108	1525	0.988	0.065	0.126	0.963	100
2.22-2.27	3.7	0.092	1560	0.989	0.056	0.108	0.98	99.9
2.27-2.34	3.8	0.08	1555	0.992	0.048	0.093	0.938	100
2.34-2.4	3.8	0.07	1537	0.994	0.042	0.082	0.894	100
2.4-2.48	3.8	0.064	1530	0.994	0.038	0.075	0.927	99.9
2.48-2.57	3.8	0.055	1556	0.995	0.033	0.064	0.862	100
2.57-2.67	3.8	0.048	1552	0.996	0.028	0.056	0.888	100
2.67-2.79	3.8	0.038	1555	0.997	0.023	0.044	0.824	99.9
2.79-2.94	3.8	0.032	1559	0.997	0.019	0.037	0.777	99.9
2.94-3.13	3.8	0.027	1541	0.998	0.016	0.032	0.721	99.9
3.13-3.37	3.8	0.025	1556	0.998	0.015	0.029	0.747	99.9
3.37-3.71	3.7	0.029	1574	0.997	0.017	0.034	1.134	100
3.71-4.24	3.7	0.029	1546	0.997	0.018	0.035	1.384	99.6
4.24-5.34	3.6	0.02	1569	0.998	0.012	0.023	0.641	99.9
5.34-30	3.7	0.015	1583	0.999	0.009	0.017	0.391	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KV7

1kv7

解像度: 1.97→29.35 Å / SU ML: 0.1459 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.8578 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1844	1564	5.06 %
R_work	0.14	29369	-
obs	0.1422	30933	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→29.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3541	0	1	352	3894

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	3663
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8598	4979
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0558	549
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	653
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.3566	3036

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2.03	0.1792	117	0.1428	2447	X-RAY DIFFRACTION	90.89
2.03-2.11	0.2062	136	0.1539	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.11-2.19	0.2263	137	0.1556	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.29	0.2015	152	0.1479	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.29-2.41	0.2025	136	0.1491	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.56	0.1994	161	0.1506	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.76	0.2106	152	0.1532	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.76-3.04	0.1804	145	0.1498	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.04-3.48	0.1953	123	0.1417	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.48-4.38	0.1721	151	0.1219	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.38-29.35	0.1501	154	0.1291	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.59

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.313492484394	-0.000923019260524	0.342525751222	0.151125319208	-0.0927314771437	0.482227102016	-0.0228110677665	-0.0612607392438	-0.0477710843126	0.0443857962078	-0.0358555298369	-0.00838745637603	-0.0814862556411	0.0529889174312	-6.98024363126E-6	0.139348308865	0.00211573465969	-0.00207803356828	0.134141828657	0.00365351919154	0.136047263561	21.7561950216	-16.9623252288	76.0059681857
2	0.764825801004	-0.190541567744	0.146512490752	0.251254662647	-0.069767093227	0.249189431762	0.0262314024862	-0.0742359053706	0.00297616685348	-0.0375074094856	-0.0170901148543	0.0505594832935	-0.0599612033929	-0.101773676047	-7.44574495559E-5	0.149376025023	0.0149385081772	0.00297234271845	0.131977896083	-0.0125360883211	0.128134018619	-0.0164225878683	-19.3832939737	70.9008937166
3	1.10188999984	0.0750518986171	0.338136196593	0.210023841202	-0.0180288824365	0.827658144759	-0.0196007176183	0.111470819816	-0.0642700723449	-0.010074477284	0.00935021232149	-0.0348546168649	-0.0401517852352	0.0677754517948	-2.28155347014E-5	0.130954668618	0.00886264470521	0.0119790984	0.119424451453	-0.0105220186359	0.135515514817	13.2379153041	-23.7707425607	59.639551476
4	0.4721848754	0.229013327995	0.0142225159864	0.603701768836	0.0159357081013	0.241805627493	0.256243716337	-0.241490641697	-0.484904112929	0.152048616795	-0.108058840522	-0.282940957984	0.180122993466	0.0188334690793	0.0343752518562	0.185882361334	0.0530218477805	-0.036501384642	0.162278038641	0.0100770092282	0.332063036783	21.4787590325	-36.0991167833	80.4122360206

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 422 through 518 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 141 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 142 through 356 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 357 through 421 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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